Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка

Упр.1.Поиск однонуклеотидных полиморфизмов и инделей

Для того, чтобы программа bcftools смогла работать, нужно перевести файлы в формат *.bcf. С помощью программ samtools и bcftools получиv список однонуклеотидных полиморфизмов и инделей для ридов, картированных на геномы хлоропласта и митохондрии из предыдущего задания. Создание файла с расширением *.bcf выглядит так:

samtools mpileup -ugf Mit+Chl.fasta aln_mc_out_1.sorted.bam > reads.bcf

Теперь посчитаем количество инделей и полиморфизмов с помощью команды:

bcftools view -vcg reads.bcf > reads_1.vcf

Здесь лежит сам файл *.vcf

Количество инделей и полиморфизмов:

INDEL	308
DP	644

Упр.2.Сборка хлоропласта и митохондрии

1) Осуществим сборку генома хлоропласта и митохондрии из всех чтений набора пакетом velvet.

1.1) Создадим банк k-меров длины 31, используя команду:

velveth velveth_out 31  -fastq  Ath_tae_008_1.fastq

1.2) Соединим k-меры в контиги, используя команду:

velvetg velveth_out -cov_cutoff auto

На выходе получено сообщение:

Final graph has 666166 nodes and n50 of 137, max 5630, total 55860589, using 0/3752156 reads

2) Таблица для десяти самых длинных контигов, для сортировки использовались возможности Excel:

ID	lgth	out	in	long_cov	short1_cov	short1_Ocov	short2_cov	short2_Ocov	long_nb	short1_nb	short2_nb
6192	5630	2	1	0.000000	12.168384	12.143872	0.000000	0.000000	0	0	0
10316	4849	1	2	0.000000	11.217777	11.164570	0.000000	0.000000	0	0	0
17992	4181	1	1	0.000000	11.545085	11.505142	0.000000	0.000000	0	0	0
10549	3510	1	2	0.000000	8.703704	8.659544	0.000000	0.000000	0	0	0
10621	3380	1	1	0.000000	10.784615	10.737278	0.000000	0.000000	0	0	0
7791	3360	1	1	0.000000	11.751488	11.687202	0.000000	0.000000	0	0	0
1421	3147	1	1	0.000000	11.730855	11.721004	0.000000	0.000000	0	0	0
13761	3039	1	1	0.000000	10.951958	10.919381	0.000000	0.000000	0	0	0
217952	3034	1	2	0.000000	13.008899	12.996704	0.000000	0.000000	0	0	0