Практикум 4
Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК.
Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса.
С помощью einverted из пакета EMBOSS были найдены инвертированные участки нуклеотидных последовательностей. Далее с помощью алгоритма Зукера и программы RNAfold была предсказана вторичная структура тРНК(1i9v) и получено ее изображение.
Таблица 1. Сравнение вторичной структуры.
| Участок структуры | Позиции в структуре по find_pair | Результаты с помощью eiverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 1-7:66-72 (6 пар + 1 неканоническая) | нет | 7 из 7 пар |
| D-стебель | 10-13:22-25 (4 пары) | нет | 4 из 4 пар |
| T-стебель | 49-52:62-65 (5 пар) | 5 из 5 пар | 5 из 5 пар |
| Антикодоновый стебель | 40-43:27-30 (4 пары) | 4 из 4 пар, 4 лишних | 4 из 4 пар, 1 лишняя |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 9 | 19 |
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре 1mdm.
Таблица 2. ДНК-белковые контакты в структуре 1mdm.
| контакты атомов белка с | полярные | неполярные | всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 13 | 16 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 6 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 11 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Задание 3. Популярная схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.
ARG 137 - аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК (5 штук)
GLY 85 - аминокислотный остаток, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК, так как он связан с двумя остатками азотистых оснований, а не с остовом.
