Онлайн BLAST

Упр.1.Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Мне был выделен фрагмент нуклеотидной последовательности №21:

  >21
gactgctagtgctaagtttgtcagtcaagaattggagtcgacatctcaaaagtatgatgt
tgcatgtgaagtcgaatatattaattgtgaggtgactgatacacagtatcgcgtgcttgc
acagcttgcaaataagtttatcgagaaaaatcgaaatcagatcgataagcggattgatga
attaaaaactcttcaatcgagtgatcaatacctttctggttccgcttcatcagcagaatc
gatagattcagtagatacagctgatgatacgatctcaaaatcacctgatgaatcaacggg

С помощью программы blastn, алгоритма megablast было определено, что он принадлежит организму Haloquadratum walsbyi.
AC RefSeq - AM_180088.1.
Кодирует Orc1-type DNA-реплицирующий белок.
Координаты участка: 1145-1444.

Упр.2.Поиск гомолога белка человека в слоне

Я выбрал человечский белок - ANGE1_HUMAN Protein angel homolog 1:

>ANGE1_HUMAN Q9UNK9 Protein angel homolog 1
MIASCLCYLLLPATRLFRALSDAFFTCRKNVLLANSSSPQVEGDFAMAPRGPEQEECEGL
LQQWREEGLSQVLSTASEGPLIDKGLAQSSLALLMDNPGEENAASEDRWSSRQLSDLRAA
ENLDEPFPEMLGEEPLLEVEGVEGSMWAAIPMQSEPQYADCAALPVGALATEQWEEDPAV
LAWSIAPEPVPQEEASIWPFEGLGQLQPPAVEIPYHEILWREWEDFSTQPDAQGLKAGDG
PQFQFTLMSYNILAQDLMQQSSELYLHCHPDILNWNYRFVNLMQEFQHWDPDILCLQEVQ
EDHYWEQLEPSLRMMGFTCFYKRRTGCKTDGCAVCYKPTRFRLLCASPVEYFRPGLELLN
RDNVGLVLLLQPLVPEGLGQVSVAPLCVANTHILYNPRRGDVKLAQMAILLAEVDKVARL
SDGSHCPIILCGDLNSVPDSPLYNFIRDGELQYHGMPAWKVSGQEDFSHQLYQRKLQAPL
WPSSLGITDCCQYVTSCHPKRSERRKYGRDFLLRFRFCSIACQRPVGLVLMEGVTDTKPE
RPAGWAESVLEEDASELEPAFSRTVGTIQHCLHLTSVYTHFLPQRGRPEVTTMPLGLGMT
VDYIFFSAESCENGNRTDHRLYRDGTLKLLGRLSLLSEEILWAANGLPNPFCSSDHLCLL
ASFGMEVTAP

В дальнейшем поиск был проведен по БД ENA в отношении Африканского слона Loxodonta africana.
:

e-value	0.0
Длина выравнивания	651
Identity выравнивания	89%
Координаты гена в геноме слона	52859635<-52820234
Интроны	8

Упр.3.Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Для поиска использовался геном бактерии Bacillus Subtilis, из кторого была вырезана последовательность, кодирующая валиновую тРНК с координатами в геноме - 5322..5397.
Поиск проводился по БД nr/nt среди представителей порядка Bacillales:

Алгоритм	Находки с e-value < 0.001	Параметризация
megablast	186	Размер слова - 28 match/mismatch = 1/-2
blastn	432	Размер слова - 11 match/mismatch = 2/-3
blastn	454	Размер слова - 7 match/mismatch = 1/-1

Самое большое число находок показал агоритм blastn с параметрами "не по умолчанию" по причине высокой чувствительности поиска. Меньше всего находок показал алгоритм megablast, так как при выполнении этого алгоритма ищутся наиболее сходные последовательности.

Контакты

Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss

FBBФакультет Биоинженерии и Биоинформатики