• Главная
• Первый семестр
• Второй семестр

Особенности белка

У белка TENA_BCSU есть элементы вторичной структуры - альфа-спирали. Их последовательности показаны ниже.



Helix1:
FSEECRSA

Helix2:
AEWWEGSF

Helix3:
PFVQGIGD

Helix4:
IDRFKYYVLQ DSYYLTHFAK VQSFGAAY

Helix5:
LYTTGRMASH AQGTYEAEMA LHREFAELL

Helix6:
EEERK

Helix7:
PTAYSYTSHM YRSV

Helix8:
FAEILAALLP CYWLYYEVGE KL

Helix9:
PIYQKWIGTY

Helix10:
DWFRQQVEEQ INRFDELAE

Helix11:
EEVRAKMKEN FVISSYYEYQ FWGMAY

Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к белку TENA_BACSU

• PDB:2QCX
• PDB:1TO9
• PDB:1TYH
• PDB:1YAF
• PDB:1YAK

Описание PDB-структур можно посмотреть здесь.

Полноразмерные белки из Firmicutes, выполняющие функцию, сходную с функцией белка TENA_BACSU

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Cofactor metabolism	(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*])) & ((([swissprot-Comment:Cofactor*] & [swissprot-Comment:metabolism*]) | [swissprot-Comment:Cofactor metabolism*]) > parent ))	16
Repressed by thiamine	(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*])) & (((([swissprot-Comment:Repressed*] & [swissprot-Comment:by*]) & [swissprot-Comment:thiamine*]) | [swissprot-Comment:Repressed by thiamine*]) > parent ))	4
thiamine regulation	(([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*])) & ((([swissprot-Comment:Thiamine*] & [swissprot-Comment:regulation*]) | [swissprot-Comment:Thiamine regulation*]) > parent ))	2

Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате

Отметим 11 последовательностей, включая белок TENA_BACSU и сохраним в файл.




Сохранила полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате в файл, и список последовательностей, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности: См. файл

Поиск и изучение страницы с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot

Нашла и изучила страницу с описанием поля "Taxonomy" :

Название таксонов начинающихся с "bacil": bacillaceae, bacillales, bacillariaceae, bacillariales, bacillariophyceae, bacillariophycidae, bacillariophyta, bacilli, bacillus;

Количество записей, описывающих белки из рода Bacillus в банке Swissprot: 23105;

Количество записей, описывающих белки из отдела Firmicutes в банке Swissprot: 68204.

Поиск записей SwissProt, связанных с научными интересами известного российского (советского) биолога А.А.Нейфаха

Научные интересы Нейфаха связаны с изучением лекарственной устойчивости аппаратов клетки и регуляцию экспрессии соответствующих белков, также он занимался изучением Bacillus subtilis.

По запросу ([swissprot-Authors:neyfakh*] > parent ) нашлось 12 результатов, но 6 из них не подходят, статьи у которых А.А.Нейфах является одним из авторов первой статьи представлены в таблице.

© Nosikova Kate, 2012