Контакты
Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss
Для поиска гомологов был осуществлён алгоритм BLASTP по базе данных RefSeq, гомологами считались последовательности с E-value < 1.
| Параметры поиска BLAST | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| Поиск | Алгоритм BLAST | Название базы данных | Ограничения по таксонам | Порог e-value | Максимальное количество хитов |
| По прокариотам | BlastP | RefSeq | не Firmicutes и не Eukaryota |
1e-50 | 3287 |
| По эукариотам | BlastP | RefSeq | только Eukaryota | 1e-50 | 84 |
На рисунках показыны деревья, которые наглядно демострируют степень схожести гомологов белка MOXC_BACSU среди прокариот и эукариот соответственно.
Таксономические группы прокариот
Таксономические группы эукариот
Белки разных таксономических групп для множественного выравнивания.
| Домен | Царство/Филум | Название организма | Количество белков |
| Archaea | нет | ||
| Bacteria | Proteobacteria | Klebsiella | 2 |
| Pectobacterium | 1 | ||
| Citrobacter; Enterobacter cloacae | 1 | ||
| Dickeya; Dickeya dadantii 3937 | 1 | ||
| Pseudomonadales | Acinetobacter johnsonii | 1 | |
| Serratia plymuthica 4Rx13 | 1 | ||
| Kosakonia radicincitans | 1 | ||
| Eucaryota | Animals | Ceratitis capitata | 2 |
| Zymoseptoria tritici IPO323 | 1 | ||
| Usarium graminearum PH-1 | 1 | ||
| Fungi | Aspergillus oryzae RIB40] | 1 | |
| Candida tropicalis MYA-3404 | 1 | ||
| Pyrenophora teres f. teres 0-1 | 1 |
Белковые последовательности гомологов MOXC_BACSU из представленных организмов содержатся в файлах aligment.fasta и aligment.jar
На сервере Европейского Биоинформатического Института с помощью программы Muscle было проведено множественное выравнивание гомологов MOXC_BACSU.
К выравниванию было добавлено 3 новые строки аннотации PDBstructure, LIGAND и BLOCKS: