На главную страницу четвёртого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

GO: описание терминов

  1. Заданное описание локализации — интегральный белок плазматической мембраны
  2. выбранный термин — integral to plasma membrane
  3. Идентификатор GO:0005887
  4. Название онтологии GO — cellular component(клеточный компонент)
  5. Определение термина — интегрированный в плазматическую мембрану

Описание функции конкретного белка с помощью GOA

  Онтология GO (имя) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
Где? component 1 мембранная фракция
Зачем, для чего? process 3(4) аминоацилирование тРНК для трансляции белка, аминоацилирование лизиновой тРНК
Молекулярный механизм? function 8(15) связывание с нуклеотидом, белком, с ионами металлов, АТФ; активность аминоацил-тРНК лигазы,лизиновой тРНК;
Специфичность? function   связывается с катионами магния, лизиновой тРНК

Исследование качества аннотации мембранных белков Homo sapiens
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

  Количество записей Запрос
Всего 68950 (([uniprot-Organism:homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:homo sapiens*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 14602 ((([uniprot-Organism:Homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:Homo sapiens*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]))
В том числе интегральный белок плазматической мембраны 815 ((([uniprot-Organism:homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:homo sapiens*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:integral to plasma membrane ]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) 467 (((([uniprot-Organism:homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:homo sapiens*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:integral to plasma membrane ])) & ((((((((((((((([uniprot-DBxref_:GO F:IDA*] | [uniprot-DBxref_:TAS*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS*]) ! [uniprot-DBxref_:ND*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA*]) ! [uniprot-DBxref_:IC*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) 698 (((([uniprot-Organism:homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:homo sapiens*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:integral to plasma membrane ])) & ([uniprot-DBxref_:GO F:IDA*] | [uniprot-DBxref_:TAS*]))


Судя по полученным результатам, Homo sapiens (человек разумный) - хорошо изученный организм.
В 14602 записях находятся все 3 онтологии GO (function(F), process(P), component(C)).
Достаточно количество белков(698) описано с самыми хорошими доказательствами функции (IDA или TAS), имеющих отношение к белку, интегрированного в плазматическую мембрану.
Только с самыми хорошими доказательствами функции (IDA или TAS) найдено также много (467 белков), имеющих отношение к плазматической мембране.
IDA - Inferred from Direct Assay (основанный на прямом опыте)
TAS - Traceable Author Statement (утверждение, приписываемое автору)
Долудин Юрий,2006