Мембранные белки

Упр.3 Анализ множественного выравнивания

1. С помощью программы BLAST, был проведен поиск гомологов белка 4WIT в по БД nr, в итоге получил гомологи исключительно в эукариотах.
2. Полученные последовательности были подвергнуты выравниванию с помощбю программы Muscle.
3. Здесь находится проект JalView, а здесь находится изображение обработанного выравнивания
4. А здесь находится белок расположенный так, чтобы n-сторона была сверху, а p-сторона снизу.
   Раскраска - Hydrophobicity: гидрофобные аминокислоты показаны красным, а гидрофильные - синим.
   Установленный порог идентичности - 55%.

5. В дальнейшем я анализировал предсказания программы ТМНММ в сравнении с реальными данными из БД OPM. Получилось, что предсказание ТМНММ не вполне соответствуют данным из БД ОРМ, но для определения примерного расположения трансмембранных областей оно подходит. Собственно распределение.