******************************************************************************** MEME - Motif discovery tool ******************************************************************************** MEME version 4.10.2 (Release date: Thu Sep 03 15:00:54 2015 -0700) For further information on how to interpret these results or to get a copy of the MEME software please access http://meme-suite.org . This file may be used as input to the MAST algorithm for searching sequence databases for matches to groups of motifs. MAST is available for interactive use and downloading at http://meme-suite.org . ******************************************************************************** ******************************************************************************** REFERENCE ******************************************************************************** If you use this program in your research, please cite: Timothy L. Bailey and Charles Elkan, "Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers", Proceedings of the Second International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, pp. 28-36, AAAI Press, Menlo Park, California, 1994. ******************************************************************************** ******************************************************************************** TRAINING SET ******************************************************************************** DATAFILE= seqs_1000.fasta ALPHABET= ACGT Sequence name Weight Length Sequence name Weight Length ------------- ------ ------ ------------- ------ ------ 1 1.0000 17 2 1.0000 17 3 1.0000 17 4 1.0000 17 5 1.0000 17 6 1.0000 17 7 1.0000 17 8 1.0000 17 9 1.0000 17 10 1.0000 17 11 1.0000 17 12 1.0000 17 13 1.0000 17 14 1.0000 17 15 1.0000 17 16 1.0000 17 17 1.0000 17 18 1.0000 17 19 1.0000 17 20 1.0000 17 21 1.0000 17 22 1.0000 17 23 1.0000 17 24 1.0000 17 25 1.0000 17 26 1.0000 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-mod zoops -nmotifs 3 -minw 5 -maxw 8 -revcomp model: mod= zoops nmotifs= 3 evt= inf object function= E-value of product of p-values width: minw= 5 maxw= 8 minic= 0.00 width: wg= 11 ws= 1 endgaps= yes nsites: minsites= 2 maxsites= 1000 wnsites= 0.8 theta: prob= 1 spmap= uni spfuzz= 0.5 global: substring= yes branching= no wbranch= no em: prior= dirichlet b= 0.01 maxiter= 50 distance= 1e-05 data: n= 17000 N= 1000 strands: + - sample: seed= 0 seqfrac= 1 Letter frequencies in dataset: A 0.306 C 0.194 G 0.194 T 0.306 Background letter frequencies (from dataset with add-one prior applied): A 0.306 C 0.194 G 0.194 T 0.306 ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 1 MEME width = 8 sites = 455 llr = 2831 E-value = 2.4e-306 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A 25::2:52 pos.-specific C 11:::::: probability G 52aa1a33 matrix T 22::7:15 bits 2.4 ** * 2.1 ** * 1.9 ** * 1.7 ** * Relative 1.4 ** * Entropy 1.2 ** * (9.0 bits) 0.9 ** * 0.7 ** * 0.5 ****** 0.2 ******** 0.0 -------- Multilevel GAGGTGAT consensus AT GG sequence TG -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Strand Start P-value Site ------------- ------ ----- --------- -------- 979 + 4 3.32e-05 ATT GAGGTGAG CGGAAA 968 + 4 3.32e-05 CTT GAGGTGGT AAAAGA 958 + 5 3.32e-05 TTAG GAGGTGAT AACAA 953 + 5 3.32e-05 AAAA GAGGTGGT GAAAG 934 + 6 3.32e-05 ATATA GAGGTGAT TGCA 926 + 6 3.32e-05 ATGGG GAGGTGAT AATT 900 + 6 3.32e-05 TTTGA GAGGTGAT AAGA 822 - 1 3.32e-05 ATAATTGTT GAGGTGAT 789 + 5 3.32e-05 ATTA GAGGTGGT AAAGA 787 + 6 3.32e-05 ATGTT GAGGTGAT GGCA 754 + 6 3.32e-05 TTTTG GAGGTGAG TAAA 747 + 6 3.32e-05 GCTGT GAGGTGAT AGTA 729 + 5 3.32e-05 GAGT GAGGTGGT ATATA 728 - 4 3.32e-05 AGTGAC GAGGTGGG AAA 721 + 5 3.32e-05 GAAA GAGGTGAG AGAGA 706 + 5 3.32e-05 AAAC GAGGTGGT GAAAG 705 + 4 3.32e-05 GAT GAGGTGAT TAAGCG 655 + 6 3.32e-05 AAGCT GAGGTGAG AAGA 652 + 5 3.32e-05 TTTT GAGGTGAT GAACA 611 + 5 3.32e-05 ACAA GAGGTGAT AAAAA 610 + 6 3.32e-05 GATTT GAGGTGAT TCTA 608 + 6 3.32e-05 GATTT GAGGTGAT AGTA 556 + 5 3.32e-05 TTGG GAGGTGAT TAAAA 525 + 6 3.32e-05 TCTTG GAGGTGAG CTTA 522 + 5 3.32e-05 CTGG GAGGTGAG TAGTG 520 + 6 3.32e-05 TCGGA GAGGTGGT AGCA 492 + 6 3.32e-05 GGTTT GAGGTGAT ATTA 441 + 5 3.32e-05 TGCT GAGGTGGT TGAGT 439 + 6 3.32e-05 AGGCT GAGGTGAG CCGA 432 + 6 3.32e-05 TTCTC GAGGTGGT AGAA 420 + 5 3.32e-05 TGGT GAGGTGAG CAAAA 412 + 5 3.32e-05 ATCT GAGGTGAT GACAA 411 + 1 3.32e-05 . GAGGTGAG GTGATACCA 369 + 5 3.32e-05 GAAT GAGGTGAT GGAGA 346 + 6 3.32e-05 TTGAG GAGGTGAG AGGA 325 + 6 3.32e-05 TAGGG GAGGTGAG AGAA 314 + 4 3.32e-05 AGT GAGGTGAT TCTCTG 292 + 5 3.32e-05 ATAT GAGGTGGG TTATA 254 + 5 3.32e-05 ATTT GAGGTGAT GATCA 251 + 5 3.32e-05 AAGT GAGGTGAT TTGGA 249 + 6 3.32e-05 TTTTT GAGGTGAG AACA 242 + 5 3.32e-05 CTGT GAGGTGAT GAAAA 232 + 3 3.32e-05 TG GAGGTGGT TCAGCAA 197 + 6 3.32e-05 AGGTG GAGGTGAG ATAA 185 + 6 3.32e-05 TTAGT GAGGTGAG AATG 167 + 5 3.32e-05 ATTA GAGGTGAT GCTCA 163 + 5 3.32e-05 TACT GAGGTGGT GGCTA 162 + 4 3.32e-05 CAT GAGGTGAT GTAAAA 157 + 5 3.32e-05 GTTT GAGGTGAG AGCTA 149 + 6 3.32e-05 ATTTC GAGGTGAT ACTA 135 + 5 3.32e-05 TTCT GAGGTGAT AATAA 129 + 5 3.32e-05 AAGT GAGGTGAT ATAAA 122 + 6 3.32e-05 TTAAT GAGGTGAG AAAA 120 + 5 3.32e-05 TGAG GAGGTGGG ATGAA 113 + 4 3.32e-05 TGT GAGGTGAG CAAAGA 111 + 5 3.32e-05 TGAA GAGGTGAT ATAAA 108 + 5 3.32e-05 TACT GAGGTGAG AGAAA 107 + 4 3.32e-05 AGT GAGGTGAG AGAAAA 103 + 5 3.32e-05 TTGT GAGGTGAG AGAGA 102 + 5 3.32e-05 GTAA GAGGTGAT TGCGA 98 + 3 3.32e-05 AA GAGGTGAG CGAAGGA 97 + 6 3.32e-05 GTAAG GAGGTGAG CTCA 96 + 5 3.32e-05 AAGT GAGGTGGT ATGAA 95 + 5 3.32e-05 AAGT GAGGTGAT TTGAA 94 + 4 3.32e-05 TCT GAGGTGGG TGAGAA 92 + 5 3.32e-05 CAGT GAGGTGAG TTAGA 56 + 5 3.32e-05 GAGT GAGGTGGT GTTTA 53 + 5 3.32e-05 AAGT GAGGTGGT TGGAA 25 + 6 3.32e-05 TGCTG GAGGTGAT AGAA 21 + 5 3.32e-05 TAAT GAGGTGAT TTTGA 5 + 6 3.32e-05 ATCTG GAGGTGAT AATA 867 + 4 5.42e-05 TTA GGGGTGAT GCTGAA 844 + 6 5.42e-05 TTAAG GGGGTGAT GGGA 748 + 6 5.42e-05 ATCAG GGGGTGGT TAAT 650 - 9 5.42e-05 A GGGGTGGT GCCCTTGT 631 + 5 5.42e-05 TGAT GGGGTGGG AAGAA 602 + 6 5.42e-05 GTATG GGGGTGAT AATA 587 + 5 5.42e-05 TTAG GGGGTGAG TGATA 354 + 5 5.42e-05 TGAA GGGGTGAG AAAAA 351 + 6 5.42e-05 CCTTT GGGGTGAT ACTA 279 + 6 5.42e-05 AGTGG GGGGTGAG CGGA 231 + 4 5.42e-05 TTA GGGGTGAG GCACAA 215 + 6 5.42e-05 AGCCT GGGGTGAT TAAA 70 + 4 5.42e-05 CAA GGGGTGAG CTGAGA 14 + 5 5.42e-05 GTGA GGGGTGAT CGGAG 7 + 6 5.42e-05 TATCA GGGGTGAT TTCA 4 + 5 5.42e-05 CTTT GGGGTGAT TTCAA 3 + 5 5.42e-05 ATTA GGGGTGAT GCTGA 966 + 8 8.73e-05 CCAGCAG GTGGTGAG AA 678 + 7 8.73e-05 CCGCTG GTGGTGGT TAA 553 + 7 8.73e-05 ATTTGA GTGGTGGT CAT 527 + 6 8.73e-05 AGAAG GTGGTGAG AAGA 487 + 5 8.73e-05 ACGG GTGGTGAG TCATA 485 + 6 8.73e-05 TTGCT GTGGTGAT TGGA 401 + 5 8.73e-05 GAAT GTGGTGGT AAAAT 334 + 6 8.73e-05 CTTCA GTGGTGGG AGTA 217 + 5 8.73e-05 TAGA GTGGTGAG TTTGG 763 + 5 1.08e-04 ACTG GAGGTGAA GGAAA 533 + 6 1.08e-04 GCTGG GAGGTGGA AAAA 489 + 5 1.08e-04 AAAG GAGGTGAA GAAAA 459 + 4 1.08e-04 AGG GAGGTGAA CGGAAA 345 + 5 1.08e-04 ATGA GAGGTGAA GGCTA 305 + 4 1.08e-04 GTA GAGGTGAA TAGCCA 274 + 5 1.08e-04 AAAG GAGGTGGA GGCAT 273 + 6 1.08e-04 TTTAG GAGGTGGA GTGG 154 + 5 1.08e-04 AAGC GAGGTGGA AGGAA 118 + 5 1.08e-04 AAGC GAGGTGGA GAAAA 105 + 4 1.08e-04 CAT GAGGTGAA TTGAAA 101 + 5 1.08e-04 AGAA GAGGTGGA AAAAA 969 + 5 2.12e-04 AATA AAGGTGGT CTCAA 947 + 5 2.12e-04 TGAT TAGGTGAG CACGA 918 + 6 2.12e-04 TTCTT AAGGTGAT AGGA 908 + 2 2.12e-04 A AAGGTGAT TCTAGTAA 907 + 6 2.12e-04 AGATT TAGGTGAG ACAA 894 + 4 2.12e-04 CGT TAGGTGGT GACGTA 891 + 3 2.12e-04 AT TAGGTGGG AATACTA 869 + 5 2.12e-04 GATT AAGGTGGG GTAAA 858 + 4 2.12e-04 GCA TAGGTGGT GCCCAA 828 + 6 2.12e-04 ATTAA TAGGTGGT AAAA 810 + 5 2.12e-04 CCTA TAGGTGAT ACTCA 746 + 6 2.12e-04 GTCTA AAGGTGAT AGCA 743 + 2 2.12e-04 G AAGGTGAG CATAACAC 723 + 5 2.12e-04 GATT AAGGTGGT AGTTG 657 + 5 2.12e-04 AACT AAGGTGAG TTGGA 641 + 5 2.12e-04 TCAT TAGGTGGT GGAAA 626 + 5 2.12e-04 CCGT TAGGTGGT AGCTA 624 + 6 2.12e-04 CTTGG TAGGTGAG AAAA 578 + 5 2.12e-04 ATTA AAGGTGGG AAAAA 564 + 5 2.12e-04 TTTT TAGGTGAT CCTTA 521 + 4 2.12e-04 GCG AAGGTGAG GAAAGT 380 + 5 2.12e-04 ACCA TAGGTGAG CCTCT 357 + 5 2.12e-04 TTTG TAGGTGAT TCCTT 283 + 5 2.12e-04 ATTA TAGGTGAT ACTTA 261 + 5 2.12e-04 TGAT AAGGTGAT GGAGA 255 + 5 2.12e-04 CAAG AAGGTGAT GCTCA 241 + 5 2.12e-04 TAAA AAGGTGAT GCCAA 207 + 6 2.12e-04 AAAGG TAGGTGGG AACA 178 + 5 2.12e-04 CTGA AAGGTGAG GGGAA 166 + 5 2.12e-04 GAGG TAGGTGAG TAAAA 136 + 5 2.12e-04 TTAA AAGGTGAT TTGGT 124 + 5 2.12e-04 TCCA TAGGTGAT GCTCA 116 + 5 2.12e-04 CATT AAGGTGAT ATCGA 99 + 4 2.12e-04 AAG AAGGTGAT GTTTGG 63 + 5 2.12e-04 AAAA TAGGTGAT AAACA 629 + 3 2.45e-04 AT GAGGAGGG ATCAAGA 552 - 6 2.45e-04 AGGT GAGGAGAG ATGGA 397 + 6 2.45e-04 TTGAG GAGGAGGG CAAA 391 + 5 2.45e-04 TTAA GAGGAGAG GCAAA 372 + 2 2.45e-04 T GAGGAGGG GTAATTTA 146 + 3 2.45e-04 TA GAGGAGGT TGAGGAA 104 + 2 2.45e-04 A GAGGAGGG CTTGAATA 921 + 5 3.33e-04 CTAT CAGGTGAT AGCGA 920 + 6 3.33e-04 GTTAG GAGGTGTT AAGA 917 + 5 3.33e-04 CAAG GAGGTGTT ATATA 795 + 6 3.33e-04 CTAAT CAGGTGGT TTTA 781 + 4 3.33e-04 TAA GCGGTGAG TAACAA 755 + 4 3.33e-04 TAT CAGGTGAG AACCCA 742 + 6 3.33e-04 GTACG GGGGTGAA GAGA 673 + 5 3.33e-04 TTTG GAGGTGTT TGGAA 630 + 5 3.33e-04 TTAA GAGGTGTG AGAAA 625 + 5 3.33e-04 TTTG CAGGTGAT GATTA 609 + 5 3.33e-04 TTTA CAGGTGGT GACAA 586 + 6 3.33e-04 AATTT CAGGTGAG AAAA 584 + 5 3.33e-04 TTCA CAGGTGAT GCTCA 572 + 5 3.33e-04 GCCA GGGGTGAA GATCA 555 + 5 3.33e-04 TTAG GGGGTGAA GTTGG 488 + 4 3.33e-04 TTG GAGGTGTT GAAGAA 474 + 6 3.33e-04 TAAAT GCGGTGAT TGAA 402 + 4 3.33e-04 ATG GAGGTGTT GCGAAA 388 + 6 3.33e-04 TTGTG GAGGTGTG AAAA 387 + 6 3.33e-04 GCGAG GGGGTGGA AAAA 356 + 6 3.33e-04 ATATG GAGGTGTG AAGA 335 + 4 3.33e-04 GGT GGGGTGAA TAAAAG 331 + 4 3.33e-04 CAT GGGGTGAA AGATTG 307 + 5 3.33e-04 TTTT CAGGTGAT AGAAA 252 + 5 3.33e-04 GTAG GAGGTGTG ATTAA 239 + 5 3.33e-04 GTAT CAGGTGGG GAATT 203 + 5 3.33e-04 TAAG GAGGTGTT GTGAA 195 + 5 3.33e-04 TAGA GGGGTGAA GAGAA 189 - 8 3.33e-04 AT GGGGTGAA CTTTTTG 171 + 4 3.33e-04 ATG GAGGTGTG TTGAAA 140 + 5 3.33e-04 TTGA GGGGTGAA AGGAA 109 + 5 3.33e-04 TTCT GAGGTGTG AGAAA 81 + 5 3.33e-04 TTGT GAGGTGTT TTTAA 79 + 6 3.33e-04 TTTTG GAGGTGTT GAAA 62 + 5 3.33e-04 GAAT GAGGTGTT AAAAA 61 + 4 3.33e-04 GAA GAGGTGTG GAAAAG 24 + 6 3.33e-04 TTTAT CAGGTGAT AGAA 15 + 5 3.33e-04 GCAT GAGGTGTT CACAA 13 + 4 3.33e-04 TTG GGGGTGGA ATCGAA 976 + 5 4.20e-04 CAGG AGGGTGGG TTTAA 962 + 6 4.20e-04 CTGTT AGGGTGGT TAAA 946 + 5 4.20e-04 ATGA TGGGTGAT AGCTA 785 + 6 4.20e-04 CATTG TGGGTGGG ACAA 751 + 3 4.20e-04 CA AGGGTGAG TTAAAAA 726 + 6 4.20e-04 CTTTT GAGGGGAG AACA 704 + 6 4.20e-04 AAATT GAGGGGGT AGTA 697 + 6 4.20e-04 CTGTT AGGGTGAT TATA 696 + 6 4.20e-04 GAAAA AGGGTGGT TAGA 677 + 4 4.20e-04 ACT TGGGTGAG TCTTGA 628 + 5 4.20e-04 GGTC TGGGTGAT GAAGA 615 + 6 4.20e-04 AGGCT TGGGTGAG AATA 548 + 6 4.20e-04 CCAAT TGGGTGGG TTTA 511 - 7 4.20e-04 AGA TGGGTGAG GGTTGA 469 + 5 4.20e-04 TCTA TGGGTGGT GCAAG 213 + 4 4.20e-04 ATT AGGGTGGT CGGCAA 141 + 5 4.20e-04 ATTT TGGGTGGT AGTGA 121 + 5 4.20e-04 TACC TGGGTGAG ATTTA 83 + 4 4.20e-04 AAT AGGGTGAG GAAACA 78 + 7 4.20e-04 AATGGC TGGGTGAG AAA 77 + 5 4.20e-04 ACAT TGGGTGAT GATTA 846 - 10 4.61e-04 . GTGGTGGA AATTATTAT 719 + 8 4.61e-04 AATTTTG GTGGTGGA GA 490 + 7 4.61e-04 ACTTTG GGGGAGAG AAA 82 + 8 4.61e-04 TGGGGAA GTGGTGAA GA 2 + 5 4.61e-04 TCAG GGGGAGAT AGTTT 850 + 5 4.95e-04 TAGG GGGGTGTT CTGCG 683 + 6 4.95e-04 TTCTT CGGGTGGG AGAA 627 + 5 4.95e-04 ATAA GGGGTGTG TGAGA 567 + 6 4.95e-04 TTAGC CGGGTGGT TCAA 362 + 6 4.95e-04 TTAAG GGGGTGTT AAAA 214 + 4 4.95e-04 TAC GGGGTGTT GAAGAA 193 + 5 4.95e-04 TACT GGGGTGTT AGATG 130 + 4 4.95e-04 AGG CGGGTGAG GCTCAA 93 + 4 4.95e-04 TTA CGGGTGAT GGAAGA 67 + 5 4.95e-04 CTTT CGGGTGAT GATCT 22 + 6 4.95e-04 TATAG GGGGTGTT GTTG 984 + 5 6.00e-04 TTCT TTGGTGAT AGTGA 967 + 8 6.00e-04 AAGTTCT ATGGTGAT AA 901 + 6 6.00e-04 ACTTA ATGGTGGG AGAG 896 + 5 6.00e-04 GGGT ATGGTGAG CTTCA 857 + 6 6.00e-04 GCTGG TTGGTGAT AGGA 798 - 2 6.00e-04 AAAGACAT ATGGTGAG G 758 + 6 6.00e-04 GTTTC TTGGTGGT TTAA 699 + 6 6.00e-04 CTATT TTGGTGGT GTTA 568 + 5 6.00e-04 TCAT TTGGTGGT ACCTA 543 + 3 6.00e-04 TA ATGGTGAT TATCATA 542 + 4 6.00e-04 TTA ATGGTGGT TTAAAT 504 + 5 6.00e-04 TTGG ATGGTGAT AAAGA 437 + 5 6.00e-04 CTAA TTGGTGAT GGAAA 425 + 6 6.00e-04 TTGGA ATGGTGGT GTTA 421 + 5 6.00e-04 ATTT TTGGTGAG TGCAA 413 + 6 6.00e-04 GTAAT TTGGTGAG CAAA 400 + 6 6.00e-04 CTCTT ATGGTGAG AATA 393 + 6 6.00e-04 CTTTT TTGGTGGT TTTA 344 + 6 6.00e-04 AAATT TTGGTGAT GCTA 337 + 4 6.00e-04 TAT ATGGTGAG AAGATA 329 + 5 6.00e-04 CCTA ATGGTGAT GATCA 304 + 5 6.00e-04 TTTC TTGGTGGT GTTTG 275 + 6 6.00e-04 AAAGC TTGGTGAG ACTA 271 + 4 6.00e-04 CTT ATGGTGGG AAGAAA 212 + 1 6.00e-04 . TTGGTGAG GATAAAGGA 211 + 5 6.00e-04 TATG ATGGTGAT ATTAA 194 + 5 6.00e-04 CATT TTGGTGAT GAAGA 172 + 5 6.00e-04 TTGT ATGGTGAT TGGAA 168 + 5 6.00e-04 TTTT TTGGTGGG AAAAA 131 + 4 6.00e-04 TTT TTGGTGAG AAAAAA 58 + 3 6.00e-04 TT TTGGTGGT TGTATTT 37 + 5 6.00e-04 AAAT TTGGTGGT TTAAA 639 + 9 7.10e-04 TAGTTCTG GTGGAGAT C 601 + 8 7.10e-04 TAGGGAA AAGGTGAA AT 529 + 7 7.10e-04 TTATGG GTGGAGAT CTG 491 + 3 7.10e-04 TA GTGGAGGT TGCACTA 442 + 1 7.10e-04 . GTGGAGGT CTGTAGAGA 384 + 5 7.10e-04 CTAT GGGGGGAT TGAAA 240 + 6 7.10e-04 CCTAA GTGGAGAT TGAT 186 + 5 7.10e-04 CATA GGGGGGAG TAAAT 106 + 2 7.10e-04 T GTGGAGGG ATGATTAA 786 + 9 7.84e-04 ACGTTGAA GAGGAGAA T 753 + 5 7.84e-04 ATAT CTGGTGAT GTCCA 654 + 6 7.84e-04 TTCAT CTGGTGAT GGTA 607 + 5 7.84e-04 AGAA CTGGTGAT GAGTG 566 + 6 7.84e-04 TTAGG CTGGTGAG AGCA 470 + 6 7.84e-04 GAAGG CTGGTGAT CTCA 467 + 3 7.84e-04 AT CTGGTGAT GCTAAAA 332 + 8 7.84e-04 ATTATCG GTGGTGTT AA 319 + 3 7.84e-04 TT GTGGTGTT CTACCTT 286 + 5 7.84e-04 TCAT CTGGTGAT GAAGA 183 + 1 7.84e-04 . GAGGAGGA GCTTGCAAG 133 + 3 7.84e-04 TT GAGGAGGA ATGCTCA 637 + 6 8.30e-04 TAATC CAGGTGGA AATA 483 + 6 8.30e-04 CTTTG CAGGTGAA ATCA 416 - 1 8.30e-04 ACTATTTTG GAGGTGTA 198 + 4 8.30e-04 TTG GAGGTGTA AGGAGA 182 + 6 8.30e-04 AATAA CAGGTGGA ATTA 177 + 5 8.30e-04 TTAA GCGGTGAA CTCGA 128 + 3 8.30e-04 TG GAGGTGTA GTTATAA 117 + 4 8.30e-04 TTG GCGGTGGA GGAATA 16 + 6 8.30e-04 AAATG GAGGTGTA AGAA 985 + 5 9.55e-04 CATT AAGGAGAT TTAAG 909 + 4 9.55e-04 CGT AAGGAGGG CATAAA 864 + 2 9.55e-04 G AAGGAGGG ATTGAAAG 851 + 1 9.55e-04 . AAGGAGGG ACTTTAAGA 840 + 2 9.55e-04 T AAGGAGGT AGGGAAAA 715 + 2 9.55e-04 T AAGGAGGT GACAGAAG 713 + 3 9.55e-04 TT GTGGGGGT AGTTAAA 708 + 3 9.55e-04 TT AAGGAGGT ATTTAAA 443 + 3 9.55e-04 TC AAGGAGGT TAAGCTA 390 + 2 9.55e-04 T TAGGAGAT GGTGGAAA 378 + 3 9.55e-04 GA TAGGAGGG AATAACA 313 + 2 9.55e-04 T TAGGAGGG AAGAGAAA 291 - 7 9.55e-04 GAA AAGGAGGG ATCTCC 147 + 3 9.55e-04 TT TAGGAGGT GCTTTTA 145 + 3 9.55e-04 AG AAGGAGGG TCAGAAA 91 + 3 9.55e-04 AT AAGGAGGG ATTGATA 59 + 3 9.55e-04 TA AAGGAGGG TGCACAT 48 + 6 9.55e-04 AAAGA AAGGAGAT AAAT 978 + 5 1.14e-03 CCCT TCGGTGGT CTCAA 943 + 1 1.14e-03 . AGGGTGAA GTTTTAAAT 899 - 7 1.14e-03 ATT TAGGTGTT CCAATG 866 + 4 1.14e-03 ATG AAGGTGTG TAATTA 819 + 5 1.14e-03 CTTA TCGGTGAG AAACA 809 + 6 1.14e-03 GAAAT ACGGTGGT TCTA 739 + 5 1.14e-03 TAAT TCGGTGAT TCAAA 738 + 3 1.14e-03 AA ACGGTGGT GTAAAAA 718 - 9 1.14e-03 A AAGGTGTG GTACTTGC 712 + 7 1.14e-03 TTCGTG AGGGTGGA GCA 702 - 7 1.14e-03 ATG AGGGTGAA GGGACA 668 + 6 1.14e-03 GTCTC AAGGTGTT ACTA 658 + 5 1.14e-03 CCTA TAGGTGTG TTAAA 588 + 5 1.14e-03 TTAT TCGGTGGT TGTCA 576 + 1 1.14e-03 . GAGGGGAA TTTAACCTT 519 + 5 1.14e-03 TATG ACGGTGAG CATTA 396 + 6 1.14e-03 TCAGT ACGGTGAT GGGA 363 + 5 1.14e-03 GCTT TCGGTGAT TTGAA 341 + 5 1.14e-03 TCAG TAGGTGTT AAAAA 317 + 6 1.14e-03 TATAA ACGGTGAT GTTA 308 + 6 1.14e-03 GATAC TGGGTGAA CTTA 268 + 4 1.14e-03 TGT TCGGTGAG GCAAAG 192 + 6 1.14e-03 ATAGG AGGGTGAA GAAA 176 + 4 1.14e-03 CTT GAGGGGGA TTTAAA 170 + 10 1.14e-03 AAAGGAGAG AGGGTGAA 165 + 2 1.14e-03 G AGGGTGAA GGAAATGA 86 + 6 1.14e-03 TTTCT TCGGTGAG AGCA 44 + 5 1.14e-03 TAAT GAGGGGAA TGTAA 27 + 6 1.14e-03 CCATC TCGGTGAG ATTA 859 + 10 1.23e-03 AGAAAAATT GCGGAGAT 538 + 8 1.23e-03 TAAAAAA CAGGAGGT CA 414 + 1 1.23e-03 . GCGGAGGT ATTCTGTCA 381 + 2 1.23e-03 T CAGGAGGT GGCTGTAG 295 + 1 1.23e-03 . CAGGAGGG AAGGGCTGA 955 - 9 1.37e-03 A CCGGTGGT TCTATGGA 952 + 4 1.37e-03 TAT TAGGGGGG CAAATG 792 + 4 1.37e-03 CAA AAGGGGAT TCGAAT 680 + 2 1.37e-03 T TAGGGGAG TTAAGAAG 672 - 8 1.37e-03 GC AAGGGGGT CCATCTA 642 + 5 1.37e-03 TATT CCGGTGAT GCTCA 638 + 3 1.37e-03 AA AAGGGGGG AACTTTA 499 + 5 1.37e-03 AAGG CAGGTGTG AAAGA 480 - 6 1.37e-03 AAGT CGGGTGGA GAAAG 115 + 5 1.37e-03 TTGG CAGGTGTT AATCA 84 + 5 1.37e-03 AAGA CCGGTGGT AAAAG 69 + 1 1.37e-03 . AAGGGGGT TGATCTAAA 914 - 7 1.50e-03 AGG TGGGAGGG ATGAAG 599 + 1 1.50e-03 . AGGGAGAG AAAGTGGAT 596 + 3 1.50e-03 GT AGGGAGGG AGTGTCA 526 + 2 1.50e-03 A TGGGAGGT ATCAAAGA 486 + 4 1.50e-03 GGG ATGGTGAA GGTTGA 458 + 4 1.50e-03 CAG TTGGTGAA GGAGTG 377 + 5 1.50e-03 TGTT TTGGTGAA GAAAA 276 + 2 1.50e-03 T TGGGAGAG TCTGGGGA 229 + 4 1.50e-03 ATT TTGGTGGA CATCAA 188 - 6 1.50e-03 ATTA TGGGAGAG AACCT 175 + 4 1.50e-03 GAA ATGGTGAA AAACAA 174 + 1 1.50e-03 . AGGGAGGG TATAAGGAT 173 + 4 1.50e-03 TTG AGGGAGAT AGCTCA 9 + 5 1.50e-03 ACTT TTGGTGAA AATCA 988 + 10 1.61e-03 AATGTGAGG GCGGGGAT 971 + 4 1.61e-03 AAA AGGGTGTG AGCTAA 957 + 2 1.61e-03 T CAGGGGGT TTAAAACA 647 + 5 1.61e-03 TAAA AGGGTGTT TATTT 604 - 2 1.61e-03 ATTGAAAT GTGGAGGA A 557 - 7 1.61e-03 ACG GTGGAGGA AATCCT 524 + 3 1.61e-03 TG CAGGGGGT TACGACA 419 + 4 1.61e-03 TCT GCGGGGGT TTAAGA 367 + 5 1.61e-03 CGAT GGGGGGAA TGACA 336 + 5 1.61e-03 CCTT GCGGGGAT TTGAA 250 + 3 1.61e-03 AG AGGGTGTG AGAGCGA 226 + 7 1.61e-03 TTATCA GCGGGGAG CAT 990 + 6 1.68e-03 GTAAT GGGGAGTT GCAA 796 + 6 1.68e-03 AAGAA CTGGTGAA AAAA 370 + 4 1.68e-03 AAA CTGGTGAA GAGCAA 294 + 2 1.68e-03 A CGGGAGGG CTATGAGA 963 + 3 1.86e-03 TC TTGGAGGG TTTATGA 942 + 2 1.86e-03 A ATGGAGGG AAGGAAAT 565 + 3 1.86e-03 AA TTGGAGGG CTTAATT 516 - 3 1.86e-03 ATGTTCT ATGGAGAG AT 436 + 4 1.86e-03 CTT GAGGCGAT GAAAAA 434 + 3 1.86e-03 GT TGGGGGGT AATTTGA 428 - 10 1.86e-03 . ATGGAGGT TGCAATTTT 418 + 2 1.86e-03 T ATGGAGAT GATAAAGA 417 + 4 1.86e-03 AAT TTGGAGAT TTGAAT 230 + 3 1.86e-03 CC ATGGAGGG GTATTCA 225 + 5 1.86e-03 TTTT GAGGCGAT GAGTA 196 + 2 1.86e-03 A TTGGAGGT CAGAAAAA 144 + 6 1.86e-03 GTTTG GAGGCGAT AGAA 112 + 6 1.86e-03 TTGAG GAGGCGAG AGAA 75 - 1 1.86e-03 ATGGTAGTT ATGGAGAG 17 + 4 1.86e-03 CGT TGGGGGGT CTGAAT 935 + 4 2.02e-03 CTT TTGGTGTT GAGAAA 892 - 1 2.02e-03 AGTTTTGCA GTGGGGGA 756 + 6 2.02e-03 TTCTG GAGGTGCT GAGA 720 - 3 2.02e-03 TGGTTAA AAGGAGAA AA 663 + 5 2.02e-03 TTTG TTGGTGTT TCGTT 114 + 5 2.02e-03 CTGT GAGGTGCT TATGA 948 + 5 2.17e-03 CTTG ACGGTGGA ATTCA 868 + 2 2.17e-03 A CTGGAGGG ACTAAATG 782 + 3 2.17e-03 AA CTGGAGGG AGAAGAA 676 + 5 2.17e-03 AGTA TCGGTGAA CTGCA 403 + 2 2.17e-03 T CTGGAGGT TTCTGGAT 282 + 3 2.17e-03 AT TAGGTGTA AAGGATT 80 + 5 2.17e-03 CTAA CGGGGGAT TTCTA 72 + 8 2.17e-03 ACTGGGG ACGGTGAA AA 959 + 7 2.30e-03 ACTGCT ATGGGGGT CCG 559 - 6 2.30e-03 ACGG ATGGGGGT AGTGA 461 + 4 2.30e-03 AAT TTGGGGAT CGAGAA 395 + 10 2.30e-03 TATTTAGCT GAGGAGTA 306 + 1 2.30e-03 . ATGGGGGT AATGAGGAA 191 + 3 2.30e-03 AT TTGGGGAT GATTGTA 123 + 5 2.30e-03 CTTA TTGGGGAT TTCAA 74 + 3 2.30e-03 TG GAGGAGTA GTAACTT 987 + 5 2.40e-03 TTCA AAGGGGAA TCTTA 364 + 4 2.40e-03 AAT GAGGTGAC GGGGAA 293 + 4 2.40e-03 GCT GAGGTGGC TTTTTA 200 + 2 2.40e-03 G AAGGGGAA TAAGGAAT 19 + 6 2.40e-03 ATCAG GGGGCGAT GAAA 904 + 7 2.61e-03 ATCAAT AGGGAGGA TGA 876 - 7 2.61e-03 AGG TGGGAGAA ATGGTT 836 + 3 2.61e-03 TA TCGGAGGG ATGAAAA 797 + 10 2.61e-03 TAGCGAGAG CTGGGGGT 571 + 6 2.61e-03 GGTAG AGGGAGAA AGAT 253 + 1 2.61e-03 . CTGGGGGT AAGCAGTGA 1 + 4 2.61e-03 ACT CTGGGGAT GAAAAA 50 + 8 2.71e-03 CAAATGC GCGGGGAA CA 330 + 2 2.81e-03 T CCGGAGGG AACTTCAA 148 + 3 2.81e-03 CA CGGGAGGA AAAGACA 49 - 10 2.81e-03 . CGGGAGAA CCCTCCGAA 919 + 1 3.03e-03 . TTGGAGGA GCAGACAAA 816 - 5 3.03e-03 ATAAA ATGGAGAA GTTC 815 + 4 3.03e-03 GCT ACGGGGAT AACGGC 312 + 6 3.03e-03 ATAAT TTGGAGAA AAGT 190 + 3 3.03e-03 GA GAGGCGAA AATTTTT 184 + 3 3.03e-03 TG ATGGAGGA AATAAAA 20 + 3 3.03e-03 CT TAGGGGTG TCTAAAA 832 + 10 3.12e-03 AAAAGAGGA TGGGAGTT 433 + 2 3.12e-03 A TGGGAGTG AAAGGCTA 937 + 5 3.27e-03 AAAT TAGGCGAT ACATT 653 + 3 3.27e-03 TT CTGGAGGA CTTCGAA 558 - 5 3.27e-03 GTCTG CTGGAGGA AATA 750 + 7 3.39e-03 TTGATG AAGGTGCT CCA 110 + 3 3.39e-03 TT AAGGTGCT CAACGGG 89 + 8 3.39e-03 TTCTCTA TTGGGGAA AC 134 + 2 3.54e-03 A ATGGAGTG ATGGGCTA 30 - 1 3.54e-03 AGCTAAAGC TTGGAGTG 342 + 8 4.35e-03 AAAGAAA AGGGTGGC TT -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- 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GCGGGGGT 1 367 ( 5) GGGGGGAA 1 336 ( 5) GCGGGGAT 1 250 ( 3) AGGGTGTG 1 226 ( 7) GCGGGGAG 1 990 ( 6) GGGGAGTT 1 796 ( 6) CTGGTGAA 1 370 ( 4) CTGGTGAA 1 294 ( 2) CGGGAGGG 1 963 ( 3) TTGGAGGG 1 942 ( 2) ATGGAGGG 1 565 ( 3) TTGGAGGG 1 516 ( 3) ATGGAGAG 1 436 ( 4) GAGGCGAT 1 434 ( 3) TGGGGGGT 1 428 ( 10) ATGGAGGT 1 418 ( 2) ATGGAGAT 1 417 ( 4) TTGGAGAT 1 230 ( 3) ATGGAGGG 1 225 ( 5) GAGGCGAT 1 196 ( 2) TTGGAGGT 1 144 ( 6) GAGGCGAT 1 112 ( 6) GAGGCGAG 1 75 ( 1) ATGGAGAG 1 17 ( 4) TGGGGGGT 1 935 ( 4) TTGGTGTT 1 892 ( 1) GTGGGGGA 1 756 ( 6) GAGGTGCT 1 720 ( 3) AAGGAGAA 1 663 ( 5) TTGGTGTT 1 114 ( 5) GAGGTGCT 1 948 ( 5) ACGGTGGA 1 868 ( 2) CTGGAGGG 1 782 ( 3) CTGGAGGG 1 676 ( 5) TCGGTGAA 1 403 ( 2) CTGGAGGT 1 282 ( 3) TAGGTGTA 1 80 ( 5) CGGGGGAT 1 72 ( 8) ACGGTGAA 1 959 ( 7) ATGGGGGT 1 559 ( 6) ATGGGGGT 1 461 ( 4) TTGGGGAT 1 395 ( 10) GAGGAGTA 1 306 ( 1) ATGGGGGT 1 191 ( 3) TTGGGGAT 1 123 ( 5) TTGGGGAT 1 74 ( 3) GAGGAGTA 1 987 ( 5) AAGGGGAA 1 364 ( 4) GAGGTGAC 1 293 ( 4) GAGGTGGC 1 200 ( 2) AAGGGGAA 1 19 ( 6) GGGGCGAT 1 904 ( 7) AGGGAGGA 1 876 ( 7) TGGGAGAA 1 836 ( 3) TCGGAGGG 1 797 ( 10) CTGGGGGT 1 571 ( 6) AGGGAGAA 1 253 ( 1) CTGGGGGT 1 1 ( 4) CTGGGGAT 1 50 ( 8) GCGGGGAA 1 330 ( 2) CCGGAGGG 1 148 ( 3) CGGGAGGA 1 49 ( 10) CGGGAGAA 1 919 ( 1) TTGGAGGA 1 816 ( 5) ATGGAGAA 1 815 ( 4) ACGGGGAT 1 312 ( 6) TTGGAGAA 1 190 ( 3) GAGGCGAA 1 184 ( 3) ATGGAGGA 1 20 ( 3) TAGGGGTG 1 832 ( 10) TGGGAGTT 1 433 ( 2) TGGGAGTG 1 937 ( 5) TAGGCGAT 1 653 ( 3) CTGGAGGA 1 558 ( 5) CTGGAGGA 1 750 ( 7) AAGGTGCT 1 110 ( 3) AAGGTGCT 1 89 ( 8) TTGGGGAA 1 134 ( 2) ATGGAGTG 1 30 ( 1) TTGGAGTG 1 342 ( 8) AGGGTGGC 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 8 n= 10000 bayes= 6.11527 E= 2.4e-306 -45 -79 121 -52 68 -142 10 -42 -1547 -1547 236 -1547 -1547 -1547 236 -1547 -71 -366 -114 122 -1547 -1547 236 -1547 82 -447 81 -145 -73 -488 71 68 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 455 E= 2.4e-306 0.224176 0.112088 0.450549 0.213187 0.490110 0.072527 0.208791 0.228571 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.186813 0.015385 0.087912 0.709890 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.538462 0.008791 0.340659 0.112088 0.184615 0.006593 0.318681 0.490110 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 1 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- [GAT][ATG]GGTG[AG][TG] -------------------------------------------------------------------------------- Time 244.47 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 2 MEME width = 8 sites = 64 llr = 484 E-value = 3.2e-005 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A 99:8a795 pos.-specific C 1::1:::: probability G :1a1:315 matrix T :::::::: bits 2.4 * 2.1 * 1.9 * 1.7 * * Relative 1.4 * * Entropy 1.2 *** * * (10.9 bits) 0.9 ******** 0.7 ******** 0.5 ******** 0.2 ******** 0.0 -------- Multilevel AAGAAAAA consensus G G sequence -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Strand Start P-value Site ------------- ------ ----- --------- -------- 975 + 7 3.09e-05 ACACAA AAGAAAAG GAT 820 + 9 3.09e-05 AATACGCA AAGAAAAG C 700 - 3 3.09e-05 GGCACCC AAGAAAAG AT 594 + 3 3.09e-05 AA AAGAAAAG AAAAAGT 528 - 5 3.09e-05 GGAAA AAGAAAAG CTCA 347 - 5 3.09e-05 AGGAA AAGAAAAG AGAT 321 + 6 3.09e-05 CTAAG AAGAAAAG AAAT 54 + 6 3.09e-05 GAGAA AAGAAAAG GGGT 871 + 8 5.05e-05 AAATTTG AAGAAGAG AC 725 + 4 5.05e-05 TGG AAGAAGAG TAAGTT 618 + 6 5.05e-05 AAAAT AAGAAGAG CAAT 590 + 5 5.05e-05 AGAA AAGAAGAG AACGT 415 + 9 5.05e-05 AAGGAAGT AAGAAGAG C 303 + 4 5.05e-05 TAA AAGAAGAG CAGCTT 999 - 4 9.92e-05 AGGAAT AAGAAAAA CAT 980 + 6 9.92e-05 AGATA AAGAAAAA AAGT 910 + 3 9.92e-05 CG AAGAAAAA TACCCAT 902 + 10 9.92e-05 TTGAGCAGG AAGAAAAA 783 + 5 9.92e-05 ATAA AAGAAAAA GGAGC 771 + 8 9.92e-05 AAAGATT AAGAAAAA GT 745 + 2 9.92e-05 A AAGAAAAA GACGAGTT 709 + 10 9.92e-05 GAGAAGTTG AAGAAAAA 651 + 1 9.92e-05 . AAGAAAAA CAAAAACCT 592 + 4 9.92e-05 ATA AAGAAAAA GATTTT 297 + 9 9.92e-05 AACATAAA AAGAAAAA T 287 + 9 9.92e-05 ATAAAAAG AAGAAAAA T 997 + 2 1.30e-04 A AAGAAGAA TCAAAAAT 784 + 3 1.30e-04 AG AAGAAGAA CAGACAT 761 + 9 1.30e-04 AAATAACA AAGAAGAA T 57 + 6 1.30e-04 AACTG AAGAAGAA AGCT 766 + 2 1.69e-04 C CAGAAAAG TTTGCTGG 614 - 10 1.69e-04 . AAGCAAAG CTCTTAAAT 243 + 2 1.69e-04 C CAGAAAAG TTTGCTGG 927 + 3 2.08e-04 AC AGGAAAAG AAGTAAC 923 + 7 2.08e-04 AGGAAT AGGAAAAG AGC 619 + 6 2.08e-04 TTAGA AAGAAAGG GCTT 269 + 7 2.08e-04 AACAAA AGGAAAAG CCT 88 + 9 2.08e-04 GGAAAGGA AAGAAAGG T 950 - 10 2.33e-04 . AAGCAGAG AAAGTTAAG 940 - 3 2.33e-04 AGAGTAA CAGAAGAG GT 621 + 3 2.33e-04 GT CAGAAGAG AAAAAGT 887 + 1 2.95e-04 . CAGAAAAA GCTTGAAAT 841 - 7 2.95e-04 GAA AAGCAAAA ATTAGA 636 + 7 2.95e-04 ACACGA AAGCAAAA TTT 580 - 6 2.95e-04 AAAG CAGAAAAA AGAAC 573 + 9 2.95e-04 AATAAAAA AAGCAAAA T 223 + 3 2.95e-04 AA AAGCAAAA AGAAAGT 196 + 10 2.95e-04 ATTGGAGGT CAGAAAAA 808 + 6 3.20e-04 TAAAA AAGAAGGG AAAT 309 + 2 3.20e-04 G AGGAAGAG ATTGAGAA 10 + 8 3.20e-04 ATAGAAA AGGAAGAG AT 912 + 6 3.82e-04 ACTAA AAGAAAGA AGGC 821 + 5 3.82e-04 AAAA AAGAAAGA ACCAT 803 + 7 3.82e-04 TGGAAA AAGAAAGA GTT 581 - 10 3.82e-04 . AAGAAAGA AATTATGAG 29 - 5 3.82e-04 ATAAA AGGAAAAA TTTT 929 - 10 4.41e-04 . AAGCAGAA ATTCTTATA 898 + 9 4.41e-04 GAAAAAGC CAGAAGAA T 837 + 4 4.41e-04 AGG AAGGAAAG ATACTC 444 + 1 4.41e-04 . AAGGAAAG TGTTGAAAA 238 - 1 4.41e-04 AGAGCTTAA AAGCAGAA 39 + 1 4.41e-04 . AAGGAAAG AGATTAAGT 839 + 6 4.80e-04 GAAAA AGGAAGAA ACAT 170 + 2 4.92e-04 A AAGGAGAG AGGGTGAA -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- 975 3.1e-05 6_[+2]_3 820 3.1e-05 8_[+2]_1 700 3.1e-05 2_[-2]_7 594 3.1e-05 2_[+2]_7 528 3.1e-05 4_[-2]_5 347 3.1e-05 4_[-2]_5 321 3.1e-05 5_[+2]_4 54 3.1e-05 5_[+2]_4 871 5e-05 7_[+2]_2 725 5e-05 3_[+2]_6 618 5e-05 5_[+2]_4 590 5e-05 4_[+2]_5 415 5e-05 8_[+2]_1 303 5e-05 3_[+2]_6 999 9.9e-05 3_[-2]_6 980 9.9e-05 5_[+2]_4 910 9.9e-05 2_[+2]_7 902 9.9e-05 9_[+2] 783 9.9e-05 4_[+2]_5 771 9.9e-05 7_[+2]_2 745 9.9e-05 1_[+2]_8 709 9.9e-05 9_[+2] 651 9.9e-05 [+2]_9 592 9.9e-05 3_[+2]_6 297 9.9e-05 8_[+2]_1 287 9.9e-05 8_[+2]_1 997 0.00013 1_[+2]_8 784 0.00013 2_[+2]_7 761 0.00013 8_[+2]_1 57 0.00013 5_[+2]_4 766 0.00017 1_[+2]_8 614 0.00017 9_[-2] 243 0.00017 1_[+2]_8 927 0.00021 2_[+2]_7 923 0.00021 6_[+2]_3 619 0.00021 5_[+2]_4 269 0.00021 6_[+2]_3 88 0.00021 8_[+2]_1 950 0.00023 9_[-2] 940 0.00023 2_[-2]_7 621 0.00023 2_[+2]_7 887 0.0003 [+2]_9 841 0.0003 6_[-2]_3 636 0.0003 6_[+2]_3 580 0.0003 5_[-2]_4 573 0.0003 8_[+2]_1 223 0.0003 2_[+2]_7 196 0.0003 9_[+2] 808 0.00032 5_[+2]_4 309 0.00032 1_[+2]_8 10 0.00032 7_[+2]_2 912 0.00038 5_[+2]_4 821 0.00038 4_[+2]_5 803 0.00038 6_[+2]_3 581 0.00038 9_[-2] 29 0.00038 4_[-2]_5 929 0.00044 9_[-2] 898 0.00044 8_[+2]_1 837 0.00044 3_[+2]_6 444 0.00044 [+2]_9 238 0.00044 [-2]_9 39 0.00044 [+2]_9 839 0.00048 5_[+2]_4 170 0.00049 1_[+2]_8 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 2 width=8 seqs=64 975 ( 7) AAGAAAAG 1 820 ( 9) AAGAAAAG 1 700 ( 3) AAGAAAAG 1 594 ( 3) AAGAAAAG 1 528 ( 5) AAGAAAAG 1 347 ( 5) AAGAAAAG 1 321 ( 6) AAGAAAAG 1 54 ( 6) AAGAAAAG 1 871 ( 8) AAGAAGAG 1 725 ( 4) AAGAAGAG 1 618 ( 6) AAGAAGAG 1 590 ( 5) AAGAAGAG 1 415 ( 9) AAGAAGAG 1 303 ( 4) AAGAAGAG 1 999 ( 4) AAGAAAAA 1 980 ( 6) AAGAAAAA 1 910 ( 3) AAGAAAAA 1 902 ( 10) AAGAAAAA 1 783 ( 5) AAGAAAAA 1 771 ( 8) AAGAAAAA 1 745 ( 2) AAGAAAAA 1 709 ( 10) AAGAAAAA 1 651 ( 1) AAGAAAAA 1 592 ( 4) AAGAAAAA 1 297 ( 9) AAGAAAAA 1 287 ( 9) AAGAAAAA 1 997 ( 2) AAGAAGAA 1 784 ( 3) AAGAAGAA 1 761 ( 9) AAGAAGAA 1 57 ( 6) AAGAAGAA 1 766 ( 2) CAGAAAAG 1 614 ( 10) AAGCAAAG 1 243 ( 2) CAGAAAAG 1 927 ( 3) AGGAAAAG 1 923 ( 7) AGGAAAAG 1 619 ( 6) AAGAAAGG 1 269 ( 7) AGGAAAAG 1 88 ( 9) AAGAAAGG 1 950 ( 10) AAGCAGAG 1 940 ( 3) CAGAAGAG 1 621 ( 3) CAGAAGAG 1 887 ( 1) CAGAAAAA 1 841 ( 7) AAGCAAAA 1 636 ( 7) AAGCAAAA 1 580 ( 6) CAGAAAAA 1 573 ( 9) AAGCAAAA 1 223 ( 3) AAGCAAAA 1 196 ( 10) CAGAAAAA 1 808 ( 6) AAGAAGGG 1 309 ( 2) AGGAAGAG 1 10 ( 8) AGGAAGAG 1 912 ( 6) AAGAAAGA 1 821 ( 5) AAGAAAGA 1 803 ( 7) AAGAAAGA 1 581 ( 10) AAGAAAGA 1 29 ( 5) AGGAAAAA 1 929 ( 10) AAGCAGAA 1 898 ( 9) CAGAAGAA 1 837 ( 4) AAGGAAAG 1 444 ( 1) AAGGAAAG 1 238 ( 1) AAGCAGAA 1 39 ( 1) AAGGAAAG 1 839 ( 6) AGGAAGAA 1 170 ( 2) AAGGAGAG 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 8 n= 10000 bayes= 9.02191 E= 3.2e-005 152 -64 -1264 -1264 154 -1264 -83 -1264 -1264 -1264 236 -1264 141 -64 -164 -1264 171 -1264 -1264 -1264 114 -1264 76 -1264 154 -1264 -83 -1264 71 -1264 136 -1264 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 64 E= 3.2e-005 0.875000 0.125000 0.000000 0.000000 0.890625 0.000000 0.109375 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.812500 0.125000 0.062500 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.671875 0.000000 0.328125 0.000000 0.890625 0.000000 0.109375 0.000000 0.500000 0.000000 0.500000 0.000000 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 2 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- AAGAA[AG]A[AG] -------------------------------------------------------------------------------- Time 276.71 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** MOTIF 3 MEME width = 8 sites = 3 llr = 38 E-value = 1.3e+005 ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 Description -------------------------------------------------------------------------------- Simplified A :::a:::: pos.-specific C ::::::a: probability G aaa:aa:a matrix T :::::::: bits 2.4 *** **** 2.1 *** **** 1.9 *** **** 1.7 ******** Relative 1.4 ******** Entropy 1.2 ******** (18.3 bits) 0.9 ******** 0.7 ******** 0.5 ******** 0.2 ******** 0.0 -------- Multilevel GGGAGGCG consensus sequence -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 sites sorted by position p-value -------------------------------------------------------------------------------- Sequence name Strand Start P-value Site ------------- ------ ----- --------- -------- 438 + 2 3.16e-06 C GGGAGGCG CTTAAAGG 392 + 3 3.16e-06 TT GGGAGGCG CTCAGAA 68 + 4 3.16e-06 TTA GGGAGGCG TTGAAA -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 block diagrams -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME POSITION P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- 438 3.2e-06 1_[+3]_8 392 3.2e-06 2_[+3]_7 68 3.2e-06 3_[+3]_6 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 in BLOCKS format -------------------------------------------------------------------------------- BL MOTIF 3 width=8 seqs=3 438 ( 2) GGGAGGCG 1 392 ( 3) GGGAGGCG 1 68 ( 4) GGGAGGCG 1 // -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 position-specific scoring matrix -------------------------------------------------------------------------------- log-odds matrix: alength= 4 w= 8 n= 10000 bayes= 11.3612 E= 1.3e+005 -823 -823 236 -823 -823 -823 236 -823 -823 -823 236 -823 171 -823 -823 -823 -823 -823 236 -823 -823 -823 236 -823 -823 236 -823 -823 -823 -823 236 -823 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 position-specific probability matrix -------------------------------------------------------------------------------- letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 3 E= 1.3e+005 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- Motif 3 regular expression -------------------------------------------------------------------------------- GGGAGGCG -------------------------------------------------------------------------------- Time 307.53 secs. ******************************************************************************** ******************************************************************************** SUMMARY OF MOTIFS ******************************************************************************** -------------------------------------------------------------------------------- Combined block diagrams: non-overlapping sites with p-value < 0.0001 -------------------------------------------------------------------------------- SEQUENCE NAME COMBINED P-VALUE MOTIF DIAGRAM ------------- ---------------- ------------- 1 1.82e-02 17 2 7.77e-03 17 3 3.40e-03 4_[+1(5.42e-05)]_5 4 1.44e-02 4_[+1(5.42e-05)]_5 5 1.15e-03 5_[+1(3.32e-05)]_4 6 9.68e-01 17 7 1.50e-02 5_[+1(5.42e-05)]_4 8 3.87e-01 17 9 1.12e-01 17 10 1.12e-02 17 11 7.48e-01 17 12 8.45e-01 17 13 1.68e-02 17 14 1.75e-03 4_[+1(5.42e-05)]_5 15 3.62e-02 17 16 1.32e-02 17 17 6.73e-02 17 18 4.76e-01 17 19 1.02e-02 17 20 9.50e-02 17 21 5.85e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 22 2.11e-02 17 23 9.38e-01 17 24 6.47e-02 17 25 1.15e-03 5_[+1(3.32e-05)]_4 26 5.48e-02 17 27 1.97e-01 17 28 5.82e-01 17 29 8.16e-02 17 30 2.33e-01 17 31 4.96e-01 17 32 4.55e-01 17 33 4.29e-01 17 34 7.95e-01 17 35 7.93e-01 17 36 9.86e-01 17 37 8.45e-02 17 38 4.04e-01 17 39 2.17e-02 17 40 9.99e-01 17 41 9.98e-01 17 42 6.76e-01 17 43 1.14e-01 17 44 3.59e-02 17 45 9.33e-01 17 46 1.15e-01 17 47 9.78e-01 17 48 1.22e-03 17 49 1.15e-02 17 50 7.49e-02 17 51 5.14e-02 17 52 9.85e-01 17 53 7.49e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 54 8.24e-03 5_[+2(3.09e-05)]_4 55 9.55e-01 17 56 1.17e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 57 2.97e-02 17 58 3.44e-02 17 59 1.83e-03 17 60 6.15e-01 17 61 5.69e-03 17 62 3.50e-02 17 63 5.01e-02 17 64 4.42e-01 17 65 4.25e-01 17 66 6.01e-01 17 67 2.16e-02 17 68 1.24e-04 3_[+3(3.16e-06)]_6 69 4.57e-02 17 70 2.65e-03 3_[+1(5.42e-05)]_6 71 2.82e-01 17 72 5.85e-02 17 73 1.43e-01 17 74 2.16e-02 17 75 8.08e-02 17 76 9.18e-01 17 77 2.25e-02 17 78 7.09e-02 17 79 7.07e-03 17 80 2.16e-01 17 81 7.90e-03 17 82 6.85e-03 17 83 3.96e-03 17 84 1.12e-01 17 85 6.31e-01 17 86 3.64e-02 17 87 2.53e-01 17 88 3.11e-02 17 89 3.54e-01 17 90 8.94e-02 17 91 4.19e-03 17 92 9.22e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 93 8.22e-03 17 94 2.53e-03 3_[+1(3.32e-05)]_6 95 7.49e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 96 7.49e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 97 3.66e-04 5_[+1(3.32e-05)]_4 98 1.06e-03 2_[+1(3.32e-05)]_7 99 4.35e-03 17 100 5.07e-01 17 101 2.88e-03 17 102 3.05e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 103 8.41e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 104 4.56e-03 17 105 1.30e-02 17 106 2.69e-02 17 107 4.16e-04 3_[+1(3.32e-05)]_6 108 3.05e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 109 3.45e-02 17 110 4.05e-01 17 111 3.05e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 112 1.37e-03 17 113 1.35e-04 3_[+1(3.32e-05)]_6 114 2.55e-02 17 115 2.24e-02 17 116 5.11e-02 17 117 2.67e-02 17 118 8.29e-04 17 119 6.79e-01 17 120 8.41e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 121 7.09e-02 17 122 4.83e-03 5_[+1(3.32e-05)]_4 123 3.31e-01 17 124 2.83e-02 17 125 4.20e-01 17 126 2.56e-01 17 127 8.11e-01 17 128 1.72e-02 17 129 7.49e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 130 4.21e-03 17 131 1.42e-02 17 132 8.14e-01 17 133 1.73e-02 17 134 1.55e-01 17 135 5.74e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 136 5.11e-02 17 137 2.59e-01 17 138 6.40e-01 17 139 1.75e-01 17 140 1.08e-02 17 141 1.59e-02 17 142 8.62e-01 17 143 9.98e-01 17 144 3.25e-03 17 145 4.19e-03 17 146 1.47e-02 17 147 1.29e-02 17 148 5.51e-04 17 149 6.83e-03 5_[+1(3.32e-05)]_4 150 8.96e-02 17 151 9.93e-01 17 152 1.00e+00 17 153 9.08e-01 17 154 8.29e-04 17 155 1.47e-01 17 156 3.64e-01 17 157 4.83e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 158 1.84e-01 17 159 3.96e-01 17 160 6.46e-02 17 161 9.99e-01 17 162 2.96e-03 3_[+1(3.32e-05)]_6 163 2.99e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 164 2.24e-02 17 165 6.87e-03 17 166 2.53e-03 17 167 6.36e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 168 2.05e-02 17 169 5.33e-01 17 170 2.49e-03 17 171 7.14e-03 17 172 1.06e-01 17 173 3.96e-02 17 174 1.43e-03 17 175 1.59e-01 17 176 8.31e-02 17 177 8.62e-02 17 178 1.25e-03 17 179 8.87e-01 17 180 2.87e-01 17 181 9.96e-01 17 182 5.43e-02 17 183 2.91e-03 17 184 4.00e-02 17 185 9.22e-04 5_[+1(3.32e-05)]_4 186 1.65e-03 17 187 3.20e-01 17 188 4.05e-02 17 189 5.66e-02 17 190 1.61e-03 17 191 1.40e-01 17 192 1.34e-02 17 193 9.40e-02 17 194 3.44e-02 17 195 8.17e-03 17 196 2.81e-03 17 197 8.14e-04 5_[+1(3.32e-05)]_4 198 1.51e-02 17 199 1.26e-01 17 200 1.07e-01 17 201 2.01e-01 17 202 8.66e-01 17 203 2.52e-03 17 204 9.43e-01 17 205 9.28e-01 17 206 9.60e-02 17 207 1.74e-03 17 208 7.56e-01 17 209 5.54e-01 17 210 9.78e-01 17 211 1.05e-01 17 212 1.26e-02 17 213 2.00e-02 17 214 1.24e-02 17 215 1.61e-02 5_[+1(5.42e-05)]_4 216 9.19e-01 17 217 6.44e-03 4_[+1(8.73e-05)]_5 218 1.08e-01 17 219 2.21e-01 17 220 9.62e-02 17 221 8.82e-01 17 222 9.30e-01 17 223 1.10e-01 17 224 9.46e-01 17 225 2.53e-02 17 226 2.22e-02 17 227 3.98e-01 17 228 5.24e-01 17 229 6.69e-02 17 230 1.04e-02 17 231 4.64e-04 3_[+1(5.42e-05)]_6 232 1.29e-03 2_[+1(3.32e-05)]_7 233 5.12e-01 17 234 3.79e-01 17 235 1.43e-01 17 236 3.63e-01 17 237 2.96e-01 17 238 9.02e-02 17 239 6.85e-03 17 240 5.74e-02 17 241 1.92e-02 17 242 9.91e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 243 7.28e-02 17 244 9.59e-01 17 245 1.22e-01 17 246 3.64e-01 17 247 9.70e-01 17 248 1.19e-01 17 249 4.73e-03 5_[+1(3.32e-05)]_4 250 1.77e-01 17 251 7.49e-04 4_[+1(3.32e-05)]_5 252 5.60e-03 17 253 3.06e-02 17 254 6.73e-03 4_[+1(3.32e-05)]_5 255 4.35e-03 17 256 6.65e-01 17 257 9.32e-01 17 258 7.11e-01 17 259 7.11e-01 17 260 9.46e-01 17 261 3.62e-02 17 262 5.18e-02 17 263 8.00e-01 17 264 2.96e-01 17 265 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