Семестры Домой Проекты Обо мне

Программа MEME

Поиск мотивов среди гомологов белка MOXC_BACSU

На сервере nbcr (national biomedical computation resource) был осуществлён поиск мотивов среди гомологов белка MOXC_BACSU, взятых из репрезентативной выборки с восьмого практикума.

Нашлось три мотива:
Характеристика мотивов белка MOXC_BACSU
№ Число последова- тельностей в нём Длина мотива E-value cartoon
1 47 (все) 21 3.0*10-408
2 46 (все) 29 2.9*10-550
3 35 15 1.4*10-245

Сравнение блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

Сравнивая блоки полученные с помощью MEME и muscle, можно заметить, что они различаются:

1. Сравнение первого мотива и соответсвующего глобального выравнивания. Сравнение глобального (справа) и локального (слева) выравниваний (мотив №1). Выравнивания совпадают по количеству последовательностей, но по длине присутсвует отличие - 29 и 30 для локального(слева) и глобального(справа) выравниваний соответственно. Разница в длине присутствует из за вставки 1 гепа Кроме наличия гепа больших отличий больше нет.

2. Сравнение второго мотива и соответсвующего глобального выравнивания.. Сравнение глобального (справа) и локального (слева) выравниваний (мотив №2). Как и в предыдущем разе мотивы отличаются по длине 28 и 30 соответственно для локального и глобального выравниваний. опять же различие обусловлено наличием 2 гепов. Других крупных различий выделить нельзя. По количеству последовательностей выравнивания совпадают.

3. Сравнение третьего мотива и соответсвующего глобального выравнивания.. Сравнение глобального (справа) и локального (слева) выравниваний (мотив №3). На мой взгляд - интересный момент. В третьем случае выравнивания совпадают по длине, но отличаются по количеству. MEME не включил в блок выравнивания 2 последовательности. Но все равно консервативные участки хорошо выделяются.

Задание №3.Поиск ранее найденных мотивов в других последовательностях

На сервере nbcr (national biomedical computation resource) с помощью программы emast проводился поиск мотивов, найденных MEME, в последовательностях выравнивания домена из БД Pfam - PF00296(Bac_luciferase) белка MOXC_BACSU. А здесь результат работы программы.


Исходя из полученных результатов можно сделать вывод, что


1) В начале списка мотивы распределнны равномерно, но спускаясь ниже по списку можно заметить, что наиболее редко встречается 3 мотив(в 80 последовательностях), затем по частоте появления стоит 2 мотив(в 124 последовательностях), а 1 мотив(в 155 последовательностях) стоит у каждой последовательности и является доминирующим.
2) Все мотивы нашлись в 72 последовательностях.
3) E-value колеблется от 5.4e-46 до 4.8, что подтверждает гомологию фрагментов.
Контакты
Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss
FBBФакультет Биоинженерии и Биоинформатики