Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

Цель задания – построить деревья на основе данных конечных
последовательностей (листьев), и сравнить результаты.
Использовались следующие программы:

по методу UGPMA с помощью программы eneighbor,
по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью той же программы eneighbor,
по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood) с помощью программы ednaml,
по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars.

Ветвь	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`ABCDEF`	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`110000`	+	+	+	+	+
`001100`	+	+	+	+	+
`111100`	+	+	+	+	+

Анализируя результат, можно утверждать, что все предложенные методы очень эффективны, т.к. не один из них не ошибся
Ниже приведены деревья, предложенные каждой из указанных программ:

Neighbor-joining method

  


      +-----e         
  +---3  
  !   +------f         
  !  
--4-----------d         
  !  
  !                      +----------a         
  !          +-----------1  
  +----------2           +------------b         
             !  
             +------------------c

((e:0.21426,f:0.23854):0.12606,d:0.39464,((a:0.35754,b:0.42606):0.37841, c:0.60699):0.37299)

Maximum Likelihood method

  +----------------b         
  !  
  !                                 +--------------d         
  !                +----------------4  
  !                !                !   +-------f         
--1----------------2                +---3  
  !                !                    +-------e         
  !                !  
  !                +---------------------------c         
  !  
  +------------a

(b:0.54304,((d:0.50853,(f:0.26196,e:0.24859):0.11965):0.55110, c:0.93777):0.56139,a:0.44038)

Parsimony method


           +-----d         
        +--5  
        !  !  +--f         
     +--3  +--4  
     !  !     +--e         
  +--2  !  
  !  !  +--------c         
--1  !  
  !  +-----------b         
  !  
  +--------------a

((((d,(f,e)),c),b),a)

UPGMA method

             
                       +----------------------a         
  +--------------------3  
  !                    +----------------------b         
--5  
  !   +---------------------------------------c         
  !   !  
  +---4                          +------------e         
      !                 +--------1  
      +-----------------2        +------------f         
                        !  
                        +---------------------d         


((a:0.39180,b:0.39180):0.34649,(c:0.67325,((e:0.22640,f:0.22640):0.14715,
d:0.37355):0.29970):0.06504)

Несмотря на то, что в данном случае все алгоритмы выдали правильный результат, надежнее было бы использовать
методы UPGMA и Neighbor-joining