TASK1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
1. tRNA from Zuker's algorithm
2. tRNA structure
Участок структуры
Позиции в структуре (по результатам find_pair)
Результаты предсказания с помощью (einverted)
Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель
(7/7) 5'- 1 - 7 - 3' 5'- 66 - 72 - 3'
(8/7)
1 ggcgcgtt 8 |||||||| 70 ccgcgcaa 63
(7/7)
D-стебель
(3/4) 5'- 10 - 12 - 3' 5'- 24 - 25 - 3'
(0/4)
(4/4)
T-стебель
(5/5) 5'-49 - 53 - 3' 5'- 61 - 65 - 3'
(0/5)
(5/5)
Антикодоновый стебель
(4/5) 5'- 39 - 42 - 3' 5'- 28 - 31 - 3'
(0/5)
(9/5)-на рисунке,хотя на самом деле:(4/5)
Общее число канонических пар нуклеотидов
19/21
8/21
20/21
По результатам в таблице можно сказать,что программа
einverted не выдает нам информацию про всю структуру
тРНК, а алгоритм Зукера, хотя и предоставил рисунок
всей тРНК, но исказил строение антикодонового стебля.
Программа find_pair дала наибоее полное представление
о молекуле
TASK2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
1упр.
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки
12
22
34
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки
5
0
5
По результатам в таблице можно сказать,что неполярных котнактов между ДНК и белком
больше,чем полярных. Преимущественно эти связи образованы благодаря остовной части ДНК нежели
азотистым основаниям. (42+40 против 34+5) Вполне логично,что атомов оснований,направленных в сторону
большей бороздки и участвующих в контакте с атомами белка, больше чем тех,что непосредственно обращены в сторону малой.
3упр.
4упр.
Аминокислотным остатком, который связан наибольшим числом водородных связей с молекулой ДНК оказался
Ser5(B)
Donor Acceptor Distance:
SER B 5 N A F 13 O2P 2.97
SER B 5 OG A F 13 O2P 2.49
Если говорить о категории "Non Bonded Contacts", то это Met4(D), который образует 6 контактов
**** Non Bonded Contacts **********************
Donor Acceptor Distance:
MET D 4 CE T E 14 C2* 3.32
MET D 4 CE T E 14 C3* 3.32
MET D 4 CE T E 14 C5* 3.10
MET D 4 CE T E 14 O5* 3.23
MET D 4 CG C E 13 C2* 3.34
MET D 4 N C E 13 O2P 3.23
Также достаточно много контактов образует a.o. Met4(A):
**** Non Bonded Contacts **********************
Donor Acceptor Distance:
MET A 4 C A E 2 O2P 3.31
MET A 4 CE T E 3 C6 3.28
MET A 4 N A E 2 O2P 3.34
MET A 4 O A E 2 O2P 2.79
MET A 4 SD T E 3 O2P 2.88
Т.е. наиболее предполагаемые важные остатки - Ser5:B,Met4:D,Met4:A.
1.interaction between Ser5:B & dna (O2P)
Длины контактов, как видно из риунка, сравнительно небольшие,
что является признаком устойчивого взаимодействия
2.interaction between Met4:D & DNA (ATOMS FROM DEOXIRIBOSE AND O2P)
Здесь показан пример Non Bonded Contacts между сахаром, дезоксирибозой, и Met4(D).
Стоит отметить, что атом СЕ образует 4 контакта такого типа. Это придает Met4(D) значимость
в распознавании последовательности ДНК
3.interaction between Met4:A & dna (atoms from thymine and O2P)
Met4:A связывается при помощи атома СЕ с азотистым основаниям,
а именно с тимином через атом С6,это пример неполярной связи, длина которой меньше 4.5 нм.
Довольно любопытно,что здесь обнаружены 3 Non Bonded Contacts атомов Met4:A с одним и тем же O2P.
