Моделирование эволюции гена

Графическое изображение дерева

Видно, что данное дерево является ультраметрическим,
так как все расстояния от корня до листьев одинаково.
Скобочная форма:
((((А:53,В:53):40,С:93):7,(D:50,(E:30,F:30):20);
Длина гена: 1518 нуклеотидных остатка.

Топология дерева

Топология дерева может быть изображена в форме таблицы:

A	B	C	D	E	F
.	.	*	*	*	*
.	.	.	*	*	*
.	.	.	.	*	*

"Звездообразное" неукорененное дерево

Прямоугольная кладограмма

         +----- C
         |
   +-----+   +-- A
   |     |   |
   |     +---+
   |         |
   |         +-- B
   |  +--- D
   |  |
   +--+    +--- E
      |    |
      +----+
           |
           +--- F

Построение эволюционной модели

Цель - получить последовательности, стоящиев узлах и листьях дерева, приведенного выше;
при условии что в позиции (1) стоит ген белка SYK1_Ecoli.
Скрипт, позволяющий получить мутантные последовательности:

msbar syk1_ecoli_gene1.fasta abc.fasta -point 4 -count 106 -auto
msbar abc.fasta ab.fasta -point 4 -count 605 -auto
msbar ab.fasta A.fasta -point 4 -count 801 -auto
msbar ab.fasta B.fasta -point 4 -count 801 -auto
msbar abc.fasta C.fasta -point 4 -count 1406 -auto
msbar syk1_ecoli_gene1.fasta def.fasta -point 4 -count 756 -auto
msbar def.fasta D.fasta -point 4 -count 756 -auto
msbar def.fasta ef.fasta -point 4 -count 302 -auto
msbar ef.fasta E.fasta -point 4 -count 454 -auto
msbar ef.fasta F.fasta -point 4 -count 454 -auto

Переукоренение

Выбор нового корня. Перерасчёт расстояний.

Дерево не ультраметрическое, т.к. расстояния от корня до листьев не равны между собой.
Топология дерева может быть изображена в форме таблицы:

A	B	C	D	E	F
*	*	.	.	.	.
.	.	.	*	*	*
.	.	.	.	*	*

Скобочная форма:
(((А:53,В:53):20,(С:93,(D:50,(E:30,F:30):20):57):20);