Мной был выбран родопсин.
Родопсин является основным зрительным пигментом человека и большинства животных. Назван от древнегреческого ῥόδον - роза - из-за его розоватого цвета - и ὄψις - зрение. Родопсин является рецептором, сопряженным с G-белком (GPCR) и принадлежит к классу опсинов. Родопсин чрезвычайно чувствителен к свету, за счет чего обеспечивает зрение в условиях низкой освещенности. Непосредственно завосприятие света в родопсине отвечает кофермент ретиналь (строго говоря, не сам ретиналь, а образованное между ним и белком основание Шиффа)
Попадение кванта света изменяет конформацию ретиналя, после чего он гидролизуется с родопсина, а тот, в свою очередь, меняет конформацию и передает сигнал внутрь мембраны. Дальше срабатывает стандартный для многих метаболических процессов путь через G-белок и аденилатциклазу.
Сам родопсин встроен в мембрану и его трансмембранные домены образуют карман, где ретиналь и связанн с лизином в седьмом трансмембранном домене белка. Всего мембрану пронизывает 7 альфа-спиралей родопсина.
По последовательности человеческого родопсина, скачанной с NCBI, с помощью сайта TMHMM были предсказны некоторые структурные особенности родопсина, связанные с его положением в мембране.
Было верно определено число трансмембранных участков - 7. Внутри- и внеклеточных участков TMHMM предсказал по 4.
Результат работы TMHMM в графическом формате:
Положение родопсина в мембране (изображение взято отсюда):
Видно, что основная часть белка находится в мембране и лишь петли между альфа-спиралями (и небольшие участки самих спиралей) находятся вне нее.
