1. GO Enrichment Analysis
В работе был взять файл list44.txt, содержащий 25 ID. Все они были найдены в базе и включены в анализ обогащения.
При этом нашлось 118 GO terms с не превосходящим 5% р-value с учетом поправки на множественное тестирование.
Все процессы, так или иначе, связаны с метаболизмом липидов.
В таблице приведены 10 наиболее значимых из них:
glycerolipid metabolic process (GO:0046486) | 1.00E-28 |
lipid metabolic process (GO:0006629) | 9.28E-28 |
cellular lipid metabolic process (GO:0044255) | 1.04E-27 |
neutral lipid metabolic process (GO:0006638) | 9.52E-23 |
acylglycerol metabolic process (GO:0006639) | 1.19E-22 |
glycerolipid biosynthetic process (GO:0045017) | 2.42E-22 |
triglyceride metabolic process (GO:0006641) | 4.32E-22 |
lipid biosynthetic process (GO:0008610) | 1.24E-21 |
triglyceride biosynthetic process (GO:0019432) | 3.97E-20 |
phosphatidic acid metabolic process (GO:0046473) | 6.20E-20 |
neutral lipid biosynthetic process (GO:0046460) | 6.38E-20 |
2.String
Список белков был введен в поиск по базе String, получены следующие результаты:Получившийся граф взаимодействий белков из списка представлен на рисунке ниже:
3D-структуры отсутствуют для 4 белков из списка.
В целом граф получился с множеством ребер и высокой стенью связности. Узлы связаны всеми видами взаимодействий, кроме Gene fusion (должны быть соединены красными ребрами).
Вкладка Cooccurrence позволяет судить о наличии гомологов наших белков в геномах представителей разных таксономических групп. Иллюстрация приведена на рисунке:
Выделяются 4 наиболее консервативные колонки в диаграмме, соответствующие белкам MGLL, AGPAT1, AGPAT2, CEL.
Совместную экспрессию можно посмотреть во вкладке Coexpression. То, что там содержалось, приведёно на рисунке:
Самое большое значение у человека имеем для AGPAT2 и DGAT1, c RNA coexpression score 0.096. У других видов есть находки с более высокими результатами - например, для CEL и PNLIP у домовой мыши RNA coexpression score составляет 0.881.
3.Human Protein Atlas
Был выбран белок с ID GPAM - mitochondrial glycerol-3-phosphate acyltransferase.
Ген кодирует митохондриальный фермент, синтезирующий глицеролипиды из насыщенных жирных кислот. Существует две формы фермента - в митохондриях и в эндоплазматической сети.
В мозге ген экспрессируется повсеместно:
В клетке, как можно догадаться из названия, локализован в митохондриях:
Уровень экспрессии белка и РНК различается в некоторых органах и тканях: так в жировой ткани и печени больше РНК, а в молочных железах - белка. График экспресси РНК в различных тканях: