Изучение файла структурных факторов

Изучение файла структурных факторов

На сайте PDB были получены PDB модель выбранной структуры, файл mmCIP и файл структурных факторов. В .pdb-файле находится информация об атомах белка, каждому атому соотвествует строчка ATOM. В файле со структурными данными находится информация о всех структурных факторах, полученных в результате эксперимента. Ниже представлен фрагмент файла структурных факторов: 

_refln.crystal_id
_refln.wavelength_id
_refln.scale_group_code
_refln.index_h
_refln.index_k
_refln.index_l
_refln.status
_refln.F_meas_au
_refln.F_meas_sigma_au
_refln.F_calc
_refln.phase_calc
_refln.fom


1 1 1   11    1   90 f    240.8    3.2

...
Строчки _refln соответствуют столбцам данных, которые далее приведены в файле. Информация о каждом структурном факторе указана в отдельной строчке.

Количество структурных факторов в файле: 27575. Это можно узнать по записи в файле _diffrn_reflns.number :27575 , либо по количеству строчек в полученном Excel-файле.

Количество структурных факторов, использованных для оптимизации модели: 24323, что соответствует количеству букв "o" в колонке _refln.status.

Был произведен поиск неизмеренных структурных факторов. Эти факторы соответствуют явно пропущенным тройкам чисел (h,k, l). Явно пропущенные - это такие, что (1) их нет в файле; (2) хотя бы одна тройка (h',k', l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l присутствует в файле. Ниже представлены примеры неизмеренных структурных факторов (эту информацию также можно найти в Excel-файле): 

_refln.crystal_id	_refln.wavelength_id	_refln.scale_group_code	     _refln.index_h		_refln.index_k		_refln.index_l		 _refln.status		_refln.F_meas_au	_refln.F_meas_sigma_au
	1			1			1			0				0			13									
	1			1			1			0				0			14									
	1			1			1			0				0			15									
	1			1			1			0				0			29									
	1			1			1			0				0			30									
	1			1			1			0				0			17									
	1			1			1			0				0			37									
	1			1			1			0				0			45									
	1			1			1			0				0			49									
	1			1			1			0				0			53									
	1			1			1			1				0			3									
	1			1			1			1				0			2									
	1			1			1			1				0			1	
	1			1			1			26				5			0			x			?			?
	1			1			1			26				5			0			x			?			?
	1			1			1			26				5			1			x			?			?
	1			1			1			26				5			2			x			?			?
	1			1			1			26				5			3			x			?			?
	1			1			1			26				5			4			x			?			?
	1			1			1			26				5			5			x			?			?
	1			1			1			26				5			6			x			?			?
	1			1			1			26				5			7			x			?			?
	1			1			1			26				5			8			x			?			?
	1			1			1			26				5			9			x			?			?
	1			1			1			26				5			10			x			?			?
	1			1			1			26				5			11			x			?			?
	1			1			1			26				5			12			x			?			?
	1			1			1			15				15			78			x			?			?
	1			1			1			15				15			79			x			?			?
	1			1			1			15				15			80			x			?			?
	1			1			1			15				15			81			x			?			?
	1			1			1			16				16			66			x			?			?
	1			1			1			16				16			67			x			?			?
	1			1			1			16				16			68			x			?			?
	1			1			1			16				16			69			x			?			?
	1			1			1			16				16			70			x			?			?
	1			1			1			16				16			71			x			?			?
	1			1			1			24				0			56			x			?			?
© Nosikova Kate, 2012