1. GO Enrichment Analysis

В работе был взять файл list44.txt, содержащий 25 ID. Все они были найдены в базе и включены в анализ обогащения.
При этом нашлось 118 GO terms с не превосходящим 5% р-value с учетом поправки на множественное тестирование. Все процессы, так или иначе, связаны с метаболизмом липидов.

В таблице приведены 10 наиболее значимых из них:

glycerolipid metabolic process (GO:0046486) 1.00E-28
lipid metabolic process (GO:0006629) 9.28E-28
cellular lipid metabolic process (GO:0044255) 1.04E-27
neutral lipid metabolic process (GO:0006638) 9.52E-23
acylglycerol metabolic process (GO:0006639) 1.19E-22
glycerolipid biosynthetic process (GO:0045017) 2.42E-22
triglyceride metabolic process (GO:0006641) 4.32E-22
lipid biosynthetic process (GO:0008610) 1.24E-21
triglyceride biosynthetic process (GO:0019432) 3.97E-20
phosphatidic acid metabolic process (GO:0046473)6.20E-20
neutral lipid biosynthetic process (GO:0046460) 6.38E-20
На рисунке ниже представлен граф с 5 наиболее значимыми находками:

2.String

Список белков был введен в поиск по базе String, получены следующие результаты:

Получившийся граф взаимодействий белков из списка представлен на рисунке ниже:

3D-структуры отсутствуют для 4 белков из списка. В целом граф получился с множеством ребер и высокой стенью связности. Узлы связаны всеми видами взаимодействий, кроме Gene fusion (должны быть соединены красными ребрами).
Вкладка Cooccurrence позволяет судить о наличии гомологов наших белков в геномах представителей разных таксономических групп. Иллюстрация приведена на рисунке:
Выделяются 4 наиболее консервативные колонки в диаграмме, соответствующие белкам MGLL, AGPAT1, AGPAT2, CEL.
Совместную экспрессию можно посмотреть во вкладке Coexpression. То, что там содержалось, приведёно на рисунке:
Самое большое значение у человека имеем для AGPAT2 и DGAT1, c RNA coexpression score 0.096. У других видов есть находки с более высокими результатами - например, для CEL и PNLIP у домовой мыши RNA coexpression score составляет 0.881.

3.Human Protein Atlas

Был выбран белок с ID GPAM - mitochondrial glycerol-3-phosphate acyltransferase.
Ген кодирует митохондриальный фермент, синтезирующий глицеролипиды из насыщенных жирных кислот. Существует две формы фермента - в митохондриях и в эндоплазматической сети.

В мозге ген экспрессируется повсеместно:

В клетке, как можно догадаться из названия, локализован в митохондриях:

Уровень экспрессии белка и РНК различается в некоторых органах и тканях: так в жировой ткани и печени больше РНК, а в молочных железах - белка.
График экспресси РНК в различных тканях: