Метилтрансфераза РНК двойной специфичночти бактерии Succinivibrio dextrinosolvens
Чтобы найти белок в базе Uniprot, я ввела в расширенный поиск название своей бактерии для миниобзора Succinivibrio dextrinosolvens. Всего по данному запросу был найден 5,101 белок. Белок был выбран по нескольким критериям:
• Белок имеет степень аннотации 4/5 (максимальную среди найденных по моему запросу белков).
• В аннотации белка не было предупреждения о нехватке консервативных остатков, необходимых для распространения аннотации объекта.
• В аннотации указан 1 домен и есть ссылка на 1 публикацию.
• Данный белок является трансферазой и играет важную роль в оптимизации точности работы рибосом.
• В белке имеентся 2 активных центра, представленных аденозином и метиладенозином.
| Database: | TrEMBL |
|---|---|
| ID: | A0A1T4VJI1_9GAMM |
| AC: | A0A1T4VJI1 |
| Version: | 29 |
| Name: | Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN (Метилтрансфераза РНК двойной специфичности) |
| TaxID: | 1123324 |
| INSDC: | FUXX01000028 |
| Length: | 365 |
| MW: | 40713 |
ID:UniRef100_A0A1T4VJI1
Size:1
Length:365
Name:Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
ID:UniRef90_A0A1T4VJI1
Size:7
Length:365
Name:Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
ID:UniRef50_Q15R53
Size:3459
Length:376
Name:Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
В кластере UniRef90 6белков из 7 принадлежат роду Succinivibrio и один белок роду Succinatimonas, который, как не сложно догаться является родственным к роду Succinivibrio. Это свидельствует о низкой консервативности последовательности исследуемого белка
По запросу, содержащему название рода Succinivibrio и название белка Dual-specificity RNA methyltransferase [(taxonomy_id:83770) AND (protein_name:"Dual-specificity RNA methyltransferase")] было найдено 4 белка, 2 из которых пренадлежат тому же виду бактерий. При расширении поиска до семейства Succinivibrionaceae [(taxonomy_id:83763) AND (protein_name:"Dual-specificity RNA methyltransferase")], было найдено 15 белков, встречающихся в таких бактериях как Succinatimonas hippei, Ruminobacter sp, Candidatus Anaerobiospirillum pullistercoris, Candidatus Anaerobiospirillum merdipullorum, Candidatus Anaerobiospirillum pullicola, Anaerobiospirillum thomasii, Candidatus Avisuccinivibrio stercorigallinarum. При этом только 244 белка находятся в другом гене(not RlmN).
Чтобы узнать, в каких еще организмах содержится данный белок, я оставила в поиске только название белка [(protein_name:"Dual-specificity RNA methyltransferase")]. В результате было найдено 37196 белков, принадлежащих в том числе Escherichia coli, Cereibacter sphaeroides, Brucella suis. Существование 36678 из них строится на гомологии. 36519 из них находятся в цитоплазме, как и исследуемый белок. отсюда можно сделать вывод, что данный белок широко распространен и является важным в функционировании организма бактерий различных семейств.
Чтобы узнать, какие еще трансферазы есть у бактерий из семейства Succinivibrionaceae, я ввела запрос, включающий функцию Transferase и название семейства [(taxonomy_id:83763) AND (cc_function:Transferase)]. В результате были найдены 52 белка, 15 из которых метилтрансферазы [(taxonomy_id:83763) AND (cc_function:Transferase) AND (keyword:KW-0489)], 13 - лигазы [(taxonomy_id:83763) AND (cc_function:Transferase) AND (keyword:KW-0436)], 12 - факторы элонгации [(taxonomy_id:83763) AND (cc_function:Transferase) AND (keyword:KW-0251)].
Чтобы выявить особенности данного белка, был сделан запрос исходя из аннотации его свойст. Например, среди белков с таким же названием(37196) 36650 имеют переходящий дисульфидный мостик [(protein_name:"Dual-specificity RNA methyltransferase") AND (keyword:KW-1015)]. При этом среди белков бактерий того же семейства мостик есть у 15 из 15 [(protein_name:"Dual-specificity RNA methyltransferase") AND (keyword:KW-1015) AND (taxonomy_id:83763)]. Следовательно, эта особенность белка характерна для бактерий семейства Succinivibrionaceae в большей степени, чем для других организмов.