Учебный сайт Ксении Худяковой

Практикум посвящен множественным выравниваниям и гомологии белковых последовательностей, работа выполнялась в программе Jalview, и проект можно скачать по ссылке.

В качестве первого задания последовательности были отсортированы по дереву, построенному методом Neighbour joining using % identity. Было сделано две раскраски: BLOSUM62 (рис.1) и ClustalX (рис.2), оба с порогом консервативности 30%.

Выравнивание было разбито на вертикальные блоки в соответствии с определением. Я выделила два кластера, первый из которых состоит из одного блока. Этот блок не может быть добавлен ко второму кластеру, потому что число гепов больше, чем длина межблокового расстояния. Самым длинным участком, не входящим в блоки или кластеры, является участок с 1 по 9 амк. Всё это показано на рис. 3.

Если допустить, что блок не обязательно включает все строки выравнивания, то их можно найти больше. Пример такого блока на рис.4.

Далее было построено выравнивание с заведомо негомологичными белками. Оно получилось очень плохим, что и ожидалось. Мне удалось выделить только один блок. Кластеры выделить нельзя.