Цыганов Кирилл

EMBOSS & локальный BLAST

TASK1. Упражнения по EMBOSS

Название упражнения	Команда	Ссылка на результат/исходные данные
1.Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.	seqret @list -out all	list (1).fasta (2).fasta (3).fasta all
2.Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.	seqretsplit all	splitted files all
3.Из файла с аннотированной хромосомой в формате gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле.	seqret @3 3cds.fasta	gb file coordinates of coding sequences fasta file
4.Транслировать (с первого кодона, то есть в первой рамке) кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода, и положить результат в один fasta файл.	transeq -table 0 -sequence 5.fasta -outseq 4.fasta	fasta-file with coding sequence translated coding sequences
5.Вывести открытые рамки длиной не менее заданной, имеющиеся в данной нуклеотидной последовательности.	getorf 5.fasta -minsize 45 5orf.fasta	fasta-file open reading frames
6.Перевести выравнивание из формата fasta в формат msf.	seqret "(6).fasta" msf::6.msf	fasta-file msf.file
7.Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имена последовательностей и числа).	infoalign 7.fasta -refseq 2 -onli -name -idcount 71.fasta	file with alignments result
8.(featcopy) Перевести аннотации особенностей из файла формата gb или embl в табличный формат gff.	featcopy sequence.gb sequence.gff	sequence.gb sequence.gff
9.(extractfeat) Из данного файла с хромосомой в формате gb или embl получить fasta файл с кодирующими последовательностями.	extractfeat -type CDS 9.gb 9.fasta	file.gb file.fasta
10.Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.	shuffleseq (1).fasta (1)shuf.fasta	(1).fasta (1)shuf.fasta
11.Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длины 100.	makenucseq -amount 3 -length 100 -outseq 11	file with 3 sequences
12.Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях.	cusp all 12.fasta	coding sequences codon's frequency
13.(tranalign) Выровнять кодирующие последовательности соответственно выравниванию белков — их продуктов	tranalign -asequence 1pr.fasta -bsequence 2pr.fasta -outseq 13.fasta	coding sequences aligned prot_sequences aligned nucl_sequences
14.Удалить символы гэпов из выравнивания (превратив его тем самым снова в набор невыровненных последовательностей).	degapseq 14.fasta > 14degap	with gaps without gaps
15.Перевести символы конца строки из формата Windows в формат Unix.	noreturn windows.txt unix.txt -system unix	windows.txt unix.txt
16.Файл с ридами sra_data.fastq в формате fastq перевести в формат fasta.	seqret "sra_data.fastq" fasta::16.fasta	fastq-file fasta-file

TASK2. Упражнения по EMBOSS (задача 3)

Найти частоты динуклеотидов в геноме бактерии, сравнить их с ожидаемыми 
и определить динуклеотид, частота которого наиболее отклоняется от наблюдаемой. 
Подсказка: ожидаемая частота XY = (наблюдаемая частота X) * (наблюдаемая частота Y).

сценарий 
input-file 
output-file 
						  
						
результат сценария