Идентификатор белка: AMW06251.1
Hypothetital protein
COG: COG1015 Phosphopentomutase
E-value: 1.22e-157
Итервал: 18-448
Длина: 431
Функциональная категория: G (Carbohydrate transport and metabolism) (Карбогидратный транспорт и метаболизм)
Результат поиска геномного окружения с параметрами Neighborhood size = 5, Occurrence threshold = 5%, Taxonomy = Да
Черными черторками разделены таксоны.
У значительной доли Furmicutes в окружении есть сайт-специфичная рекомбиназа XerD(COG4974) ,или(и) тимидиновая фосфорилаза(COG0213), или(и) фосфорилаза пуриновых нуклеотидов(COG0005). В редких случаях встречается дезоксирибозафосфат альдолаза(COG0274).
У первой группы Proteobacteria в окружении есть дезоксирибозафосфат альдолаза(COG0274), тимидиновая фосфорилаза(COG0213) и фосфорилаза пуриновых нуклеотидов(COG0813). У второй группы Proteobacteria в окружении есть аденозиновая дезаминаза(COG1816), тимидиновая фосфорилаза(COG0213), цитидиновая дезаминаза(COG0295) и урацил фосфорибозилтрансфераза(COG0035). Помимо этого во второй группе все пять генов (при их наличии) сшиты (у большинства представителей группы).
Для отнесения исследуемого нами белка к терминам GO был использован сервис AMIGO. С помощью BLAST был произведен поиск гомологов; порог для E-value был выбран следующий: 0.01
Лучшее E-value:
Putative N-acetylglucosamine-6-sulfatase из Colwellia psychrerythraea 34H
Функция белка совпадает с заявленными функциями найденного COGа (ALP_like super family; cl23718; alkaline phosphatases and sulfatases)
E-value достаточно небольшой чтобы считать эту находку верной.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q482D2 (Q482D2_COLP3)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия | Код типа достоверности |
| molecular function | GO:0008449 | N-acetylglucosamine-6-sulfatase activity | N-ацетилглюкозамин-6-сульфатазная активность | ISA(Inferred from sequence alignment) |
Таблица 2. Описание кодов достоверности из таблицы 1
| Код типа достоверности | Расшифровка | Объяснение |
| ISA | Inferred from sequence alignment | Свидетельство ISA является типом свидетельства ISS. Его следует использовать всякий раз, когда выравнивание последовательности является основой для создания аннотации, но только когда куратор вручную рассмотрел выравнивание и выбор термина GO, либо если есть информация из опубликованной статьи с приведенными доказательствами. Политика GO гласит, что для того, чтобы утверждать, что запрашиваемый белок выполняет ту же функцию, что и совпадающий белок, он должен быть экспериментально охарактеризован. Это предотвращает переходные ошибки аннотации (белок, характеризованный по нехарактеризованному белку (только по выравниванию без эксперимента) характеризует нехарактеризованный белок). |