Выравнивание последовательностей белка.
Таблица 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Peroxiredoxin Bcp | BCP_ECOLI | BCP_BACSU | 306.0 | 38.0% | 56.3% | 3 | 1 |
| ATP synthase subunit alpha | ATPA_ECOLI | ATPA_BASCU | 1417.0 | 54.0% | 72.0% | 15 | 3 |
| Acetate kinase | ACKA_ECOLI | ACKA_BASCU | 821.0 | 43.0% | 63.6% | 23 | 7 |
Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Peroxiredoxin Bcp | BCP_ECOLI | BCP_BACSU | 310.0 | 39.7% | 58.3% | 0 | 0 | 100.0% | 100.0% |
| ATP synthase subunit alpha | ATPA_ECOLI | ATPA_BASCU | 1423.0 | 54.5% | 72.5% | 13 | 2 | 100.0% | 97.5% |
| Acetate kinase | ACKA_ECOLI | ACKA_BASCU | 823.5 | 43.3% | 64.2% | 21 | 6 | 97.8% | 97.0% |
Таблицы 3,4 . Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| HTH-type transcriptional regulator SinR | Peroxiredoxin Bcp | SINR_BACSU | BCP_ECOLI | 23.5 | 18.3% | 25.6% | 93 | 10 |
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| HTH-type transcriptional regulator SinR | Peroxiredoxin Bcp | SINR_BACSU | BCP_ECOLI | 34.5 | 24.8% | 34.4% | 51 | 6 | 68.8% | 90.4% |
Исходя из данных таблицы можно обнаружить, что у негомологичных белков выравнивание получается с маленьким весом, по сравнению с таковым у гомологичных.
Это объясняется большим количеством гэпов и индэлей,являющиеся следствием отсутствия общности происхождения белков.
Сопоставив результаты характеристик глобального и локального парных выравниваний, нетрудно заметить что, при локальном выравнивании процент совпадающих букв,
процент сходных букв больше чем при глобальном. Это отличие связано напрямую с задачами этих выравниваний. Так, при глобальном нужно найти выравнивание с
наибольшим весом. А для локального выравнивания задача заключается в нахождении участков 1 и 2 последовательностей таким образом, чтобы вес выравнивания был
наибольшим. "Разница в том, что теперь выбираем не только как выравнивать, но и что".
4. Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview.
Глобальное выравнивание белков BCP_ECOLI и BCP_BACSU в виде проекта Jalview
5. Множественное выравнивание белков
Выравнивание 5 белков с мнемоникой BCP_ в виде проекта Jalview
Командой infoseq sw:BCP_* -only -name | grep -v "Name"| wc -l bcp.txt узнал, что всего белков с мнемоникой "BCP_" нашлось 14.
Выбраны белки были BCP_MYCTO; BCP_MYCTU; BCP_ECOL6; BCP_COXBU; BCP_BUCAP ну и BCP_BACSU; BCP_ECOLI. Всего 38 консеравтивных колонок из 161.
Белки BCP_MYCTO; BCP_MYCTU гомологичны и даже,можно сказать, идентичны, т.к. их аминокислотные последовательности совпадают,"близнецами"
также являются BCP_ECOLI и BCP_ECOL6. Больше всех отличаются от остальных BCP_BACSU и BCP_COXBU. Однако сложно сказать, что выравнивание имеет сильно
выраженную консервативную структуру (есть колонки,в которых консервативность мала(2,3) или даже ее нет совсем, к тому же нет выпадения из
сходств строго одного белка).