Выравнивание

Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей
Работа с программами needle, water, matcher
Часть1:Матрица переходов

Глобальное выравнивание
1. Последовательности:
  LNKLL
  NKL
2. Параметры построения:
  а). Штраф за замену -2
  б). Штраф за делецию -1
  в). За совпадение +2
3. Таблица выравнивания
4. Оптимальное выравнивание
  LNKLL
  -NKL-
5. Вeс оптимального пути =2

Локальное выравнивание
1. Последовательности:
  KGDTKVINY
  GDINY
2. Параметры построения:
  а). Штраф за замену -2
  б). Штраф за делецию -1
  в). За совпадение +2
3. Таблица выравнивания
4. Выравнивание
  а). Субоптимальное
  GD
  GD
  б). Оптимальное
  INY
  INY
5. Вес пути:
  а). Субоптимального =4
  б). Оптимального =6

Часть2:Поиск участков локальной гомологии

Последовательности:
>BFR_ECOLI
MKGDTKVINYLNKLLGNELVAINQYFLHARMFKNWGLKRLNDVEYHESIDEMKHADRYIE
RILFLEGLPNLQDLGKLNIGEDVEEMLRSDLALELDGAKNLREAIGYADSVHDYVSRDMM
IEILRDEEGHIDWLETELDLIQKMGLQNYLQAQIREEG
>region BFR_ECOLI
KVINYLNKLLIQKMGLQNYL
Координаты участков
Последовательность region BFR_ECOLI составлена из кусочков последовательности BFR_ECOLI. Последовательность region BFR_ECOLI была составлена из 6-15 и 140-150 остатков последовательности BFR_ECOLI

Выравнивания:

              140       150
         BFR_EC LIQKMGLQNYL
                :::::::::::
            reg LIQKMGLQNYL
               10        20
                    10     
         BFR_EC KVINYLNKLL
                ::::::::::
            reg KVINYLNKLL
                        10
                 60         70
         BFR_EC YIERILFLE-GLPN
                :....:. . :: :
            reg YLNKLLIQKMGLQN
                    10

Часть3:Влияние параметров на глобальное выравнивание

Параметры выравнивания:
1. Матрица замены
```
   а). Blosum62
   б). Blosum62
```
2. Штраф за открытие гэпа
```
   a). 10
   б). 1
```
3. Штраф за продолжение гэпа
```
   a). 1
   б). 1
```

Выравнивания:
Выравнивание needle62_10_1.txt

              BFR_ECOLI          1 MKGDTKVINYLNKLLGNELVAINQYFLHARMFKNWGLKRLNDVEYHESID     50
                                        ||||||||||..:: .:..|.                        
              reg                1      KVINYLNKLLIQKM-GLQNYL                             20

              BFR_ECOLI         51 EMKHADRYIERILFLEGLPNLQDLGKLNIGEDVEEMLRSDLALELDGAKN    100
                                                                       
              reg               21                                                        20

              BFR_ECOLI        101 LREAIGYADSVHDYVSRDMMIEILRDEEGHIDWLETELDLIQKMGLQNYL    150
                                                                       
              reg               21                                                        20

              BFR_ECOLI        151 QAQIREEG    158
                              
              reg               21              20

Выравнивание needle62_1_1.txt

              BFR_ECOLI          1 MKGDTKVINYLNKLLGNELVAINQYFLHARMFKNWGLKRLNDVEYHESID     50
                                        |||||||| |   |  | |     :|    || : |   |   : 
              reg                1      KVINYLNK-L---L--I-Q-----KM----GL-Q-N---Y---L      20

              BFR_ECOLI         51 EMKHADRYIERILFLEGLPNLQDLGKLNIGEDVEEMLRSDLALELDGAKN    100
                                                                       
              reg               21                                                        20

              BFR_ECOLI        101 LREAIGYADSVHDYVSRDMMIEILRDEEGHIDWLETELDLIQKMGLQNYL    150
                                                                       
              reg               21                                                        20

              BFR_ECOLI        151 QAQIREEG    158

              reg               21              20

Суть отличия
Выравнивания needle62_10_1.txt отличается от выравнивания needle62_1_1.txt тем, что в первом гэпы скомпонованы, т.к. штраф за открытие гэпа стоит большой, поэтому использовано больше замен, а во втором штраф за открытие гэпа стоит меньше, поэтому в его выравнивании гораздо меньше замен.

НА ГЛАВНУЮ