|
Jmol output:
Гидрофобное ядро
При помощи программы CluD в белке были обнаружены гидрофобные ядра,
наибольшее из которых содержит 594 атома, что составляет 9,6% от общего количества атомов в белке. Программой были найдены и другие гидрофобные ядра, но они значительно меньше, поэтому не учитывались. После выполнения скрипта видно, что гидрофобные аминокислоты лежат по большей части в глубине белка.
Плотность упаковки атомов
Был выбран фенилаланин в одной из субъединиц белка. По изображениям в Jmol видно, что атомы, практически полностью закрывающие этот аминокислотный остаток со всех сторон,
расположены в 6-7 ангстремах от фенилаланина. Большинство атомов появляется на расстоянии 4 ангстрема от аминокислотного остатка. Это можно считать характерным расстоянием
между атомами в данном белке. Получается довольно плотная упаковка. Вода не влезет между атомами, так как ее диаметр чуть больше 2,8 ангстрем, а диаметры атомов белка в средем 1.66*2=3.32. То есть если за расстояние между центрами соседних атомов взять 4 ангстрема, свободное пространство будет меньше одного ангстрема. Понятно, что молекула воды туда никоим образом не пролезет.
Взаимодействие с ДНК
По изображениям комплекса белка с ДНК в Jmol видно, что эти молекулы могут весьма тесно контактировать друг с другом.
Белки, связывающиеся с ДНК, регулируют работу ДНК. Это могут быть гистоны, а также белки, участвующие в процессах транскрипции,
репликации и т.д. Например, белок, использованный в данном практикуме - белок репарации повреждений ДНК, вызванных ультрафиолетом.
|