Практикум 2

Для работы были использованы данные первого практикума. Дерево, построенное в рамках практикума 1 (рис.1) считается референсным. Деревья, построенные программами fastme c общей оценкой эволюционного расстояния p-distance(рис.2), fastme с оценкой эволюционного расстояния митохондриальных белков MtREV(рис.3) и программой iqtree(рис.4) были визуализированы и укоренены в iTOL.

Полученные деревья

Рис.2. Изображение дерева, полученного в 1м практикуме(референсное).
Рис.2. Изображение дерева, полученного с помощью fastme p-distance.
Рис.3. Изображение дерева, полученного с помощью fastme MtREV.
Рис.4. Изображение дерева, полученного с помощью iqtree.

Различия деревьев fastme с параметрами p-distance и MtREV заключается только в эволюционном расстоянии.

Дерево, построенное программой iq достаточно существенно отличается от деревьев fastme. Так OCHPR оказался в одной ветви с HETAO и GEOTO, вместо SYLPA и LEPYA(показано зеленым). ELIGR в одной ветви с MACBA и отделяется эволюционно позже, чем на других деревьях(показано оранжевым). MACBA также выделяется эволюционно позже на iq tree. LEPYA и SYLPA располагаются на одной ветви с MACBA, ELIGR, APOIN и MOUSE, а не с OCHPR, GEOTO, HETAO(показано желтым).

Рис.5. Cравнение деревьев, полученных с помощью fastme и iqtree.

Сравнивая деревья, полученные с помощью fastme с референсным, можно заметить два отличия:
eligr и MACBA отделяются раньше, чем APOIN и MOUSE
GEOTO и HETAO находятся на одной ветви с OCHPR, SYLPA и LEPYA, а не с MOUSE, APOIN, MACBA и ELIGR.

Рис.6. Cравнение деревьев, полученных с помощью fastme и референсом.

Сравнивая деревья, полученные с помощью iqtree с референсным, можно также заметить два отличия:
GEOTO и HETAO находятся на одной ветви с OCHPR, а не с MOUSE, APOIN, MACBA и ELIGR.
LEPYA и SYLPA на одной ветви с MOUSE, APOIN, MACBA и ELIGR, вместо OCHPR.

Рис.7. Cравнение деревьев, полученных с помощью iqtree и референсом.

Таким образом, наибольшее количество отличий было между деревьями fastme и iqtree. При этом различий с референсом у них немного, хотя различия достаточно значительные.