| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| L-arabinose isomerase | ARAA_ECOLI | ARAA_BACSU | 1432.5 | 52.6 | 71.4 | 4 | 3 |
| GTP cyclohydrolase 1 | GCH1_ECOLI | GCH1_BACSU | 307.5 | 33.0 | 48.9 | 42 | 7 |
| Large ribosomal subunit protein uL10 | RL10_ECOLI | RL10_BACSU | 254.0 | 34.1 | 54.5 | 3 | 2 |
Табл. 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1, % | Coverage 2, % |
| L-arabinose isomerase | ARAA_ECOLI | ARAA_BACSU | 1434.5 | 52.9 | 71.9 | 4 | 3 | 99.0 | 99.0 |
| GTP cyclohydrolase 1 | GCH1_ECOLI | GCH1_BACSU | 310.5 | 38.7 | 57.2 | 11 | 6 | 85.1 | 98.9 |
| Large ribosomal subunit protein uL10 | RL10_ECOLI | RL10_BACSU | 256.0 | 35.0 | 55.8 | 1 | 1 | 98.8 | 97.6 |
Табл. 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков
| Выравнивание | Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1, % | Coverage 2, % |
| Глобальное | Hydrogenase-1 large chain | Putative bacilysin exporter BacE | MBHL_ECOLI | BACE_BACSU | 8.0 | 4.5 | 8.8 | 663 | 12 | - | - |
| Локальное | 31.5 | 29.2 | 43.8 | 2 | 1 | 7.7 | 12.2 |
Табл. 3. Характеристики глобального и локального выравнивания пары негомологичных белков
По характеристикам выравниваний очевидно, что белки негомологичны: выравнивания имеют низкий вес; глобальное выравнивание имеет низкое сходство и идентичность, большое количество гэпов и инделей; локальное – низкое покрытие обоих белков.
4 Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview
Я выбрала мнемонику функции ARAA (имя белка из ECOLI – ARAA_ECOLI), с ней нашлось 112 белков, из них я использовала ARAA_BIFLD, ARAA_KLEP3, ARAA_LACPL, ARAA_SACD2, ARAA_SALTY. Выравнивание делалось с помощью инструмента “Muscle with Defaults” в редакторе выравниваний JalView. Судя по результатам выравнивания, белки являются гомологичными, так как имеют консервативные участки.
5 Сопроводительные материалы
6 Литература