По заданному 300-нуклеотидному фрагменту, используя алгоритм megablast было определено, что данный фрагмент принадлежит бактерии Methanothermobacter thermautotrophicus.
В таблице 1 представлена информация о записи, выданной программой blastn с помощью алгоритма megablast:
AC записи RefSeq |
NC_000916.1 |
Координаты моего фрагмента в записи |
1145-1444 |
Кодирующий или некодирующий |
некодирующий фрагмент |
Я выбрала белок "Цитозольный фактор нейтрофилов 1" с идентификатором в Swiss-Prot "NCF1_HUMAN ", который имеет полипептидную последовательность длиной 390 аминокислотных остатков. С помощью сайта ENA были найдены гомологи этого белка в геноме африканского слона. В таблице 2 приведены параметры лучшей находки :
E-value |
2E-81 |
Длина |
202 аа |
Identity(%) |
75 |
Координаты |
scaffold_45 [16459985<-16455785] |
Количество интронов в гене |
4 |
Из генома бактерии Acaryochloris marina была вырезана аргининовая тРНК. Далее был произведен поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к порядку Cyanobacteria. Поиск проводился по трем разным алгоритмам, результаты которых приведены в таблице 3:
Алгоритм |
Число находок с e-value < 0,001 |
megablast |
1 (нашелся исключительно полный геном моей бактерии) |
blastn с параметрами по умолчанию |
78 |
blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 |
91 |