В практикуме искались гомологи белка CLPX_ECOLI у бактерий, отобранных в практикуме 1, или их близких родственников. Последовательность белка была скачана из UniProt и загружена в BLAST командой: 
  blastp -query sequence.fasta -db proteomes -out hits.blastp -evalue 0.001

По полученным последовательностям было построено выравнивание. По нему методом UPGMA построено дерево в программе MEGA. .nwk файл
Три пары отрологов:
CLPX BACAN & CLPX ENTFA 
Q899H3 CLOTE & Q8YAC6 LISMO
HSLU STAEQ & HSLU ENTFA
Три пары паралогов: 
CLPX ENTFA & HSLU ENTFA
Q5FMA3 LACAC & HSLU LACAC
FTSH LACLA & CLPX LACLA
На рисунке ниже изображено дерево с группами оргологов. В группы CLPX и FTSH вошо по белку из каждой бактерии, группа HSLU представлена лишь 5 видами. С деревом из 1 практикума совпадает лишь ветвь, отделяющая порядок Bacillales, причем во всех группах.