Практикум 10

DotPlot

Для выполнения задания была выбрана бактерия Shewanella.
Представители этого рода характеризуются как подвижные палочки, которые могут существовать в различных экологических условиях, включая экстремальную соленость и высокое давление. Виды Shewanella играют важную роль в биогеохимических циклах, особенно в редукции металлов, таких как железо и марганец. Эти бактерии могут приводить к серьезным заболеваниям, таким как инфекции кожи и мягких тканей (ИПМТ), инвазивные заболевания, такие как сепсис.
Поиск нуклеотидных последовательномтей осуществлялся в "сборном" банке "Nucleotides" на NCBI с помощью advanced search по запросу: ((chromosome) AND RefSeq) AND Shewanella.
Сравнивались Shewanella psychropiezotolerans strain YLB-06 (NZ_CP041614.1) и Shewanella eurypsychrophilus strain YLB-08 (NZ_CP045503.2). Обе записи были в RefSeq, качество сборок- Complete genome. И для blastn и для megablast были использованы стандартные параметры.

Рис.1. DotPlot, полученный по алгоритму megablast. По оси X Shewanella psychropiezotolerans strain YLB-06, по оси Y Shewanella eurypsychrophilus strain YLB-08.

Рис.2. DotPlot, полученный по алгоритму blastn. По оси X Shewanella psychropiezotolerans strain YLB-06, по оси Y Shewanella eurypsychrophilus strain YLB-08.

На карте локального сходства наблюдаются многочисленные делеции(инсерции), 2 транслокации с инверсией

Различие полученных результатов заключается в большом количестве шума и рассеянных точек на карте из blastn. Так же на blastn видно больше повторов, чем на карте из megablast. Это объясняется тем, что blastn использует меньший размер слова и более чувствительный, но для сравнения последовательностей из одного штамма больше подходит алгоритм megablast.