Для работы был скачан полный геном бактерии Clostridium botiulinum str. A2 Kyoto с FTP-сервера NCBI. С использованием хромосомной таблицы были определены координаты начала всех генов и с помощью скрипта на Python случайно выбраны 300 генов, для которых затем были вырезаны области [-35:0] с помощью seqret. По полученным последовательностям программой MEME был проведен поиск последовательности Шайна-Дальгарно.

Папка с выдачей. Лого полученной последовательности представлено на рис. 1.

Рисунок 1. LOGO последовательности.

Страница html с результатами MEME.

Страница html с результатами MAST. Файл из выдачи MEME вместе с фаста файлом с исходными последовательностями, был подан на вход программе MAST для того, чтобы найти полученный мотив в геноме бактерии.
Было найдено 223 последовательности, содержащих достоверные совпадения с найденным мотивом.