Учебный сайт Ксении Худяковой
Главная О себе Семестры Ссылки

Главная > Семестры > Семестр 2 > Практикум 5

Тема: Белки, содержащие пирролизин (№ 2).

Пирролизин - нестандартная аминокислота, которая включается в белки при трансляции (а не путем посттрансляционной модификации).

Рис. 1. Химическая структура амиокислоты пирролизин.

Для поиска в базе данных Uniprot белков, содержащих пирролизин был составлен запрос: 'annotation:(type:non_std pyrrolysine)'. Результат выдачи - представлен в таблице Excel.

Найдено 237 записей, которые соответствуют примерно 10 разным бекам. Белки с пирролизином встречаются в основном у архей, причем только у двух таксонов внутри крупной клады Euarcheota - Methanomicrobia и Thermoplasmata. Только 8 записей из 237 соответствуют бактериям. В подавляющем большинстве записи соответствуют метилтрансферазам трех видов. Все эти археи - метаногены, а метилтрансферазы участвуют в процессе метаногенеза.

В базе PDB есть 5 структур и все они соответствуют одному белку (причем одной и той же записи в UniProt) - монометиламин-метилтрансферазе.

Чтобы выяснить, как кодируется нестандартная аминокислота был составлен такой запрос для базы публикаций PubMed: 'pyrrolysine[ti] AND encoding[ti]'. Была получена выдача из пяти статей, которая представлена в таблице Excel.

Пирролизин кодируется кодоном UAG, который обычно является стоп-кодоном. Но за счет кодирования тРНК с антикодоном CUA и соответствующей кодазы, антикодон становится кодирующим.