• Главная
• Первый семестр

Общая характеристика структуры 2QCX





Рис1. Изображение вторичной структуры белка 2QCX. В белке нет бетта листов, но есть альфа спирали. В цепи А переход цветов идет от бледно-бледно розового к ярко малиновому. Терминальные атомы на С и N концах красного и зеленого цвета соответственно. В цепи B переход от бледно-бледно желтого к темно-коричневому цвету. Синим цветом выделены атомы 2х сложных органических молекул PF1 не относящиеся ни к белку ни к воде. Салатовым цветом выделены молекулы воды.

Важная информация о белке




1. Идентификатор PDB: 2QCX
2. Название белка: Thiaminase II (Тиаминаза II)
3. Количество разных цепей в PDB-файле: 2 (A,B)
4. Молекулы, отличные от белка и воды: 2 сложных органических молекулы PF1




Анализ структуры альфа-спиралей белка 2QCX



1. Шаг спирали: приблизительно 5.45 A
2. Число остатков спирали на один виток: приблизительно 3.75
3. Водородные связи: Аминокислота n будет образовывать водородные связи с аминокислотами n-4 и n+4.




Рис2. Альфа спираль состоит из 2х витков. Расстояние между крайними аминокислотами , образующими данную альфа-спираль равно 10.92 А. Следовательно шаг спирали: 5.46 A





Рис3. Альфа спираль состоит из 4х витков .Альфа спираль находится начиная со 106 аминокислоты и заканчивается 121.Число аминокислотных остатков на 1 виток спирали: 3.75

Рис4. Водородные связи в исследуемой альфа спирали. Синим цветом окрашены атомы азота при Са, а красным - атомы кислорода карбонильной группы при Са атоме.

Значения параметров для бетта листов в белке 1XU4




Рис.5. На рисунке представлена структура белка 1XU4, белок состоит из трех бетта листов. Лист А состоит из трех бетта-тяжей. Бетта - тяжи листа А на рисунке покрашены зеленым цветом.




Рис.6. Исследуемый бета-лист состоит из трех антипараллельных бета-тяжей. Это означает, что тяжи противоположно направлены . Параллельные же будут сонаправлены. Бетта лист образует неравномерную выпуклую поверхность.

Внутримолекулярные взаимодействия боковых групп белка в цепи А структуры 2QCX




 Дисульфидные мостики (сульфидная связь) — ковалентная связь между двумя атомами серы, входящими в состав серусодержащей аминокислоты цистеина.

В белке 2QCX всего один цистеиновый остаток ( в цепи B) . Поэтому дисульфидные мостики не образуются.

 
 Солевые мостики - связь между молекулами заряженных кислот. Отрицательно заряженые аминокислоты: глутамат, аспартат. Положительно заряженные аминокислоты: 
аргинин, лизин, гистидин. Солевой мостик образуется между карбоксильной группой в радикале отрицательно заряженных аминокислот и аминогруппой в радикале
у положительно заряженных аминокислот.Порог расстояния между взаимодействующими атомами для солевого мостика примерно 4А.

                                                                                                                                                                    
                                                                                                     
  
                                                                                                                     
    
                                                              
    
Рис.7. На рисунке представлены аминокислоты, которые могут образовывыть солевые мостики. Желтым цветом - аргинин, красным - лизин, 
               зеленым цветом - глутамат, синим цветом - аспартат, белым цветом - гистидин. 
  
                                                                                                                    


                                                                                                                                                                    
                                                                                                     
  
                                                                                                                     
    
                                                              
    
Рис.8. На рисунке представлены некоторые из аминокислот образующих солевые мостики. Между этими аминокислотами измерено расстояние.
               Красным цветом: отрицательно заряженные аминокислоты, синим: положительно-заряженные.
  
                                                                                                                    

 

                                                                                                                                                                    
                                                                                                     
  
                                                                                                                     
    
                                                              
    
Рис.9. Солевой мостик между лизином и глутаматом. Расстояние между взаимодействующими атомами 3.59А. Синим цветом отмечен азот,
              красным - кислород.
  
                                                                                                                    

                                                                             
© Nosikova Kate, 2012