В этот раз мы решили сравнить две кристаллографические расшифровки одного и того же белка, качество которых сильно раличаются друг от друга.
Рис.1 отображение в cartoon двух расшифрофок одного и того же белка. 6лопастной белок и там и там, на таком уровне представления отличий между расшифровками нет.
Если подключить к сравнению электронную плотность и рассмотреть внимательно как она обволакивает собой какой-то отдельный фрагмент структуры(здесь мы звяли 3 beta-тяжа), то отличия
нами будут замечены. Электронная плотность хорошо обволакивает beta-тяжи малиновой структуры (рис.2), так например, каждый остовный кислород имеет вокруг себя аккуратный купол электронной плотности.
Для синей структуры (рис.3) такая аккуратность не соблюдается. А еще в синей структуре не показаны водороды, в отличие от малиновой. Мы понимаем, что разрешение малиновой структуры гораздо выше синей.
Действительно, соответсвующие значения разрешений, приведенные в pdb файлах, составляют 1.21 A и 2.80 A.
Рис.2 Отображение электронной плотности вокруг 3 beta-тяжей белка с pdb id 6zf4.
Рис.3 Отображение электронной плотности вокруг 3 beta-тяжей белка с pdb id 3ade.
Второе задание + третье
Понаблюдаем за электронной плотностью вокруг остова всего белка с id 7dnp на разных уровнях подрезки.
Будем с увеличением уровня наблюдать потерю электронной плотности в тех участках структуры, которые лежат
на поверхности белка и представляют собой подвижные элементы структуры, петли. Подобное происходит и для
молекулы лиганда. У него выделяется подвижная вытянутая часть - пентандиовая кислота, с которой сходит электронная плотность
при повышении уровня подрезки. Оба случая имеют под собой одно и то же явление: участки с более подвижными атомами имеют более
размазанную вокруг них электронную плотность, которая при бОльших пороговых значениях не будет заметно отличаться от шума и отчего
будет не видна. Далее можно ознакомиться с иллюстрациями выше сказанного на примере всего остова (рис.4-6) и отдельного лиганда (рис.7-9).
Рис.4 Отображение электронной плотности вокруг остова всего белка c pdb id 7dnp на уровне подрезки 1.
Рис.5 Отображение электронной плотности вокруг остова всего белка c pdb id 7dnp на уровне подрезки 2.
Рис.6 Отображение электронной плотности вокруг остова всего белка c pdb id 7dnp на уровне подрезки 3
Рис.7 Отображение электронной плотности вокруг лиганда белка c pdb id 7dnp на уровне подрезки 1.
Рис.8 Отображение электронной плотности вокруг лиганда белка c pdb id 7dnp на уровне подрезки 2.
Рис.9 Отображение электронной плотности вокруг лиганда белка c pdb id 7dnp на уровне подрезки 3.
