Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS

Упр.a.Список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae

REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066

Упр.b.Характеристика заданной хромосомы

Моя хромосома №6 - NC_001138

Длина хромосомы	270161
Количество тРНК в хромосоме	10
Количество генов в хромосоме	141

Упр.c.Пример четырех генов на заданной хромосоме, названия, координаты и CDS приведены для каждого гена

Ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов	9545..10222 gene="DDI2"
Ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов	complement(10301..10969) gene="SNO3"
Ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон	gene="RPN11" 153393..154313
Ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон	gene="RPL22B" complement(64243..64932)

Получение последовательности, кодирующей заданный белок

Упр.a.Получение последовательности, кодирующей белок c Uniprot_AC:O34974

Объектом работы послужил белок MOXC_BACSU. C помощью команды entret sw:1YW1 была получена иныормация по белку на БД SwissProt, исходя из полученных данных определялся идентификатор белка в БД Embl - AF008220.
В дальнейшем был получен файл с полной записью EMBL при помощи команды командой entret embl:AF008220. Затем были определены границы и направление кодирующего участка CDS. При помощи команды seqret AF008220.txt -sask вырезали участок, кодирующий белок.
Здесь можно посмотреть результат работы.

Контакты

Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss

FBBФакультет Биоинженерии и Биоинформатики