Занятие №7
15 октября 2007.
PYRI_ECOLI
0.

1.
Таблица свойств аминокислотных остатков создана.
2.
Ошибка была в числе атомов углерода в молекуле глицина (вместо двух был один).
3.
Лист "aa_residues" в файле "kiraly_pr7.xlm" отформатирован под печать.
4.
Плоская таблица с последовательностью была создана, ввод последовательности - в 2007 офисе, а затем транспонирована.
Русское название вводилось с помощью функции ВПР(что-то1;что-то2;что-то3), где что-то1 - то, что ищется в "что-то2"(есть таблица, где столбцы паронумерованы 1,2,3,4,5,), а если что-то1 находится, то вставляется в ячейку содержимое ("строка, найденная"-"что-то3") 
Масса берётся как масса свободных аминокислот и пролина.
Используется строка "2" - нулевая строка. В целом, она нужна для упрощения придумывания формул.
5.
Рассчёт проводился следующим образом: 
на листе "protein_seq" в файле "kiraly_pr7.xlm" проводится соответствие между однобуквенным названием аминокислоты и массой свободной молекулы аминокислоты, суммируется, а затем  вычитается та масса, которая теряется в ходе образования пептидной связи в виде воды (18*число_пептидных_связей).
Молекулярная масса белка 17,1кДа.
Средняя масса одной аминокислоты 130 а.е.м..
Расчёт приведён на листе "protein_all" в файле "kiral_pr7.xls" .
6.
Таблица создана на листе .
7.
Процент гидрофобных остатков 41%.
Расчёт приведён на листе "protein_all" в файле "kiral_pr7.xls" . 
8.
Коэффициент различия между  PYRI_ECOLI и усреднённым глобулярным белком 1,9.
Коэффициент различия между  PYRI_ECOLI и усреднённым мембранным белком 4,5.
Чем меньше коэффициент, там меньше различий, следовательно больше сходства.
Следовательно, белок более похож на глобулярный.
Расчёт по 8-му заданию приведён на листе "protein_all"  в файле "kiral_pr7.xls".
9.
Просмотреть 5 уровней организации моего белка.(перв, втор, сверхвтор,доменная, трет., четверт.???)
Для этого белка есть 44 пространственные структуры в базе данных PDB.
Является регуляторным белком с двумя доменами.

10.
Для краёв белка использовалась модифицированная формула(вручную), в которой по отношению к основной удалена проверка на гидрофобность с "пустых" позиций. 
Выделено 4 (четыре) участка с периодом-2, и 5 (пять) с периодом-3,4.
Период-2	Период-3,4
7-11		58-65
21-29		99-106
42-48		115-125
134-140		127-134
			141-152
Домен1 1-100
Домен2 100-153
 После просмотра простанственной структуры выяснилось, что в белках он разделяется на два домена, во втором домене почти все его остатки вошли в оба типа периодов(см. файл 1q95_L_colorbyinterval.pdb в Practice7 - в Swiss PDB Viewer).
Выявлено, что это явно не альфа спираль, тут есть некоторое соответствие бета-структуре, но оно слишком непонятное.