На главную страницу четвёртого семестра

Классификация функций. Ферменты.

Расшифровка кода фермента

Код исследуемого фермента EC 6.3.4.4
  1. 6.- ligases
  2. 6.3. - Forming Carbon-Nitrogen Bonds
  3. 6.3.4. - Other Carbon-Nitrogen Ligases
  4. 6.3.4.4. - adenylosuccinate synthase

Данные о IUPAC и IUBMB

  1. IUPAC был организован в 1919 г.
  2. Международная комиссия по номенклатуре ферментов была организована в 1956 г.
  3. А последние уточнения в номенклатуре ферментов было сделано в феврале 2006 г.

Работа со специализированным ресурсом Brenda для характеристики фермента EC: 6.3.4.4

Общее число ферментов с кодом EC 6.3.4.4 — 284.
Схема ферментативной реакции:

Ингибиторы фермента 6.3.4.4


У данного фермента большое количество ингибиторов - их более 40. Среди них такие как циклический ГМФ, цианоаланин, формусин Б монофосфат и многие другие.
Ниже приведены некоторые ингибиторы:

Активаторы


Активаторов найдено не было

Оптимум рН

Оптимум рН для фермента EC 6.3.4.4 представлен ниже. Он различен для разных организмов и лежит в пределах от 6.2 до 8.


Заболевания

Все известные заболевания,связаные с работой фермента 6.3.4.4, можно получить, если зайти по данной ссылке

Описание субъединичной структуры, характерной для фермента EC 6.3.4.4


Фермент в зависимости от организма может быть димером, гомодимером или мономером:

Посттрансляционные модификации, характерные для фермента EC 6.3.4.4, не определены.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Задание: сравнить общую доменную структуру и сходство последовательностей гомологичных доменов из 3-х ферментов с одним кодом (EC 6.3.4.4).

В 3 организмах (Escherichia coli, Methanococcus jannaschii, Homo sapiens) в базе данных белковых последовательностей Swiss-Prot был произведен поиск ферментов с кодом EC 6.3.4.4 по следующему запросу:

"((([swissprot-EntryName:*_Ecoli*] | [swissprot-EntryName:*_Human*]) | [swissprot-EntryName:*_Metja*]) & [swissprot-ECNumber:6.3.4.4*]) "
В результате было найдено 4 белков: 1 из Ecoli, 1 из Metja, и 2 из Human.

Найденные белки содержат различные домены описанные в Pfam,
Для сравнения выбран домен Adenylsucc_synt

Расположение домена Adenylsucc_synt в белках:
Организм Начало домена Конец домена
PURA1_HUMAN 33 455
PURA2_HUMAN 30 544
PURA_ECOLI 3 424
PURA_METJA 9 340

Сравнение последовательностей гомологичных доменов из двух организмов: Escherichia coli и Homo sapiens

Используя программы seqret и extractseq пакета EMBOSS были получены аминокислотные последовательности доменов.
Программа seqret использовалась для получения последовательностей ферментов из Swiss-Prot
С помощью программы extractseq были вырезаны домены из последовательностей ферментов.
Вот команды, с помощью которых были получены последовательности доменов:
seqret sw:PURA1_HUMAN
seqret sw:PURA2_HUMAN
seqret sw:PURA_ECOLI
seqret sw:PURA_METJA
extractseq pura1_human -regions 33-455
extractseq pura2_human -regions 30-454
extractseq pura_ecoli -regions 3-424
extractseq pura2_metja -regions 9-340
Ниже приведена команда, благодаря которой было получено попарное выравнивание доменов из Homo sapiens и Escherichia coli:
needle pura1_human.fasta pura2_human.fasta pura1_human_pura2_human_needle -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle pura1_human.fasta pura_ecoli.fasta pura1_human_pura_ecoli_needle -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle pura1_human.fasta pura2_metja.fasta pura1_human_pura2_metja_needle -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle pura2_human.fasta pura_ecoli.fasta pura2_human_pura_ecoli_needle -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle pura2_human.fasta pura2_metja.fasta pura2_human_pura2_metja_needle -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle pura_ecoli.fasta pura2_metja.fasta pura_ecoli_pura2_metja_needle -gapopen 10 -gapextend 0.5

Ниже приведен график выравнивания

На данном графике выравнивания видно, что присутствует большое количество консервативных участков. Это подтверждает их высокую степень гомологии.

Enzyme

Enzyme — база данных, содержащая информацию, касающуюся номенклатуры ферментов.
Страничка, посвященная ферменту, может нести следующую информацию:
  • официальное название
  • альтернативное название
  • приведена катализируемая реакция
  • человеческие генетические болезни
  • ссылки на странички других баз данных, содержащих информацию об интересующем ферменте
  • ссылки на Swiss-Prot-документы, содержащие информацию о ферментах с данным кодом.
  • комментарии
  • кофакторы
    © Долудин Юрий,2006