На главную страницу четвёртого семестра
Классификация функций. Ферменты.
Расшифровка кода фермента
Код исследуемого фермента EC 2.7.4.3
На главной странице сайта IUPAC был выбран раздел, посвященный химической номенклатуре.
Далее - на страницу совместной комиссииIUBMB-IUPAC по биохимической номенклатуре (JCBN). На открывшейся странице есть ссылка на химическую номенклатуру.
- 2.- трансферазы(класс ферментов, катализирующих перенос функциональных групп и молекулярных остатков от одной молекулы к другой)
- 2.7. - переносчики фосфосодержащих групп(Transferring phosphorus-containing groups)
- 2.7.4. - фосфотрансферазы с фосфатными группами в качестве акцептора(Phosphotransferases with a phosphate group as acceptor)
- 2.7.4.3 - аденилаткиназа(adenylate kinase)
Данные о IUPAC и IUBMB
- IUPAC был организован в 1919 г.
- Международная комиссия по номенклатуре ферментов была организована в 1956 г.
- А последние уточнения в номенклатуре ферментов было сделано в феврале 2006 г.
Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов
Задание: сравнить общую доменную структуру и сходство последовательностей
гомологичных доменов из 3-х ферментов с одним кодом (EC 2.7.4.3).
В 3 организмах (Escherichia coli, Methanococcus jannaschii, Homo sapiens) в базе
данных белковых последовательностей Swiss-Prot был произведен поиск ферментов с
кодом EC 2.7.4.3 по следующему запросу:
((([uniprot-ID:*_Ecoli*] | [uniprot-ID:*_Human*]) | [uniprot-ID:*_Metja*]) &
[uniprot-ECNumber:2.7.4.3*])
В результате было найдено 9 белков: 1 из Ecoli,
1 из Metja,
и 7 из Human.
Найденные белки содержат различные домены описанные в Pfam,
| |
UniProt ID |
UniProt AC |
Имя гена |
Первый домен |
Второй домен |
Идентификатор Pfam |
Положение в последовательности |
Идентификатор Pfam |
Положение в последовательности |
| 1 |
CI098_HUMAN |
Q96MA6
Q8N9W9
|
C9ORF98 |
PF00406 |
69-248 |
|
|
| 2 |
KAD1_HUMAN |
P00568
Q9BVK9
Q9UQC7
|
AK1 |
PF00406 |
13-169 |
|
|
| 3 |
KAD2_HUMAN |
P54819
Q16856
Q5TIF7
Q8TCY2
Q8TCY3
|
AK2 |
PF00406
|
19-205 |
PF05191 |
141-146 |
| 4 |
KAD4_HUMAN |
P27144
|
AK3L1 |
PF00406 |
10-190
|
PF05191 |
126-161 |
| 5 |
KAD5_HUMAN |
Q9Y6K8
Q96EC9
|
AK5
|
PF00406 |
16-172 |
|
|
| 6 |
KAD6_HUMAN |
Q9Y3D8
|
AK6
|
PF00004 |
5-35 |
|
|
| 7 |
KAD7_HUMAN |
Q96M32
Q8IYP6
|
AK7 |
|
|
PF05186 |
679-720 |
| 8 |
KADA_METJA |
P43409
|
ADKA |
|
|
|
|
| 9 |
KAD_ECOLI |
P69441
P05082
P77123
Q2MBV3
|
ADK |
PF00406
|
5-187
|
PF05191 |
123-158 |
Сравнение последовательностей гомологичных доменов из двух организмов: Escherichia coli и Homo sapiens
Мною было выбрано 6 последовательностей(5 из человека и 1 из кишечной палочки).
Гомологичный домен для выбранных четырех последовательностей является PF00406.
Используя программы seqret и extractseq пакета EMBOSS были получены
аминокислотные последовательности доменов.
Программа seqret использовалась для получения последовательностей ферментов
из Swiss-Prot
С помощью программы extractseq были вырезаны домены из последовательностей
ферментов.
Вот команды, с помощью которых были получены последовательности
доменов:
seqret sw:ci098_human
seqret sw:kad1_human
seqret sw:kad2_human
seqret sw:kad4_human
seqret sw:kad5_human
seqret sw:kad_ecoli
extractseq ci098_human -regions 69-248
extractseq kad1_human -regions 13-169
extractseq kad2_human -regions 19-205
extractseq kad4_human -regions 10-190
extractseq kad5_human -regions 16-172
extractseq kad_ecoli -regions 5-187
extractseq kad2_human -regions 141-146
extractseq kad4_human -regions 126-161
extractseq kad_ecoli -regions 123-158
Ниже приведена команда, благодаря которой было получено
попарное выравнивание доменов из Homo sapiens и Escherichia coli:
needle ci098_human1.fasta kad1_human1.fasta ci098_human1_kad1_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle ci098_human1.fasta kad2_human1.fasta ci098_human1_kad2_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle ci098_human1.fasta kad4_human1.fasta ci098_human1_kad4_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle ci098_human1.fasta kad5_human1.fasta ci098_human1_kad5_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle ci098_human1.fasta kad_ecoli1.fasta ci098_human1_kad_ecoli1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad1_human1.fasta kad2_human1.fasta kad1_human1_kad2_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad1_human1.fasta kad4_human1.fasta kad1_human1_kad4_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad1_human1.fasta kad5_human1.fasta kad1_human1_kad5_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad1_human1.fasta kad_ecoli1.fasta kad1_human1_kad_ecoli1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad2_human1.fasta kad4_human1.fasta kad2_human1_kad4_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad2_human1.fasta kad5_human1.fasta kad2_human1_kad5_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad2_human1.fasta kad_ecoli1.fasta kad2_human1_kad_ecoli1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad4_human1.fasta kad5_human1.fasta kad4_human1_kad5_human1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad4_human1.fasta kad_ecoli1.fasta kad4_human1_kad_ecoli1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
needle kad5_human1.fasta kad_ecoli1.fasta kad5_human1_kad_ecoli1.fasta -gapopen 10 -gapextend 0.5
В результате чего были получены следующие выравнивания:
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] ci098_human1.fasta
# [-bsequence] kad_ecoli1.fasta
# [-outfile] ci098_human1_kad_ecoli1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: ci098_human1_kad_ecoli1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: CI098_HUMAN
# 2: KAD_ECOLI
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 216
# Identity: 51/216 (23.6%)
# Similarity: 97/216 (44.9%)
# Gaps: 38/216 (17.6%)
# Score: 203.0
#
#
#=======================================
CI098_HUMAN 1 -----------GKTTIAMWLCKHLNSSLLTLENLI---LNEFSYTATEAR 36
||.|.|.::.:......::..::: :...|....:|:
KAD_ECOLI 1 MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAVKSGSELGKQAK 50
CI098_HUMAN 37 RLYLQRKTVPSALLVQLIQERLAEEDCIKQGWILDGIPETREQALRIQTL 86
.:....|.|...|::.|::||:|:||| :.|::|||.|.|..||..::..
KAD_ECOLI 51 DIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQEDC-RNGFLLDGFPRTIPQADAMKEA 99
CI098_HUMAN 87 GITPRHVIVLSAPDTVLIERNLGKRIDPQTGEIYHTTFDWPPESEIQN-- 134
||...:|:....||.::::|.:|:|:...:|.:||..|: ||:.|.::
KAD_ECOLI 100 GINVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKFN-PPKVEGKDDV 148
CI098_HUMAN 135 ---RLMVPEDISELETAQKLLEYHRNIVRVIPSYPKILKVISADQPCVD- 180
.|...:|..|....::|:|||:....:|..|.|..:..:.....||
KAD_ECOLI 149 TGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGYYSKEAEAGNTKYAKVDG 198
CI098_HUMAN 180 ---------------- 180
KAD_ECOLI 199 TKPVAEVRADLEKILG 214
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] ci098_human1.fasta
# [-bsequence] kad1_human1.fasta
# [-outfile] ci098_human1_kad1_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: ci098_human1_kad1_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: CI098_HUMAN
# 2: KAD1_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 223
# Identity: 41/223 (18.4%)
# Similarity: 81/223 (36.3%)
# Gaps: 72/223 (32.3%)
# Score: 68.5
#
#
#=======================================
CI098_HUMAN 1 -------------------GKTTIAMWLCKHLNSSLLTLENLILNEFSYT 31
||.|....:.:....:.|:..:|:.:|.|..
KAD1_HUMAN 1 MEEKLKKTKIIFVVGGPGSGKGTQCEKIVQKYGYTHLSTGDLLRSEVSSG 50
CI098_HUMAN 32 ATEARRL--YLQR-KTVPSALLVQLIQERLAEEDCIKQGWILDGIPETRE 78
:...::| .::: :.||...::.::::.:..:....:|:::||.|...:
KAD1_HUMAN 51 SARGKKLSEIMEKGQLVPLETVLDMLRDAMVAKVNTSKGFLIDGYPREVQ 100
CI098_HUMAN 79 QALRIQTLGITPRHVIVLSAPDTVLIERNLGKRIDPQTGEIYHTTFDWPP 128
|....: :||...|..:| .|..|
KAD1_HUMAN 101 QGEEFE-------------------------RRIGQPTLLLY---VDAGP 122
CI098_HUMAN 129 ESEIQNRLMVPE-----DISELETAQKLLE-YHRNIVRVIPSYPK--ILK 170
|:..|..|...| |.:| ||.:|.|| |::....||..|.| |::
KAD1_HUMAN 123 ETMTQRLLKRGETSGRVDDNE-ETIKKRLETYYKATEPVIAFYEKRGIVR 171
CI098_HUMAN 171 VISAD--------QPCVD----- 180
.::|: |.|..
KAD1_HUMAN 172 KVNAEGSVDSVFSQVCTHLDALK 194
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] ci098_human1.fasta
# [-bsequence] kad2_human1.fasta
# [-outfile] ci098_human1_kad2_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: ci098_human1_kad2_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: CI098_HUMAN
# 2: KAD2_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 241
# Identity: 56/241 (23.2%)
# Similarity: 88/241 (36.5%)
# Gaps: 63/241 (26.1%)
# Score: 138.0
#
#
#=======================================
CI098_HUMAN 1 --------------------------GKTTIAMWLCKHLNSSLLTLENLI 24
||.|.|..|.::.....|...:::
KAD2_HUMAN 1 MAPSVPAAEPEYPKGIRAVLLGPPGAGKGTQAPRLAENFCVCHLATGDML 50
CI098_HUMAN 25 LNEFSYTATEARRLYLQR---KTVPSALLVQLIQERLAEEDCIKQGWILD 71
....:..:...::|.... |.|...::|:||::.|....| |.|::||
KAD2_HUMAN 51 RAMVASGSELGKKLKATMDAGKLVSDEMVVELIEKNLETPLC-KNGFLLD 99
CI098_HUMAN 72 GIPETREQALRIQTLGITPRH----VIVLSAPDTVLIERNLGKRIDPQTG 117
|.|.|..||..:..|....:. ||..|.||::||.|..|:.|.|::|
KAD2_HUMAN 100 GFPRTVRQAEMLDDLMEKRKEKLDSVIEFSIPDSLLIRRITGRLIHPKSG 149
CI098_HUMAN 118 EIYHTTFDWPPESEIQN-----RLMVPEDISELETAQKLLEYHRNIVRVI 162
..||..|: ||:..::: .|:...|.:|.....:|..||.....:|
KAD2_HUMAN 150 RSYHEEFN-PPKEPMKDDITGEPLIRRSDDNEKALKIRLQAYHTQTTPLI 198
CI098_HUMAN 163 PSYPK--ILKVISADQ-PCVD-------------------- 180
..|.| |...|.|.| |.|.
KAD2_HUMAN 199 EYYRKRGIHSAIDASQTPDVVFASILAAFSKATCKDLVMFI 239
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] ci098_human1.fasta
# [-bsequence] kad4_human1.fasta
# [-outfile] ci098_human1_kad4_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: ci098_human1_kad4_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: CI098_HUMAN
# 2: KAD4_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 230
# Identity: 48/230 (20.9%)
# Similarity: 86/230 (37.4%)
# Gaps: 57/230 (24.8%)
# Score: 109.5
#
#
#=======================================
CI098_HUMAN 1 ----------------GKTTIAMWLC-----KHLNSSLLTLENLILNEFS 29
||.|:...:. :||:|.....||: :.|
KAD4_HUMAN 1 MASKLLRAVILGPPGSGKGTVCQRIAQNFGLQHLSSGHFLRENI---KAS 47
CI098_HUMAN 30 YTATEARRLYLQRK-TVPSALLVQLIQERLAEEDCIKQGWILDGIPETRE 78
....|..:.|:::. .||..::.:|:...| |:...|.|:|||.|.|..
KAD4_HUMAN 48 TEVGEMAKQYIEKSLLVPDHVITRLMMSEL--ENRRGQHWLLDGFPRTLG 95
CI098_HUMAN 79 QALRIQTLGITPRHVIVLSAPDTVLIERNLGKRIDPQTGEIYHTTFDWPP 128
||..:..: .....||.|:.|...|.:|...:.|.|.:|.:|:..|: ||
KAD4_HUMAN 96 QAEALDKI-CEVDLVISLNIPFETLKDRLSRRWIHPPSGRVYNLDFN-PP 143
CI098_HUMAN 129 E----SEIQNRLMVPEDISELETAQKLLEYHRNIVR-VIPSYPK--ILKV 171
. .::....:|.::..:.|.....|..::::.: ||..|.. :|..
KAD4_HUMAN 144 HVHGIDDVTGEPLVQQEDDKPEAVAARLRQYKDVAKPVIELYKSRGVLHQ 193
CI098_HUMAN 172 ISADQ-----PCVD---------------- 180
.|..: |.|.
KAD4_HUMAN 194 FSGTETNKIWPYVYTLFSNKITPIQSKEAY 223
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] ci098_human1.fasta
# [-bsequence] kad5_human1.fasta
# [-outfile] ci098_human1_kad5_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: ci098_human1_kad5_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: CI098_HUMAN
# 2: KAD5_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 236
# Identity: 46/236 (19.5%)
# Similarity: 76/236 (32.2%)
# Gaps: 94/236 (39.8%)
# Score: 81.0
#
#
#=======================================
CI098_HUMAN 1 ----------------------GKTT-----IAMWLCKHLNSSLLTLENL 23
||.| :..:...||::..|..|.|
KAD5_HUMAN 1 MGGFMEDLRKCKIIFIIGGPGSGKGTQCEKLVEKYGFTHLSTGELLREEL 50
CI098_HUMAN 24 ILNEFSYTATEARRLYLQR------KTVPSALLVQLIQERLAEEDCIKQG 67
|:|:.|..|.| ..|||.::::|::|.:.......:|
KAD5_HUMAN 51 --------ASESERSKLIRDIMERGDLVPSGIVLELLKEAMVASLGDTRG 92
CI098_HUMAN 68 WILDGIPETREQALRIQTLGITPRHVIVLSAPDTVLIERNLGKRI-DPQT 116
:::||.|...:|. ...|:|| |||.
KAD5_HUMAN 93 FLIDGYPREVKQG-------------------------EEFGRRIGDPQL 117
CI098_HUMAN 117 GEIYHTTFDWPPESEIQNRLM------VPEDISELETAQKLLEYHRNIVR 160
......:.| .:.|||: :|.|.:....|::|..|:|..:.
KAD5_HUMAN 118 VICMDCSAD-----TMTNRLLQRSRSSLPVDDTTKTIAKRLEAYYRASIP 162
CI098_HUMAN 161 VIPSY--PKILKVISADQPCVD-------------- 180
||..| ...|..|:|:....|
KAD5_HUMAN 163 VIAYYETKTQLHKINAEGTPEDVFLQLCTAIDSIIF 198
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad1_human1.fasta
# [-bsequence] kad_ecoli1.fasta
# [-outfile] kad1_human1_kad_ecoli1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad1_human1_kad_ecoli1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD1_HUMAN
# 2: KAD_ECOLI
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 225
# Identity: 68/225 (30.2%)
# Similarity: 111/225 (49.3%)
# Gaps: 42/225 (18.7%)
# Score: 284.0
#
#
#=======================================
KAD1_HUMAN 1 MEEKLKKTKIIFVVGGPGSGKGTQCEKIVQKYGYTHLSTGDLLRSEVSSG 50
..|.::|.||:|||||.:.|::|||...:||||:||:.|.||
KAD_ECOLI 1 --------MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAVKSG 42
KAD1_HUMAN 51 SARGKKLSEIMEKGQLVPLETVLDMLRDAMVAKVNTSKGFLIDGYPREVQ 100
|..||:..:||:.|:||..|.|:.:::: .:|:.:...|||:||:||.:.
KAD_ECOLI 43 SELGKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKE-RIAQEDCRNGFLLDGFPRTIP 91
KAD1_HUMAN 101 QGEEFERRIGQPTLLLYVDAGPETMTQRLLKR--GETSGRV--------- 139
|.:..:........:|..|...|.:..|::.| ...||||
KAD_ECOLI 92 QADAMKEAGINVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKFNPPK 141
KAD1_HUMAN 140 ----------------DDNEETIKKRLETYYKATEPVIAFYEKR---GIV 170
||.|||::|||..|::.|.|:|.:|.|. |..
KAD_ECOLI 142 VEGKDDVTGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGYYSKEAEAGNT 191
KAD1_HUMAN 171 RKVNAEGSVDSVFSQVCTHLDALK- 194
:....:|: ...::|...|:.:.
KAD_ECOLI 192 KYAKVDGT--KPVAEVRADLEKILG 214
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad1_human1.fasta
# [-bsequence] kad2_human1.fasta
# [-outfile] kad1_human1_kad2_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad1_human1_kad2_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD1_HUMAN
# 2: KAD2_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 248
# Identity: 75/248 (30.2%)
# Similarity: 114/248 (46.0%)
# Gaps: 63/248 (25.4%)
# Score: 276.5
#
#
#=======================================
KAD1_HUMAN 1 -------MEEKLKKTKIIFVVGGPGSGKGTQCEKIVQKYGYTHLSTGDLL 43
.|.:..|.....::|.||:|||||..::.:.:...||:|||:|
KAD2_HUMAN 1 MAPSVPAAEPEYPKGIRAVLLGPPGAGKGTQAPRLAENFCVCHLATGDML 50
KAD1_HUMAN 44 RSEVSSGSARGKKLSEIMEKGQLVPLETVLDMLRDAMVAKVNTSKGFLID 93
|:.|:|||..||||...|:.|:||..|.|::::...:...: ...|||:|
KAD2_HUMAN 51 RAMVASGSELGKKLKATMDAGKLVSDEMVVELIEKNLETPL-CKNGFLLD 99
KAD1_HUMAN 94 GYPREVQQGEE----FERR---------IGQPTLLLYVDAGPETMTQRLL 130
|:||.|:|.|. .|:| ...|..||. ..:|.||:
KAD2_HUMAN 100 GFPRTVRQAEMLDDLMEKRKEKLDSVIEFSIPDSLLI-----RRITGRLI 144
KAD1_HUMAN 131 --KRG----------------ETSG-----RVDDNEETIKKRLETYYKAT 157
|.| :.:| |.||||:.:|.||:.|:..|
KAD2_HUMAN 145 HPKSGRSYHEEFNPPKEPMKDDITGEPLIRRSDDNEKALKIRLQAYHTQT 194
KAD1_HUMAN 158 EPVIAFYEKRGIVRKVNAEGSVDSVFSQVCTHLDALK----------- 194
.|:|.:|.||||...::|..:.|.||:.: |.|..
KAD2_HUMAN 195 TPLIEYYRKRGIHSAIDASQTPDVVFASI---LAAFSKATCKDLVMFI 239
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad1_human1.fasta
# [-bsequence] kad4_human1.fasta
# [-outfile] kad1_human1_kad4_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad1_human1_kad4_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD1_HUMAN
# 2: KAD4_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 231
# Identity: 66/231 (28.6%)
# Similarity: 111/231 (48.1%)
# Gaps: 45/231 (19.5%)
# Score: 241.5
#
#
#=======================================
KAD1_HUMAN 1 MEEKLKKTKIIFVVGGPGSGKGTQCEKIVQKYGYTHLSTGDLLRSEVSSG 50
|..||.:..|: |.|||||||.|::|.|.:|..|||:|..||..:.:.
KAD4_HUMAN 1 MASKLLRAVIL---GPPGSGKGTVCQRIAQNFGLQHLSSGHFLRENIKAS 47
KAD1_HUMAN 51 SARGKKLSEIMEKGQLVPLETVLDMLRDAMVAKVNTSKG--FLIDGYPRE 98
:..|:...:.:||..||| :.|:..| |::::...:| :|:||:||.
KAD4_HUMAN 48 TEVGEMAKQYIEKSLLVP-DHVITRL---MMSELENRRGQHWLLDGFPRT 93
KAD1_HUMAN 99 VQQGEEFERRIGQPTLLLYVDAGPETMTQRLLKR--GETSGRV------- 139
:.|.|..: :|.:..|::.::...||:..||.:| ...||||
KAD4_HUMAN 94 LGQAEALD-KICEVDLVISLNIPFETLKDRLSRRWIHPPSGRVYNLDFNP 142
KAD1_HUMAN 140 ------------------DDNEETIKKRLETYYKATEPVIAFYEKRGIVR 171
||..|.:..||..|....:|||..|:.||::.
KAD4_HUMAN 143 PHVHGIDDVTGEPLVQQEDDKPEAVAARLRQYKDVAKPVIELYKSRGVLH 192
KAD1_HUMAN 172 KVNAEGS------VDSVFSQVCTHLDALK-- 194
:.:...: |.::||...|.:.:.:
KAD4_HUMAN 193 QFSGTETNKIWPYVYTLFSNKITPIQSKEAY 223
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad1_human1.fasta
# [-bsequence] kad5_human1.fasta
# [-outfile] kad1_human1_kad5_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad1_human1_kad5_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD1_HUMAN
# 2: KAD5_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 198
# Identity: 112/198 (56.6%)
# Similarity: 151/198 (76.3%)
# Gaps: 4/198 ( 2.0%)
# Score: 597.0
#
#
#=======================================
KAD1_HUMAN 1 ---MEEKLKKTKIIFVVGGPGSGKGTQCEKIVQKYGYTHLSTGDLLRSEV 47
..|.|:|.||||::|||||||||||||:|:|||:||||||:|||.|:
KAD5_HUMAN 1 MGGFMEDLRKCKIIFIIGGPGSGKGTQCEKLVEKYGFTHLSTGELLREEL 50
KAD1_HUMAN 48 SSGSARGKKLSEIMEKGQLVPLETVLDMLRDAMVAKVNTSKGFLIDGYPR 97
:|.|.|.|.:.:|||:|.|||...||::|::||||.:..::|||||||||
KAD5_HUMAN 51 ASESERSKLIRDIMERGDLVPSGIVLELLKEAMVASLGDTRGFLIDGYPR 100
KAD1_HUMAN 98 EVQQGEEFERRIGQPTLLLYVDAGPETMTQRLLKRGETSGRVDDNEETIK 147
||:|||||.||||.|.|::.:|...:|||.|||:|..:|..|||..:||.
KAD5_HUMAN 101 EVKQGEEFGRRIGDPQLVICMDCSADTMTNRLLQRSRSSLPVDDTTKTIA 150
KAD1_HUMAN 148 KRLETYYKATEPVIAFYEKRGIVRKVNAEGSVDSVFSQVCTHLDALK- 194
||||.||:|:.||||:||.:..:.|:||||:.:.||.|:||.:|::.
KAD5_HUMAN 151 KRLEAYYRASIPVIAYYETKTQLHKINAEGTPEDVFLQLCTAIDSIIF 198
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad2_human1.fasta
# [-bsequence] kad_ecoli1.fasta
# [-outfile] kad2_human1_kad_ecoli1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad2_human1_kad_ecoli1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD2_HUMAN
# 2: KAD_ECOLI
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 247
# Identity: 106/247 (42.9%)
# Similarity: 141/247 (57.1%)
# Gaps: 41/247 (16.6%)
# Score: 514.5
#
#
#=======================================
KAD2_HUMAN 1 MAPSVPAAEPEYPKGIRAVLLGPPGAGKGTQAPRLAENFCVCHLATGDML 50
:|.:|||.|||||||||..:.|.:.:..::|||||
KAD_ECOLI 1 ---------------MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDML 35
KAD2_HUMAN 51 RAMVASGSELGKKLKATMDAGKLVSDEMVVELIEKNLETPLCKNGFLLDG 100
||.|.|||||||:.|..|||||||:||:|:.|:::.:....|:|||||||
KAD_ECOLI 36 RAAVKSGSELGKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQEDCRNGFLLDG 85
KAD2_HUMAN 101 FPRTVRQAEMLDDLMEKRKEKLDSVIEFSIPDSLLIRRITGRLIHPKSGR 150
||||:.|| |.|::....:|.|:||.:||.|::.||.||.:|..|||
KAD_ECOLI 86 FPRTIPQA----DAMKEAGINVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGR 131
KAD2_HUMAN 151 SYHEEFNPPKEPMKDDITGEPLIRRSDDNEKALKIRLQAYHTQTTPLIEY 200
.||.:|||||...|||:|||.|..|.||.|:.::.||..||..|.|||.|
KAD_ECOLI 132 VYHVKFNPPKVEGKDDVTGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGY 181
KAD2_HUMAN 201 YRKRG-----IHSAIDASQTPDVVFA---SILAAFSKATCKDLVMFI 239
|.|.. .::.:|.::....|.| .||.
KAD_ECOLI 182 YSKEAEAGNTKYAKVDGTKPVAEVRADLEKILG-------------- 214
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad2_human1.fasta
# [-bsequence] kad4_human1.fasta
# [-outfile] kad2_human1_kad4_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad2_human1_kad4_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD2_HUMAN
# 2: KAD4_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 245
# Identity: 90/245 (36.7%)
# Similarity: 135/245 (55.1%)
# Gaps: 28/245 (11.4%)
# Score: 389.5
#
#
#=======================================
KAD2_HUMAN 1 MAPSVPAAEPEYPKGIRAVLLGPPGAGKGTQAPRLAENFCVCHLATGDML 50
...|.:|||:|||||:||||...|:|:||.:.||::|..|
KAD4_HUMAN 1 ----------MASKLLRAVILGPPGSGKGTVCQRIAQNFGLQHLSSGHFL 40
KAD2_HUMAN 51 RAMVASGSELGKKLKATMDAGKLVSDEMVVELIEKNLETPLCKNG--FLL 98
|..:.:.:|:|:..|..::...||.|.::..|:...||. :.| :||
KAD4_HUMAN 41 RENIKASTEVGEMAKQYIEKSLLVPDHVITRLMMSELEN---RRGQHWLL 87
KAD2_HUMAN 99 DGFPRTVRQAEMLDDLMEKRKEKLDSVIEFSIPDSLLIRRITGRLIHPKS 148
||||||:.|||.||.:.| :|.||..:||...|..|::.|.|||.|
KAD4_HUMAN 88 DGFPRTLGQAEALDKICE-----VDLVISLNIPFETLKDRLSRRWIHPPS 132
KAD2_HUMAN 149 GRSYHEEFNPPKEPMKDDITGEPLIRRSDDNEKALKIRLQAYHTQTTPLI 198
||.|:.:||||.....||:|||||:::.||..:|:..||:.|.....|:|
KAD4_HUMAN 133 GRVYNLDFNPPHVHGIDDVTGEPLVQQEDDKPEAVAARLRQYKDVAKPVI 182
KAD2_HUMAN 199 EYYRKRGIHSAIDASQTPDVVFASILAAFS-KAT---CKDLVMFI 239
|.|:.||:......::| :.::..:...|| |.| .|:..
KAD4_HUMAN 183 ELYKSRGVLHQFSGTET-NKIWPYVYTLFSNKITPIQSKEAY--- 223
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad2_human1.fasta
# [-bsequence] kad5_human1.fasta
# [-outfile] kad2_human1_kad5_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad2_human1_kad5_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD2_HUMAN
# 2: KAD5_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 256
# Identity: 73/256 (28.5%)
# Similarity: 113/256 (44.1%)
# Gaps: 75/256 (29.3%)
# Score: 238.5
#
#
#=======================================
KAD2_HUMAN 1 MAPSVPAAEPEYPKGIR----AVLLGPPGAGKGTQAPRLAENFCVCHLAT 46
...:.:.:| ..::|.||:|||||..:|.|.:...||:|
KAD5_HUMAN 1 --------MGGFMEDLRKCKIIFIIGGPGSGKGTQCEKLVEKYGFTHLST 42
KAD2_HUMAN 47 GDMLRAMVASGSELGKKLKATMDAGKLVSDEMVVELIEKNLETPL-CKNG 95
|::||..:||.||..|.::..|:.|.||...:|:||:::.:...| ...|
KAD5_HUMAN 43 GELLREELASESERSKLIRDIMERGDLVPSGIVLELLKEAMVASLGDTRG 92
KAD2_HUMAN 96 FLLDGFPRTVRQAEMLDDLMEKRKEKLDSVIEFSIPDSLLIRRITGRLIH 145
||:||:||.|:|.| ||. |||
KAD5_HUMAN 93 FLIDGYPREVKQGE-----------------EFG-------RRI------ 112
KAD2_HUMAN 146 PKSGRSYHEEFNPPK-----EPMKDDITGEPLIRRS------DDNEKALK 184
..|: :...|.:|.. |::|| ||..|.:.
KAD5_HUMAN 113 -----------GDPQLVICMDCSADTMTNR-LLQRSRSSLPVDDTTKTIA 150
KAD2_HUMAN 185 IRLQAYHTQTTPLIEYYR-KRGIHSAIDASQTPDVVFASILAAFSKATCK 233
.||:||:..:.|:|.||. |..:|. |:|..||:.||..:..|.
KAD5_HUMAN 151 KRLEAYYRASIPVIAYYETKTQLHK-INAEGTPEDVFLQLCTAI------ 193
KAD2_HUMAN 234 DLVMFI 239
|.::|
KAD5_HUMAN 194 DSIIF- 198
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:19
# Commandline: needle
# [-asequence] kad4_human1.fasta
# [-bsequence] kad_ecoli1.fasta
# [-outfile] kad4_human1_kad_ecoli1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad4_human1_kad_ecoli1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD4_HUMAN
# 2: KAD_ECOLI
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 248
# Identity: 79/248 (31.9%)
# Similarity: 122/248 (49.2%)
# Gaps: 59/248 (23.8%)
# Score: 368.5
#
#
#=======================================
KAD4_HUMAN 1 MASKLLRAVILGPPGSGKGTVCQRIAQNFGLQHLSSGHFLRENIKASTEV 50
:|.::||.||:||||..|.|.:.:|:..:|:|..||..:|:.:|:
KAD_ECOLI 1 -----MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAVKSGSEL 45
KAD4_HUMAN 51 GEMAKQYIEKSLLVPDHVITRLM---MSELENRRGQHWLLDGFPRTLGQA 97
|:.||..::...||.|.::..|: :::.:.|.| :||||||||:.||
KAD_ECOLI 46 GKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQEDCRNG--FLLDGFPRTIPQA 93
KAD4_HUMAN 98 EALDKI-CEVDLVISLNIPFETLKDRLSRRWIHPPSGRVYNLDFNPPHVH 146
:|:.:. ..||.|:..::|.|.:.||:..|.:|.||||||::.||||.|.
KAD_ECOLI 94 DAMKEAGINVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKFNPPKVE 143
KAD4_HUMAN 147 GIDDVTGEPLVQQEDDKPEAVAARLRQYKDVAKPVIELYKS--------- 187
|.||||||.|..::||:.|.|..||.:|..:..|:|..|..
KAD_ECOLI 144 GKDDVTGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGYYSKEAEAGNTKY 193
KAD4_HUMAN 188 ------------RGVLHQFSGTETNKIWPYVYTLFSNKITPIQSKEAY 223
|..|.:..|
KAD_ECOLI 194 AKVDGTKPVAEVRADLEKILG--------------------------- 214
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:18
# Commandline: needle
# [-asequence] kad4_human1.fasta
# [-bsequence] kad5_human1.fasta
# [-outfile] kad4_human1_kad5_human1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad4_human1_kad5_human1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD4_HUMAN
# 2: KAD5_HUMAN
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 237
# Identity: 60/237 (25.3%)
# Similarity: 108/237 (45.6%)
# Gaps: 53/237 (22.4%)
# Score: 225.0
#
#
#=======================================
KAD4_HUMAN 1 --------MASKLLRAVILGPPGSGKGTVCQRIAQNFGLQHLSSGHFLRE 42
...|:: .|:|.|||||||.|:::.:.:|..|||:|..|||
KAD5_HUMAN 1 MGGFMEDLRKCKII--FIIGGPGSGKGTQCEKLVEKYGFTHLSTGELLRE 48
KAD4_HUMAN 43 NIKASTEVGEMAKQYIEKSLLVPDHVITRL----MMSELENRRGQHWLLD 88
.:.:.:|..::.:..:|:..|||..::..| |::.|.:.|| :|:|
KAD5_HUMAN 49 ELASESERSKLIRDIMERGDLVPSGIVLELLKEAMVASLGDTRG--FLID 96
KAD4_HUMAN 89 GFPRTLGQAEALD-KICEVDLVISLNIPFETLKDRLSRRWIHPPSGRVYN 137
|:||.:.|.|... :|.:..|||.::...:|:.:||.:|
KAD5_HUMAN 97 GYPREVKQGEEFGRRIGDPQLVICMDCSADTMTNRLLQR----------- 135
KAD4_HUMAN 138 LDFNPPHVHGIDDVTGEPLVQQEDDKPEAVAARLRQYKDVAKPVIELYKS 187
..:..|: ||..:.:|.||..|...:.|||..|::
KAD5_HUMAN 136 ------------SRSSLPV----DDTTKTIAKRLEAYYRASIPVIAYYET 169
KAD4_HUMAN 188 RGVLHQFSGTET-NKIWPYVYTLFSNKITPIQSKEAY 223
:..||:.:...| ..::..:.|...:.|.
KAD5_HUMAN 170 KTQLHKINAEGTPEDVFLQLCTAIDSIIF-------- 198
#---------------------------------------
#---------------------------------------
########################################
# Program: needle
# Rundate: Wed Mar 28 2007 22:03:19
# Commandline: needle
# [-asequence] kad5_human1.fasta
# [-bsequence] kad_ecoli1.fasta
# [-outfile] kad5_human1_kad_ecoli1.fasta
# -gapopen 10
# -gapextend 0.5
# Align_format: srspair
# Report_file: kad5_human1_kad_ecoli1.fasta
########################################
#=======================================
#
# Aligned_sequences: 2
# 1: KAD5_HUMAN
# 2: KAD_ECOLI
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 257
# Identity: 66/257 (25.7%)
# Similarity: 99/257 (38.5%)
# Gaps: 102/257 (39.7%)
# Score: 248.0
#
#
#=======================================
KAD5_HUMAN 1 MGGFMEDLRKCKIIFIIGGPGSGKGTQCEKLVEKYGFTHLSTGELLREEL 50
..|.::|.||:|||||.:.::||||...:|||::||..:
KAD_ECOLI 1 -----------MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAV 39
KAD5_HUMAN 51 ASESERSKLIRDIMERGDLVPSGIVLELLKEAMVASLGDTR-GFLIDGYP 99
.|.||..|..:|||:.|.||...:|:.|:||.:... |.| |||:||:|
KAD_ECOLI 40 KSGSELGKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQE--DCRNGFLLDGFP 87
KAD5_HUMAN 100 REVKQGE-------------EF------------GRRI------------ 112
|.:.|.: || |||:
KAD_ECOLI 88 RTIPQADAMKEAGINVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKF 137
KAD5_HUMAN 113 GDPQLVICMDCSADTMTNRLLQRSRSSLPVDDTTKTIAKRLEAYYRASIP 162
..|::....|.:.:.:|.| .||..:|:.|||..|::.:.|
KAD_ECOLI 138 NPPKVEGKDDVTGEELTTR----------KDDQEETVRKRLVEYHQMTAP 177
KAD5_HUMAN 163 VIAYY---------------------ETKTQLHKINAEGTPEDVFLQLCT 191
:|.|| |.:..|.||..
KAD_ECOLI 178 LIGYYSKEAEAGNTKYAKVDGTKPVAEVRADLEKILG------------- 214
KAD5_HUMAN 192 AIDSIIF 198
KAD_ECOLI 214 ------- 214
#---------------------------------------
#---------------------------------------
|
|
На основании полученных результатов была создана сводная таблица, отражающая попарное сходство
доменов.
| |
CI098_HUMAN |
KAD1_HUMAN |
KAD2_HUMAN |
KAD4_HUMAN |
KAD5_HUMAN |
KAD_ECOLI |
| CI098_HUMAN |
100% |
|
|
|
|
|
| KAD1_HUMAN |
18.4% |
100% |
|
|
|
|
| KAD2_HUMAN |
23.2% |
30.2% |
100% |
|
|
|
| KAD4_HUMAN |
20.9% |
28.6% |
36.7% |
100% |
|
|
| KAD5_HUMAN |
19.5% |
56.6% |
28.5% |
25.3% |
100% |
|
| KAD_ECOLI |
23.6% |
30.2% |
42.9% |
31.9% |
25.7% |
100% |
Таким образом, из таблицы видно, что последовательности гомологичных доменов
имеют очень низкий процент идентичности. Для последовательностей
из одного организма процент идентичности в большинстве случае несколько выше, чем для различных
организмов, хотя и незначительно, хотя в одном случае он достигает 56.6%.
Все это свидетельствует о низкой
консервативности последовательности домена. Возможно, высокая консервативность
наблюдается в тонкой структуре последовательности, то есть в пределах
нескольких аминокислот в определенном участке.
Enzyme
Enzyme — база данных, содержащая информацию, касающуюся номенклатуры
ферментов.
Страничка, посвященная ферменту, может нести следующую информацию:
официальное название
альтернативное название
приведена катализируемая реакция
человеческие генетические болезни
ссылки на странички других баз данных, содержащих информацию об интересующем ферменте
ссылки на Swiss-Prot-документы, содержащие информацию о ферментах с данным кодом.
комментарии
кофакторы
© Долудин Юрий