На главную страницу четвёртого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

GO: описание терминов

  1. Термин — aminoacyl-tRNA synthetase (аминоaцил-тРНК-синтетаза)
  2. Идентификатор GO:0017100
  3. Количество синонимов — 0
  4. Определение термина : не определено
  5. Количество родителей — 1 (связи типа is_a)
  6. Количество дочерних терминов — ни одного

Исследование качества аннотации мембранных белков Mus musculus
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Что искали: Запрос Найденное количество белков
Белки из данного организма (Plasmodium falciparum) ""(([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) " 61634
В т.ч. с идентификаторами всех 3-х онтологий GO "((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & (((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C: P: F:*]) > parent )) " 14952
В том числе локализованных в Митохондрии "((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & (((([uniprot-DBxref:C:mitochondrion*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C:mitochondrion P: F:*]) > parent )) " " 560
В том числе только лучшие (TAS и IDA ) "(((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & (((([uniprot-DBxref:C:mitochondrion*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C:mitochondrion P: F:*]) > parent )) & ((([uniprot-DBxref:TAS.*] | [uniprot-DBxref:IDA.*]) ! (((((([uniprot-DBxref:IEA.*] | [uniprot-DBxref:IMP.*]) | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*])) > parent )) 107
В том числе только худшие (IEA) ""(((([uniprot-Organism:Mus*] & [uniprot-Organism:musculus*]) | [uniprot-Organism:Mus musculus*]) & (((([uniprot-DBxref:C:mitochondrion*] & [uniprot-DBxref:P:*]) & [uniprot-DBxref:F:*]) | [uniprot-DBxref:C:mitochondrion P: F:*]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.*] ! (((((((([uniprot-DBxref:.] | [uniprot-DBxref:IMP.*]) | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:TAS.*]) | [uniprot-DBxref:IDA.*])) > parent ))" 77

В ходе исследования качества аннотации функций митохондриальных белков Mus musculus использовалась общепринятая иерархия кодов доказательств. Запрос на лучшие аннотации показал, что хороших анотаций больше, чем очень плохих, т.е. данные, взяты из малоизвестной баз данных без проверки куратором. Из чего можно предположить, что данная группа белков изучена неплохо


© Долудин Юрий,2006