В SRC был получен список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae:
REFSEQ_DNA:NC_001133 NC_001133 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 230218
REFSEQ_DNA:NC_001134 NC_001134 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 813184
REFSEQ_DNA:NC_001135 NC_001135 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 316620
REFSEQ_DNA:NC_001136 NC_001136 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 1531933
REFSEQ_DNA:NC_001137 NC_001137 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 576874
REFSEQ_DNA:NC_001138 NC_001138 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 270161
REFSEQ_DNA:NC_001139 NC_001139 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 1090940
REFSEQ_DNA:NC_001140 NC_001140 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 562643
REFSEQ_DNA:NC_001141 NC_001141 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 439888
REFSEQ_DNA:NC_001142 NC_001142 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 745751
REFSEQ_DNA:NC_001143 NC_001143 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 666816
REFSEQ_DNA:NC_001144 NC_001144 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 1078177
REFSEQ_DNA:NC_001145 NC_001145 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 924431
REFSEQ_DNA:NC_001146 NC_001146 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 784333
REFSEQ_DNA:NC_001147 NC_001147 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 1091291
REFSEQ_DNA:NC_001148 NC_001148 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 948066
Далее, я работала со второй хромосомой , результаты работы представлены в таблице 1.
| Длина хромосомы | Количество генов | Количество тРНК |
| 813184 | 425 | 13 |
Примеры генов, обладающие следующими свойствами:
- ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов: gene="AIM4", CDS:610038..610409
- ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов: gene="MED8", CDS:complement(609082..609753)
- ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон: gene="RPL19A", СDS:complement(join(414186..414753,415260..415261))
- ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон: gene="SUS1", СDS:join(462139..462209,462290..462429,462500..462579)
С помощью команды entret sw:p25052 я получила AC моего белка в EMBL.
AC:M73546
Для того, чтобы вырезать участок, кодирующий мой белок и сохранить информацию в соответствующий файл , сначала я получила файл с полной записью EMBL используя команду:
entret embl:M73546. Затем были выяснены границы кодирующего участка ("CDS"), воспользовавшись поиском по документу (Find: P25052).
Затем с помощью команды: seqret -sask был вырезан тот участок последвательности, который кодирует белок TENA_BACSU.
Файл c последовательностью гена, кодирующего мой белок