Семестры Домой Проекты Обо мне

Программа BLAST

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках данных

Результаты поиска гипотетических гомологов белка MOXC_BACSU

Результаты поиска гипотетических гомологов белка MOXC_BACSU.
  Поиск по Swiss-Prot Поиск по PDB Поиск по "nr"

1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)

Accession O34974.1 1TVL_A NP_390809.1
E-value 0 0 0
Вес (в битах) 910 908 910
Процент идентичности 100% 100% 100%

2. Число находок с E-value < 10–10

 38 6 3560

3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)

Номер находки в списке описаний 83 8 6863
Accession P64762.1 1EZW_A WP_006026603.1
E-value 0.78 0.97 0.98
Вес (в битах) 35.4 32.0 40.4
% идентичности 25% 28% 25%
% сходства 34% 28% 48%
Длина выравнивания 168 79 217
Координаты выравнивания from 8 to 165 from 24 to 91 from 56 to 247
Число гэпов 24/168(14%) 12/79(15%) 26/217(11%)
  • С помошью пакета BLASTP во всех подзадачных БД нашелся искомый белок MOXC_BACSU, т.е. он присутсвует в БД Swiss-Prot,"Non-redundant protein sequences".
  • Заметно, что число гомологов в разных базах данных отличается, это связано с особенностями представления и хранения информации самих БД. Например в Swiss-Prot содержатся данные только о детально изученных и известных белках -> гомологов здесь оказалось меньше. PDB содержит данные о пространственной структуре белков, поэтому большого количества гомологов из PDB ждать не стоит.
    • Контакты
    Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
    8-916-939-49-78
    jiabicht@rambler.ru
    vk.com/allweiss
    FBBФакультет Биоинженерии и Биоинформатики