Семестры Домой Проекты Обо мне

PSI-BLAST

Выработать семейство гомологов для выбранной последовательности белка(Q9QCL4_BDV), пользуясь PSI-BLAST

Впервые белок Q9QCL4_BDV был выделен из вируса болезни Борна в марте 2000 года.

На сервере NCBI с помощью PSI-BLAST в ходе поиска по БД nr выбранного белка, потребовалось 5 итераций. В таблице ниже представленны данные этих итераций:

Параметры PSI-BLAST для полученной итерации
Номер итерации Число находок выше порога (0,005) Идентификатор худшей находки выше порога E-value этой находки Идентификатор лучшей находки ниже порога E-value этой находки
1 37 AFD63129.1 2e-09 ACG59349.1 0.005
2 45 ACJ71389.1 0.003 ADB84604.1 0.007
3 51 AFN70805.1 2e-05 BAM72615.1 1.7
4 51 AFN70805.1 6e-08 BAM72615.1 0.35

Для проверки результатов было произведено множественное выравнивание гомологичных последовательностей с помощью программы Muscle, что изображено на рисунке:

Контакты
Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss
FBBФакультет Биоинженерии и Биоинформатики