| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 50S ribosomal subunit assembly factor BipA | BIPA_ECOLI | BIPA_BACSU | 1746.0 | 53.9% | 74.0% | 5 | 2 |
| Aspartate-semialdehyde dehydrogenase | DHAS_ECOLI | DHAS_BACSU | 246.5 | 26.2% | 45.2% | 65 | 19 |
| Lipoyl synthase | LIPA_ECOLI | LIPA_BACSU | 747.0 | 46.5% | 59.0% | 35 | 5 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 50S ribosomal subunit assembly factor BipA | BIPA_ECOLI | BIPA_BACSU | 1751.0 | 54.9% | 75.2% | 0 | 0 | 99,0% | 98,2% |
| Aspartate-semialdehyde dehydrogenase | DHAS_ECOLI | DHAS_BACSU | 257.5 | 26.8% | 46.2% | 64 | 15 | 98,1% | 97,7% |
| Lipoyl synthase | LIPA_ECOLI | LIPA_BACSU | 748.0 | 52.8% | 67.1% | 3 | 3 | 88,8% | 95,3% |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Copper-exporting P-type ATPase Probable maltose O-acetyltransferase | COPA_ECOLI | MAA_BACSU | 27.0 | 4.1% | 7.2% | 756 | 10 | - | - |
| Copper-exporting P-type ATPase Probable maltose O-acetyltransferase | COPA_ECOLI | MAA_BACSU | 41.5 | 23.5% | 38.3% | 13 | 2 | 9,4% | 38,6% |
Можно заметить, что выравнивания заведомо негомологичных белков набирают заметно меньше веса, нежели выравнивания из предыдущих пуктов. Разумеется, падают и параметры Identity и Similarity. При локальном выравнивании сравниваются лишь части белка, поэтому оно набирает чуть больший вес. Даже в негомологичных белках могут быть относительно сходные участки (различные домены, например).
Я выбрал мнемонику фукции ''BIPA'' и с помощью Advanced Searching в UniProt (query: mnemonic:bipa_*) нашёл соответствующие белки. Их оказалось 14 (и все они в Swiss-Prot). Я выбрал из них дополнительно 5 белков (помимо ECOLI и BACSU) с идентификаторами: BIPA_SALTY, BIPA_HELPY, BIPA_HAEIN, BIPA_SHIFL, BIPA_SYNY3.
Рекомендованное полное име из ECOLI - ''50S ribosomal subunit assembly factor BipA''.
Множественные выравнивание я осуществлял на kodomo: создал текстовый файл, перевёл его в fasta формат с помощью команды seqret, а затем с помощью muscle сделал файл bipa_alignment.fasta, содержащий непосредственно выравнивания. Этот файл я импортировал в Jalview.
Результатом стал проект: bipa_jalview.jvp.
Последовательности выровнялись очень хорошо, что следовало ожидать, ведь я намеренно выбрал, на мой взгляд, тот белок, который должен быть наиболее косервативным, ведь он участвует в сборке рибосом (в том числе и при низких температурах, поскольку обладает нуклеотид-независимой активностью шаперона). На краях последовательностей (в начале и в конце) расположена область наименьшей гомологии..
Можно отметить довольно протяжённый гомологичный участок 11-28, и лишь в 13 и 15 положениях у BIPA_SYNY3 и BIPA_HELPY изолейцин заменяется на валин (но аминокислоты сходные). Как было выяснено, этот участок является важным фактором в нуклеотид-связывающей функции белка у E. coli [1]. Как видим, стабилизирующей отбор не позволяет этим аминокислотам изменяться и у других бактерий. Также выделяется участок гомологии 80-94.
Положение 125, напротив, подвергается довольно сильному ''качанию''. Здесь встречаются тирозин, фенилаланин, гистидин, лизин, глутамин. Вряд ли эта аминокислота принимает какое-либо участие в функции белка.
1. Kumar V, Chen Y, Ero R, Ahmed T, Tan J, Li Z, Wong AS, Bhushan S, Gao YG. Structure of BipA in GTP form bound to the ratcheted ribosome. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Sep 1;112(35):10944-9. doi: 10.1073/pnas.1513216112. Epub 2015 Aug 17. PMID: 26283392; PMCID: PMC4568239.
Кирилл Кузенков, студент второго курса ФББ