Protein sequence's alignment.

*_ECOLI vs *_BACSU

Таблица 1. Глобальные выравнивания

Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Probable glycerol-3-phosphate acyltransferase PLSY_ECOLI PLSY_BACSU 247.5 30.2 50.0 26 8
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit PYRB_ECOLI PYRB_BACSU 393.0 31.7 49.8 47 14
Superoxide dismutase [Fe] SODF_ECOLI SODF_BACSU 318.0 25.7 35.6 94 6

Protein name для BACSU: PLSY_BACSU - Glycerol-3-phosphate acyltransferase, PYRB_BACSU - Aspartate carbamoyltransferase, SODF_BACSU - Probable superoxide dismutase [Fe]

Таблица 2. Локальные выравнивания

Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels % coverage 1 % coverage 2
Probable glycerol-3-phosphate acyltransferase PLSY_ECOLI PLSY_BACSU 253.5 33.2 54.4 13 6 90.7 96.9
Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit PYRB_ECOLI PYRB_BACSU 397.0 33.5 52.7 32 12 97.1 96.1
Superoxide dismutase [Fe] SODF_ECOLI SODF_BACSU 326.0 38.4 53.2 8 4 95.9 66.5

Сравнение UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase(ECOLI) и Galactose-1-phosphate uridylyltransferase(BACSU)

Таблица 3. Глобальное выравнивание

ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
GALU_ECOLI GALT_BACSU 47 10.0 15.4 419 17

Таблица 4. Локальное выравнивание

ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels % coverage 1 % coverage 2
GALU_ECOLI GALT_BACSU 253.5 24.5 38.6 42 10 29.2 58.3

Из локального и глобального выравнивания данных белков, отвечающих за одну и ту же реакцию для разных стереоизомеров гексоз, видно что несмотря на схожесть субстрата и индентичность реакции, ферменты имеют мало общего.

Работа в Jalview

Глобальное выравнивание белков Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit и Aspartate carbamoyltransferase

Множественное выравнивание

Всего нашлось 69 записей по запросу в UniProtKB "mnemonic:sodf_*". 9 из них устарели или были объединены в одну запись. 2 не имеют Entry name. И еще 2 не имеют SODF_ (SODF1_ARATH и Q31Q36_SYNP7).

Для выравнивания выбраны следующие:

  • SODF_PLAMA Plasmodium malariae
  • SODF_PLAVI Plasmodium vivax
  • SODF_RICBR Rickettsia bellii (strain RML369-C)
  • SODF_RICCN Rickettsia conorii (strain ATCC VR-613 / Malish 7)
  • SODF_RICPR Rickettsia prowazekii (strain Madrid E)
  • SODF_RICTY Rickettsia typhi (strain ATCC VR-144 / Wilmington)
    • Глобальное выравнивание Superoxide dismutase

    По результатам выравнивания все рассмотренные белки гомологичны. Сильнее всего выделяется белок Bacillus subtilis (strain 168)(Особенно на интервалах выравнивания 118-134 ,145-158 и 224-229) Возможно именно поэтому у его белка название Probable superoxide dismutase [Fe]. Самое большое же сходство наблюдается между белками Plasmodium vivax и Plasmodium malariae. Виды рода Rickettsia тоже сильно схожи.(ну не просто так же они в одном роду) А вот белок из Escherichia coli (strain K12) не имеет сильного сходства с белками других организмов.