Матрицы аминокислотных замен. Карта локального сходства.

1. Карта локального сходства двух полипротеинов

IDACBest alignmentsIdentities(%)Positives(%)LengthGaps(%)ScorebitsMature chains
POLG_FMDV1
POLG_POL1S
P03306
P03301
Range 1: 1684 to 23272949644
615
8252644RNA-directed RNA polymerase 3D-POL.
RNA-directed RNA polymerase
Picornain 3C.
Protease 3C.
POLG_FMDV1
POLG_POL1S
P03306
P03301
Range 2: 1121 to 13833751263
218
9157398Protein 2C.
Protein 2B.
Protein 2C.
Protein 2C.


2. Сравнение веса выравнивания со случайным

Couple of proteins ID 1 ID 2 Score Median Q Bits p
Peroxiredoxin Bcp BCP_ECOLI BCP_BACSU 310.0 36.5 39.75 85.153 2.325×10-26
HTH-type transcriptional regulator SinR Peroxiredoxin Bcp SINR_BACSU BCP_ECOLI 34.5 29.0 33.0 2.35 1.96×10-1

3. BLAST: поиск гомологов в банке

IDACOrganismSite lengthScoreBites% Identities% PositivesGapsExpect% Coverage
KMO_XANACQ8PM34.1Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)455924238810010000100
KMO_XANC5Q3BV41.1Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (strain 85-10)4559052339979900100

© Цыганов Кирилл, 2017