Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Определение метаболических путей, в которых участвует фермент PAK3_HUMAN

В документе Swiss-Prot с описанием белка можно найти идентификатор гена в KEGG: hsa:5063.

В соответствующем документе KEGG приведено описание метаболический путей («Pathways»), ассоциированных с геном:

Метаболические пути, ассоциированные с геном hsa:5063

Идентификатор KEGG Английское название Русское название
hsa04012 ErbB signaling pathway ErbB (семейство рецепторов с тирозинкиназной активностью) сигнальный путь
hsa04014 Ras signaling pathway Ras (мембраносвязанные белки, кодируют малые G-белки) сигнальный путь
hsa04360 Axon guidance Аксональный поиск пути
hsa04510 Focal adhesion Фокальные контакты
hsa04660 T cell receptor signaling pathway T-клеточный рецепторный сигнальный путь
hsa04810 Regulation of actin cytoskeleton Регуляция актинового цитоскелета
hsa05211 Renal cell carcinoma Почечно-клеточный рак

Ниже приведено изображение карты пути метаболизма ErbB сигнального пути (здесь и далее по нажатию на изображение доступен его просмотр в увеличенном размере).

shot

Путь метаболизма ErbB сигнального пути

Поиск структурных формул заданных соединений в KEGG

С помощью поиска по базе лигандов (KEGG > KEGG2 > KEGG LIGAND) можно установить формулы структурных соединений, в частности L-глутамата и сукцината.

Структурные формулы для L-глутамата (L-Glutamate, C00025) и сукцината (Succinate, C00042) приведены на следующих изображениях:.

shot

L-Glutamate

shot

Succinate

Поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому

По запросу, изображенному ниже, было найдено 8 результатов, которые было можно использовать для выполнения задания (карты содержали оба соединения). Я выбрала самый первый результат.


Выбранная цепочка ферментативных реакций
Карта: ГАМК-эргический синапс
Путь: Сукцинат→2-оксоглутарат→L-глутамат
Промежуточное соединение изображено желтым цветом, L-глутамат - красным цветом, сукцинат - зеленым.
© Nosikova Kate, 2012