Поиск информации в Uniprot о белке tRNA nuclease CdiA-2 бактерии
Burkholderia pseudomallei
(strain 1026b)
Таблица 1. Общая информациия о белке tRNA nuclease CdiA-2
| Uniprot ID | Uniprot AC | Refseq ID | PDB ID | Длина (амин.ост.) | Молекулярная масса (Да) | Рекомендуемое Uniprot название |
| CDIA2_BURP2 | I1WVY3 | WP_004553664.1 | 4G6V | 3122 | 310224 | tRNA nuclease CdiA-2 |
Комментарии к таблице 1:
Выданный мне белок носит название тРНК-овая нуклеаза CdiA-2 (tRNA nuclease CdiA-2) и является токсином.
Он характерен для организма Burkholderia pseudomallei (штамм 1026b). PE (степень достоверности)
равно 1(т.е.существование белка подтверждено экспериментальными данными).Белок был занесён в базы данных
UniProtKB/Swiss-Prot 9 июля 2014 года. Структура токсина представлена в записях PDB 4цепями
(DR PDB; 4G6V; X-ray; 2.64 A; A/C/E/G=2948-3122.) (текстовый формат) ,
хотя на самом деле он имеет 8 цепей и соcтоит из 4 биомолекул.(3d-view of 4G6V)
Таблица 2. Информация о кластерах
| Uniref | Cluster ID | Cluster name | Size |
| Uniref100 | UniRef100_I1WVY3 | tRNA nuclease CdiA-2 | 0 |
| Uniref90 | UniRef90_I1WVY3 | tRNA nuclease CdiA-2 | 67 |
| Uniref50 | UniRef50_I1WVY3 | tRNA nuclease CdiA-2 | 69 |
Таблица 3. Результаты сеансов поиска в Uniprot
| Поиск: | Текст запроса | Количество белков/Reviewed белков |
| По названию: | name:"trna nuclease cdia 2" | 7/1 |
| По тому же названию среди белков своего организма: | name:"trna nuclease cdia 2" organism:"burkholderia pseudomallei strain 1026b" | 1/1 |
| По тому же названию среди белков из того же семейства: | name:"trna nuclease cdia 2" taxonomy:burkholderiaceae | 3/1 |
| По тому же названию среди белков из того же отдела: | name:"trna nuclease cdia 2" taxonomy:proteobacteria | 4/1 |
| Поиск по цитохрому | name:cytochrome | 1,949,597/7,619 |
| По тому же названию среди белков из Metazoa | name:cytochrome taxonomy:metazoa | 1305567/3277 |
| По тому же названию среди белков из Fungi | name:cytochrome taxonomy:fungi | 47629/628 |
| Поиск по трипсину | name:trypsin | 18951/311 |
| Поиск по ингибитору трипсина | name:trypsin name:inhibitor | 3914/210 |
Отличия информации записи в UniProt от RefSeq
Информация, предоставляемая записью RefSeq, отличается от информации UniProt в основном структурой изложения.
В RefSeq хорошо представлена информация в записи FEATURES(она разделена по регионам,т.е. участкам белка,каждый
из которых был описан, по сравнению с UniProt, где описаны лишь два участка: REGION 2821-3122 и REGION 2948-3122).
Есть несовпадения между датами обновления записей (в RefSeq - это 22 март 2015,а в UniProt - 28 февраля 2018).
Несложно заметить,что в RefSeq не представлены идентификаторы белка в других баз данных, нет рекомендованного и альтернативного названий.
Можете убедиться сами: запись в Uniprot и запись в RefSeq
Oпиcание истории изменений записи UniProt
(UniProtKB Entry I1WVY3 – Comparing version 1 to 33)
Все измененные записи приведены здесь
Последние поправки были внесены 28 февраля 2018года.
Изменения произошли в следующих записях:
1)в описании документа: в Uniprot ID (I1WVY3_BURPE)⇒(CDIA2_BURP2),
в DT (I1WVY3_BURPE)⇒(CDIA2_BURP2)+ еще сменился банк данных
с UniProtKB/TrEMBL на UniProtKB/Swiss-Prot
2)в аннотации: Вместо одной строки записи DE появились пять строк(к примеру появились рекомендованные и альтернативные названия у белка).
В записи RA присутствует список новой команды исследователей этого белка,а следовательно более точно
и полно представлена информация в (СС) о функции и локализации белка в клетке.
Были добавлены новые формы записи (KW) и (PE)⇒ теперь мы можем узнать уровень достоверности существования нашего белка!
И ,конечно же, было внесено поле FT (поле локальных особенностей последовательности).
Пример того, как представлен в записи UniProt трансмембранный участок белка
