Пакет программ 3DNA
Задание 1
В этом задании с помощью программы fiber из пакета 3DNA были построены 3 модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. (Скачать можно, кликнув по букве)
В таблице ниже приведены некоторые данные, полученные для этих структур:
A-ДНК | В-ДНК | Z-ДНК | |
Тип спирали (правая или левая) | Правая | Правая | Левая |
Шаг спирали (Å) | 28 | 36 | 45 |
Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
Ширина большой бороздки | 7.98 24:B.P-11:A.P | 17,21 5:A.P-33:B.P | 18,30 12:A.P-26:B.P |
Ширина малой бороздки | 16,81 10:A.P-33:B.P | 11,69 13:A.P-32:B.P | 9,87 11:A.P-34:B.P |
Задание 2
В этом задании рассматривался заданный нуклеотид в одной из структур. У тимина в A-форме ДНК в сторону большой бороздки обращены атомы, обозначенные на PDB-структуре как C4, O4, C5, C6, C7 (покрашены красным). В стороу малой, соответсвенно, N1, C2, O2 (покрашены синим).Задание 3.1
В данном упражнении анализировалась структура тРНК с PDB ID "5AXM". C помощью программ программ find_pair и analyze были получены данные о ее торсионных углах (левая таблица). Далее с помощью программы Exсel были посчитаны средние значения торсионных углов, которы затем сравнивались с соответствующими значениями А-формы ДНК (PDB ID: 3V9D), B-формы (PDB ID: 1BNA) и Z-формы (PDB ID: 1TNE). Данные для I цепи приведены в таблице справа. В результате, что по значениям торсионных углов данная тРНК больше всего напоминает A-форму ДНК.
|
|
Задание 3.2
В этом задании исследовалась структура водородных связей в той же молекуле РНК.
Strand I Strand II | Helix | |||
1 | (0.067) | ....>P:...2_:[GTP]g-----C[..C]:..71_:P<.... | (0.003) | | |
2 | (0.004) | ....>P:...3_:[..G]G-----C[..C]:..70_:P<.... | (0.004) | | |
3 | (0.001) | ....>P:...4_:[..G]G-----C[..C]:..69_:P<.... | (0.002) | | |
4 | (0.003) | ....>P:...5_:[..A]A-----U[..U]:..68_:P<.... | (0.002) | | |
5 | (0.001) | ....>P:...6_:[..U]U-----A[..A]:..67_:P<.... | (0.003) | | |
6 | (0.003) | ....>P:...7_:[..U]U-----A[..A]:..66_:P<.... | (0.002) | | |
7 | (0.006) | ....>P:..49_:[..C]C-----G[..G]:..65_:P<.... | (0.003) | | |
8 | (0.002) | ....>P:..50_:[..U]U-----A[..A]:..64_:P<.... | (0.003) | | |
9 | (0.002) | ....>P:..51_:[..G]G-----C[..C]:..63_:P<.... | (0.003) | | |
10 | (0.003) | ....>P:..52_:[..U]U-----A[..A]:..62_:P<.... | (0.005) | | |
11 | (0.004) | ....>P:..53_:[..G]G-----C[..C]:..61_:P<.... | (0.004) | | |
12 | (0.003) | ....>P:..54_:[..U]U-**--A[..A]:..58_:P<.... | (0.002) | | |
13 | (0.004) | ....>P:..55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18_:P<.... | (0.003) | x |
14 | (0.008) | ....>P:..35_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:P<.... | (0.005) | | |
15 | (0.004) | ....>P:..38_:[..A]A-**--C[..C]:..32_:P<.... | (0.014) | | |
16 | (0.006) | ....>P:..39_:[..U]U-----A[..A]:..31_:P<.... | (0.006) | | |
17 | (0.004) | ....>P:..40_:[..C]C-----G[..G]:..30_:P<.... | (0.004) | | |
18 | (0.003) | ....>P:..41_:[..U]U-----A[..A]:..29_:P<.... | (0.003) | | |
19 | (0.005) | ....>P:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:P<.... | (0.003) | | |
20 | (0.002) | ....>P:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:P<.... | (0.004) | | |
21 | (0.003) | ....>P:..44_:[..A]A-**--G[..G]:..26_:P<.... | (0.003) | | |
22 | (0.008) | ....>P:..10_:[..G]G-----C[..C]:..25_:P<.... | (0.007) | | |
23 | (0.009) | ....>P:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:P<.... | (0.002) | | |
24 | (0.002) | ....>P:..12_:[..U]U-----A[..A]:..23_:P<.... | (0.003) | | |
25 | (0.005) | ....>P:..13_:[..C]C-----G[..G]:..22_:P<.... | (0.005) | | |
26 | (0.004) | ....>P:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:P<.... | (0.004) | | |
27 | (0.004) | ....>P:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:P<.... | (0.002) | x |
28 | (0.014) | ....>P:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:P<.... | (0.004) | + |
Стебли образуют нуклеотиды (до двоеточия номера в первой цепи, после - во второй; в таблице раскрашены разными цветами, кроме белого) 2-7:71-66, 49-53:65-61, 38-44:32-26, 10-13:25-22
Неканонические пары оснований: 55:18, 38:32, 44:26
Дополнительные водородные связи, стабилизирующие третичную структуру тРНК: 55:18, 35:33, 14:8, 15:48, 19:56