• Главная
• Первый семестр
• Второй семестр
• Третий семестр
• Четвертый семестр

EC-код фермента PAK3_HUMAN - 2.7.11.1, что указано, например, в соответствующей записи Swiss-Prot.

Расшифровать EC-код и узнать об активности фермента можно с помощью сайта IUBMB Enzyme Nomenclature. На соответствующей странице указана информация о ферменте PAK3_HUMAN.

Расшифровка EC-кода для фермента PAK3_HUMAN

Фермент PAK3_HUMAN катализирует реакцию фосфорилирования гидроксильной группы в остатках серина или треонина.. Схема реакции приведена ниже ^{[источник]}.

Катализируемая реакция

С помощью SRS можно установить, сколько белков человека, описанных в Swiss-Prot, являются ферментами с тем же уровнем классификации, что и рассматриваемый фермент PAK3_HUMAN.

Список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс классификации EC совпадает с таковым фермента PAK3_HUMAN (EC 2.7.11.1), получен с помощью Uniprot. При этом результат сохранён в виде двух файлов: transferase_mouse.fasta и transferase_mouse.txt. В первом файле приведены найденные последовательности в .fasta-формате, во втором — текстовая таблица с указанием ID и EC каждого найденного белка. Всего было найдено 1394 белка, из них 705 совпадает по подклассу, 376 совпадает по подподклассу, вся классификация совпадает у 243 белков.

( Использовала опцию reviewed:yes. На мой взгляд, среди проаннотированных белков определять сходные по последовательности белки с моим ферментом будет более продуктивно, плюс мне повезло и совпадений даже по всей классификации достаточно не мало, поэтому опция reviewed:yes еще и немного облегчит мне работу . Хотя, если смотреть без этой опции, результаты не сильно различны.)

С помощью программы blastp среди найденных белков можно определить сходные по последовательности с ферментом PAK3_HUMAN. При этом в качестве порога по e-value было использовано значение 1.

• makeblastdb -in transferase_mouse.fasta -out om -dbtype prot
• blastp -query pak3_human.fasta -db om -out pak3_mouse_homologs.out -outfmt 6 -evalue 1

В результате было найдено 474 белкa. Последний найденный белок имеет e-value 0.18. Непонятно, сколько из этих последвоательностей можно считать достоверными гомологами. Например, 262 по счету белок имеет e-value 3e-20 чего вполне достаточно , чтобы считать его гомологом.

В таблице ниже отражено сохранение функции (т.е. тот или иной уровень классификации ферментов EC) в зависимости от позиции находки в выдаче blastp.

Сохранение функции фермента в зависимости от значения E-value по результатам поиска blastp для фермента PAK3_HUMAN (EC 2.7.11.1)

В итоге у меня получилось так, что e-value и принадлежность белка к какому-то классу совсем не коррелируют , что противоречит здравой логике, списала все на свои кривые руки :( (Хотя, я даже проверила свои результаты и опять же получилось, что e-value это не показатель принадлежности белка к какому-то классу.)

© Nosikova Kate, 2012