Контакты
Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss
Был проведен поиск белка ANGE1 в UCSC.
| Короткое имя гена | ANGEL1 |
| Полное имя гена | Homo sapiens angel homolog 1 |
| На какой цепи закодировани ген | - |
| В какой хромосоме находится ген | 14 |
| К каким плечу и хромосоме принадлежит участок | chr14:q24.3 |
| Координаты гена в последовательности хромосомы | 77253586-77279283 |
| Сколько альтернативных продуктов закодировано в гене | 1 |
| Число экзонов | 10 |
| Длина аминокислотной последовательности | 585 |
Далее представлено изображение окрестности гена из Genome Browser c треками:
Ген человека - ANGE1 был выровнен с гомологичным геном шимпанзе. Нужно было определить число различий и сравнить его с числом часто встречающихся полиморфизмов в этом же гене.
Для того, чтобы построить выравнивание, ANGE1 был найден в поиске Ensembl, затем в разделе Comparative Genomics - Genomic alignments выбрали выравнивание с шимпанзе.
А вот файл с выравниванием: aligment.fasta.
С помощью программы distmat пакета EMBOSS, с помощью нее было подсчитано число различий - 0.81 на 100 нуклеотидов.
Число полиморфизмов можно найти в блоке Genetic Variation - Vatiation table, оно составляет 3262.
Файл с результатом работы distmat:aligment.distmat