Геномное окружение. База данных STRING

Упр.1 Изображение "графа взаимодействий" MOXC_BACSU (1YW1) и других белков в режиме evidence

Мой белок - монооксигеназа бактерии Bacillus Subtilis, как я и ожидал, присутствует в БД ENZYME, это связано с тем, что данный фермент является хорошо изученным, так как играет важную роль в деградации метионина. Полученный граф изображен на рисунке 1.

Рисунок 1. Граф показывает взаимодействия белка MOXC_BACSU с другими белками.

Разными цветами показаны разные типы взаимодействий:

• Зеленым цветом показано соседство в геноме.
• Желтым цветом показаны взаимодействия, которые имели место быть в некоторых исследования.

• Темно-розовым цветом выделена сама монооксигеназа - moxC.
  
• Бежевым указана еще одна (предположительно) монооксигеназа - ytmO.
  
• Зеленым показан редоксин (транспортер электронов) - ytnI.
  
• Бирюзовым цветом выделена пермеаза (также является субъединицей транспортерного комплекса) - tcyM.
  
• Лазурным цветом выделена рибофлавин киназа (возможно является регулятором транскрипции rib-оперона) - ribR.
  
• Аметистовым цветом выделена N-ацетилтрансфераза.
  

Рисунок 2. Легенда для графа, приведено описание цветов ребер, вершин графа, а также названия белков.

Упр.2 Изображение "геномного окружения" MOXC_BACSU (1YW1)

Рисунок 3. Дерево геномного окружения с точностью до филума.

Здесь можно увидеть полное дерево.

Упр.3 График "совместной встречаемости" для MOXC_BACSU (1YW1)

Рисунок 4. Дерево совместной встречаемости с точностью до филума. Цветные квадраты обозначают консервативность белка.

Описание полученных результатов

1. Мой белок нашелся в БД STRING - гомолог брать не пришлось.
2. Среди гомологов moxC_bacsu нашлись как участники метаболических путей (ytmO; ytnI; ytmI) так и белок (tcyM),
   входящий в ABC-транспортерный белковый комплекс TcyJKLMN. Также была обнаружена РНК-связывающая рибофлавин-киназа (ribR).
3. Была замечена совместная встречаемость моего белка с белком tcyM в таксонах Pseudonocardiaceae, Micrococcineae, Catenulispora acidiphilia и Kineococcus radiotolerans. Также была замечена совместная встречаемость с белком ytmO в следующих таксонах: Corynebacterineae, Micrococcineae, Micromonosporaceae, Catenulispora acidiphilia, Bacteroiudetes chlorobi, Deinococci. Почти со всеми белками была выявлена совместная встречаемость в таксонах Proteobacteria и Firmicutes.
4. Сшивки отсутствуют.
5. На мой взгляд, паттерн совместной встречаемости с моим белком образует протеин ytmO. Связано это скорее всего с потребностью бактерий формировать определенные монооксигеназные конструкции, где необходимы различные монооксигеназы, относящиеся к одному классу.