Визуализация белка Macrophage Migration Inhibitory Factor in Complex with a Naphthyridinone Inhibitor (3a)
1) Введение
функциольная роль: ISOMERASE/ISOMERASE inhibitor
PDB ID: 6B1K Солевые мостики.
Обнаружено 10 солевых мостиков. Чаще всего связь наблюдается между [ARG] и [GLU]. Солевые мостики выводились при помощи команды measure. GOL-лиганд
Тривиальное название : глицерин. Данный лиганд содержит 2 водородные связи с [ASP]92:A цепи A посредством двух атомов кислорода O :
[ASP]92:A.O (остовного атома кислорода) и [ASP]92:A.OD2 (бокового атома кислорода). Кроме того, глицерин имеет водордные связи с водой
(4 связи). Другие типы химсвязи у глицерина с молекулой белка не найдены. SO4-лиганд
Белок имеет 4 сульфат-иона. Рассмотрим подробнее лиганд [SO4]202:A цепи А. Сульфат-ион с белком имеет лишь водородные связи.
Два его атома O([SO4]202:A.O1 и [SO4]202:A).O4 связаны с молекулами воды,а два других - с белком, причем [SO4]202:A.O2 соединен с
[ALA]70:A.H , а [SO4]202:A.O3 связан сразу с двумя атомами аминокислоты глутамина :[GLN]71:A.H и [GLN]71:A.HE21.
