В задании предложено найти альтернативные положения остатка LYS-57 в структуре 6AJW и определить взаимодействия, стабилизирующие их.
Остаток имеет два положения с населённостью 0.48 для варианта A и 0.52 для варианта B.
На Рис.1 представлены две конформации. В конформации A (сверху) LYS-57 стабилизируется кислородами остова остатков ASN-52 и LYS-55, а именно водородными связями. В конформации B (снизу) он стабилизироваан водородными связями с кислородом остова остатков TYR-118 и LYS-55. Насчёт водородной связи с ASN-117 есть сомнения из-за большого расстояния.
В целом кажется, что конформации не сильно различаются по свободной энергии, в конформации A два взаимодействия посильнее, в конформации B три взаимодействия, но послабее. Пространственно конформации A и B имеют мало отличий и скорее всего поэтому для перехода одной конформации в другую нужно очень мало энергии и поэтому эти две конформации почти равнопредставленны в кристалле.
В этом задании было предложено проанализировать распределение значений B-фактора по белку.
На Рис.2 представлен остов белка раскрашенный в соответствии значениям B-фактора. Видно, что самые неопределённые и подвижные (красный) участки белка находятся на его поверхности. Особенно высоко значение B-фактора на C-конце белка.
Далее нам предложили найти остаток, атомы бокового радикала которого имеют высокий B-фактор. Был выбрал LYS-99. С удалением от остова B-фактор бокового радикала растёт, что говорит нам о его подвижности.
Ниже приведена электронная плотность остатка LYS-99 на разных уровнях отсечки (1,2,3). Можно заметить, что уже на 2-ом уровне отсечки электронная плотность бокового радикала пропадает, а это значит, что есть неопределённость в положении бокового радикала. Это также подтверждается высоким значением B-фактора у бокового радикала.
В этом задании нам предложено получить кристалл белка с помощью симметричного копирования. На Рис.5 показан такой кристалл, полученный копированием на 5Å
На Рис.6 представлено изображение копий, которые плотно контактируют с исходным белком (он покрашен в красный). Всего их 10.
